56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0666 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0666  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 		 73 aa  147  4e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3053  DnaK suppressor protein  54.72 
 
 		 72 aa  54.7  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0030  conjugal transfer protein TraR  40.28 
 
 		 73 aa  54.7  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2675  hypothetical protein  54 
 
 		 88 aa  53.1  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.772557  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3507  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 73 aa  51.2  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0119963  normal  0.0323819 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2674  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.03 
 
 		 71 aa  48.9  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1292  hypothetical protein  40.35 
 
 		 88 aa  48.9  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0645642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3778  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 79 aa  48.5  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.563726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2881  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 73 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000120273  normal  0.0538694 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2519  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 73 aa  47  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000227873  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0801  phage/conjugal plasmid C-4 type zinc finger protein  38.24 
 
 		 73 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.500339  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0756  hypothetical protein  40 
 
 		 66 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0374591  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01750  hypothetical protein  48.98 
 
 		 88 aa  46.6  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1685  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.78 
 
 		 69 aa  45.8  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.554769  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00488  conserved hypothetical protein  40.62 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0973  hypothetical protein  38.6 
 
 		 88 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0920  hypothetical protein  38.6 
 
 		 88 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00494  hypothetical protein  40.62 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1494  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.78 
 
 		 69 aa  45.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2947  hypothetical protein  45.61 
 
 		 88 aa  45.1  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.223747 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0951  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 73 aa  44.7  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.748618  normal  0.388424 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0832  hypothetical protein  52.63 
 
 		 88 aa  44.7  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0162884 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0827  hypothetical protein  38.6 
 
 		 88 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.841992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0952  hypothetical protein  38.6 
 
 		 88 aa  44.3  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2549  hypothetical protein  38.6 
 
 		 88 aa  44.3  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3012  hypothetical protein  57.14 
 
 		 103 aa  44.3  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0800466  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2787  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 75 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116228  normal  0.0228649 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0916  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  34.72 
 
 		 75 aa  44.3  0.0005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000414298  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07970  hypothetical protein  40 
 
 		 66 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  2.71217e-16  hitchhiker  0.000634076 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3162  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.11 
 
 		 74 aa  44.3  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1233  hypothetical protein  46 
 
 		 88 aa  44.3  0.0006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0952  hypothetical protein  38.6 
 
 		 88 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0889  hypothetical protein  38.6 
 
 		 88 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0871  hypothetical protein  38.6 
 
 		 88 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00770  hypothetical protein  38.6 
 
 		 88 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2839  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.6 
 
 		 88 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00787  hypothetical protein  38.6 
 
 		 88 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2705  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 72 aa  43.9  0.0007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00476822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2840  hypothetical protein  38.6 
 
 		 88 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.940906  normal  0.101671 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0858  hypothetical protein  38.6 
 
 		 88 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2877  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  34.72 
 
 		 75 aa  43.9  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.8398  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3059  DksA/TraR family protein  34.72 
 
 		 75 aa  43.9  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386172  normal  0.996544 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1833  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.28 
 
 		 74 aa  43.9  0.0008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0989587  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0861  hypothetical protein  38.6 
 
 		 88 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64410  hypothetical protein  46 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5590  hypothetical protein  46 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0566  hypothetical protein  47.73 
 
 		 89 aa  42.7  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118143 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1862  hypothetical protein  51.22 
 
 		 91 aa  42  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00332482  normal  0.539982 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0690  hypothetical protein  42.11 
 
 		 88 aa  42  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1348  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 75 aa  41.6  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0302261  normal  0.617243 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2397  hypothetical protein  42 
 
 		 88 aa  41.6  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01805  hypothetical protein  45.28 
 
 		 88 aa  41.6  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 118 aa  40.8  0.007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1463  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.35 
 
 		 68 aa  40.4  0.009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.690044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  39.62 
 
 		 122 aa  40.4  0.009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0875  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 73 aa  40  0.01  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0418872  normal  0.109316 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>