64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_0875 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_0875  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
73 aa  147  6e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0418872  normal  0.109316 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1833  transcriptional regulator, TraR/DksA family  58.57 
 
 
74 aa  86.3  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0989587  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3162  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.57 
 
 
74 aa  71.2  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2085  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.94 
 
 
68 aa  70.9  0.000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3507  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.14 
 
 
73 aa  66.2  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0119963  normal  0.0323819 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1348  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.47 
 
 
75 aa  65.1  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0302261  normal  0.617243 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3840  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.83 
 
 
74 aa  63.5  0.0000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.297747  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2877  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  42.86 
 
 
75 aa  63.9  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.8398  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3059  DksA/TraR family protein  42.86 
 
 
75 aa  63.9  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386172  normal  0.996544 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2787  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
75 aa  60.1  0.000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116228  normal  0.0228649 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0916  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  40 
 
 
75 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000414298  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4313  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  48.61 
 
 
74 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.927484  hitchhiker  0.00014767 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0986  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  48.61 
 
 
74 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.31763  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3060  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  47.22 
 
 
74 aa  54.7  0.0000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0123467  decreased coverage  0.000000000163909 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2983  hypothetical protein  46.77 
 
 
88 aa  52.4  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000187823  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07970  hypothetical protein  46.15 
 
 
66 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  2.71217e-16  hitchhiker  0.000634076 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2675  hypothetical protein  52.08 
 
 
88 aa  48.9  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.772557  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1685  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.58 
 
 
69 aa  48.9  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.554769  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1494  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.58 
 
 
69 aa  48.1  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3419  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  35.62 
 
 
75 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00386497  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0756  hypothetical protein  41.67 
 
 
66 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0374591  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5590  hypothetical protein  44.44 
 
 
88 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0566  hypothetical protein  50 
 
 
89 aa  47.4  0.00007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00118143 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64410  hypothetical protein  44.44 
 
 
88 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01750  hypothetical protein  42.59 
 
 
88 aa  46.6  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1233  hypothetical protein  47.92 
 
 
88 aa  46.6  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05034  DnaK suppressor protein  37.5 
 
 
72 aa  45.8  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3037  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  34.29 
 
 
72 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0965532  normal  0.257312 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1862  hypothetical protein  70 
 
 
91 aa  45.8  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00332482  normal  0.539982 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0133  hypothetical protein  54.05 
 
 
88 aa  45.4  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0690  hypothetical protein  46.43 
 
 
88 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0030  conjugal transfer protein TraR  42 
 
 
73 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2541  hypothetical protein  42 
 
 
88 aa  44.3  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4228  hypothetical protein  41.07 
 
 
85 aa  44.3  0.0006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00312261 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2397  hypothetical protein  45.65 
 
 
88 aa  43.5  0.0009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0609  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.16 
 
 
79 aa  43.5  0.0009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1738  hypothetical protein  39.62 
 
 
88 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00500709  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1359  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.1 
 
 
88 aa  42.7  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.184128 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0827  hypothetical protein  33.33 
 
 
88 aa  42.7  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.841992  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0124  hypothetical protein  51.35 
 
 
88 aa  42.7  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0176  hypothetical protein  48.84 
 
 
88 aa  42  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00392065  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01805  hypothetical protein  38.71 
 
 
88 aa  42  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0268  hypothetical protein  40.32 
 
 
88 aa  42  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0952  hypothetical protein  33.33 
 
 
88 aa  42  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0861  hypothetical protein  34.85 
 
 
88 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2549  hypothetical protein  33.33 
 
 
88 aa  42  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1690  hypothetical protein  42 
 
 
88 aa  41.6  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0952  hypothetical protein  34.85 
 
 
88 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0730  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.55 
 
 
68 aa  41.6  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00565405  normal  0.112196 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0889  hypothetical protein  34.85 
 
 
88 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1292  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.43 
 
 
67 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0832  hypothetical protein  57.14 
 
 
88 aa  40.8  0.006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0162884 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2839  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.85 
 
 
88 aa  40.4  0.007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00787  hypothetical protein  34.85 
 
 
88 aa  40.4  0.007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00770  hypothetical protein  34.85 
 
 
88 aa  40.4  0.007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0858  hypothetical protein  34.85 
 
 
88 aa  40.4  0.007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2840  hypothetical protein  34.85 
 
 
88 aa  40.4  0.007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.940906  normal  0.101671 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0920  hypothetical protein  33.33 
 
 
88 aa  40.4  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0973  hypothetical protein  33.33 
 
 
88 aa  40.4  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0871  hypothetical protein  34.85 
 
 
88 aa  40.4  0.008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3428  hypothetical protein  37.93 
 
 
88 aa  40.4  0.008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2120  hypothetical protein  40 
 
 
88 aa  40.4  0.009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.40904  normal  0.833846 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0374  hypothetical protein  42 
 
 
88 aa  40.4  0.009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0666  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.76 
 
 
73 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>