67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0566 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0566  hypothetical protein  100 
 
 		 89 aa  179  2e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118143 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5590  hypothetical protein  60.67 
 
 		 88 aa  110  9e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64410  hypothetical protein  60.67 
 
 		 88 aa  110  9e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1862  hypothetical protein  61.54 
 
 		 91 aa  106  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00332482  normal  0.539982 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1738  hypothetical protein  61.11 
 
 		 88 aa  103  5e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00500709  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2704  hypothetical protein  59.55 
 
 		 88 aa  103  7e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.422967  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0690  hypothetical protein  58.43 
 
 		 88 aa  102  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01750  hypothetical protein  56.18 
 
 		 88 aa  101  4e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2541  hypothetical protein  55.06 
 
 		 88 aa  101  4e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0268  hypothetical protein  55.06 
 
 		 88 aa  100  8e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2120  hypothetical protein  56.67 
 
 		 88 aa  99.4  1e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.40904  normal  0.833846 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0176  hypothetical protein  53.93 
 
 		 88 aa  98.6  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00392065  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1690  hypothetical protein  55.06 
 
 		 88 aa  98.2  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1292  hypothetical protein  55.06 
 
 		 88 aa  97.8  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0645642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2983  hypothetical protein  55.06 
 
 		 88 aa  96.3  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000187823  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2549  hypothetical protein  56.18 
 
 		 88 aa  96.7  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2397  hypothetical protein  55.06 
 
 		 88 aa  96.3  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0827  hypothetical protein  55.06 
 
 		 88 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.841992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00787  hypothetical protein  56.18 
 
 		 88 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2840  hypothetical protein  56.18 
 
 		 88 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.940906  normal  0.101671 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00770  hypothetical protein  56.18 
 
 		 88 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0858  hypothetical protein  56.18 
 
 		 88 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2839  transcriptional regulator, TraR/DksA family  56.18 
 
 		 88 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3428  hypothetical protein  52.81 
 
 		 88 aa  94.7  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1233  hypothetical protein  51.69 
 
 		 88 aa  95.1  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1359  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.93 
 
 		 88 aa  94.4  5e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.184128 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0871  hypothetical protein  55.06 
 
 		 88 aa  94  5e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0952  hypothetical protein  55.68 
 
 		 88 aa  94  6e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0973  hypothetical protein  55.06 
 
 		 88 aa  94  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0920  hypothetical protein  55.06 
 
 		 88 aa  94  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0889  hypothetical protein  55.06 
 
 		 88 aa  93.6  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0952  hypothetical protein  55.06 
 
 		 88 aa  93.6  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0861  hypothetical protein  55.06 
 
 		 88 aa  92.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0374  hypothetical protein  48.31 
 
 		 88 aa  92.4  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2675  hypothetical protein  50.56 
 
 		 88 aa  91.7  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.772557  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2947  hypothetical protein  50.56 
 
 		 88 aa  90.5  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.223747 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1167  hypothetical protein  53.93 
 
 		 87 aa  89  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0133  hypothetical protein  52.22 
 
 		 88 aa  89.4  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01805  hypothetical protein  49.44 
 
 		 88 aa  89.4  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0832  hypothetical protein  52.22 
 
 		 88 aa  86.3  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0162884 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0124  hypothetical protein  51.11 
 
 		 88 aa  85.5  2e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0847  hypothetical protein  42.7 
 
 		 89 aa  82.8  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1480  hypothetical protein  51.11 
 
 		 88 aa  82.4  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4228  hypothetical protein  48.75 
 
 		 85 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312261 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1833  transcriptional regulator, TraR/DksA family  56.25 
 
 		 74 aa  53.9  0.0000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0989587  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0730  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 68 aa  48.1  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00565405  normal  0.112196 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1463  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 68 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.690044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2758  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 68 aa  47.4  0.00006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.421806 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0875  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 73 aa  47.4  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0418872  normal  0.109316 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2787  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.97 
 
 		 75 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116228  normal  0.0228649 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0609  transcriptional regulator, TraR/DksA family  67.74 
 
 		 79 aa  45.8  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0916  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  58.97 
 
 		 75 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000414298  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2877  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  55 
 
 		 75 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.8398  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3059  DksA/TraR family protein  55 
 
 		 75 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386172  normal  0.996544 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1348  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 75 aa  44.7  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0302261  normal  0.617243 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1292  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 67 aa  44.3  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2085  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.68 
 
 		 68 aa  43.9  0.0007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3419  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  38.1 
 
 		 75 aa  42.7  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00386497  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3507  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 73 aa  43.5  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0119963  normal  0.0323819 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2881  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 73 aa  43.5  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000120273  normal  0.0538694 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0666  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.73 
 
 		 73 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0695  hypothetical protein  51.16 
 
 		 69 aa  42.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0801  phage/conjugal plasmid C-4 type zinc finger protein  32.31 
 
 		 73 aa  42  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.500339  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5061  hypothetical protein  51.16 
 
 		 69 aa  42.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0899139  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0756  hypothetical protein  61.29 
 
 		 66 aa  41.6  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0374591  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3840  transcriptional regulator, TraR/DksA family  61.54 
 
 		 74 aa  40.8  0.005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.297747  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2705  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 72 aa  40.4  0.008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00476822  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>