50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_3183 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_3183  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 		 74 aa  146  8e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.775887 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0951  TraR/DksA family transcriptional regulator  72.97 
 
 		 73 aa  105  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.748618  normal  0.388424 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1959  transcriptional regulator, TraR/DksA family  68.92 
 
 		 72 aa  102  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1677  TraR/DksA family transcriptional regulator  66.2 
 
 		 78 aa  89.7  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2519  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 73 aa  80.9  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000227873  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2758  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 68 aa  55.5  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.421806 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1463  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 68 aa  52.4  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.690044  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00488  conserved hypothetical protein  40 
 
 		 72 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2881  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 73 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000120273  normal  0.0538694 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00494  hypothetical protein  40 
 
 		 72 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3778  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 79 aa  45.4  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.563726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0801  phage/conjugal plasmid C-4 type zinc finger protein  37.14 
 
 		 73 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.500339  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3840  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.25 
 
 		 74 aa  44.7  0.0005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.297747  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0268  hypothetical protein  64.52 
 
 		 88 aa  44.3  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1233  hypothetical protein  46.3 
 
 		 88 aa  44.3  0.0006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0832  hypothetical protein  55.88 
 
 		 88 aa  44.3  0.0006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0162884 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1738  hypothetical protein  45.28 
 
 		 88 aa  44.3  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00500709  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0889  hypothetical protein  46.43 
 
 		 88 aa  43.9  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0952  hypothetical protein  46.43 
 
 		 88 aa  43.9  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1292  hypothetical protein  46.43 
 
 		 88 aa  43.9  0.0008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0645642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0920  hypothetical protein  44.64 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0973  hypothetical protein  44.64 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2947  hypothetical protein  52.94 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.223747 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2675  hypothetical protein  41.07 
 
 		 88 aa  43.5  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.772557  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2120  hypothetical protein  45.61 
 
 		 88 aa  42.7  0.002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.40904  normal  0.833846 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.71 
 
 		 213 aa  42.4  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0861  hypothetical protein  46.43 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2674  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  39.71 
 
 		 71 aa  42  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2704  hypothetical protein  46.43 
 
 		 88 aa  42  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.422967  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00770  hypothetical protein  44.64 
 
 		 88 aa  41.6  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00787  hypothetical protein  44.64 
 
 		 88 aa  41.6  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2549  hypothetical protein  42.86 
 
 		 88 aa  41.2  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2840  hypothetical protein  44.64 
 
 		 88 aa  41.6  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.940906  normal  0.101671 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2839  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.64 
 
 		 88 aa  41.6  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0871  hypothetical protein  44.64 
 
 		 88 aa  41.6  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3507  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 73 aa  41.6  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0119963  normal  0.0323819 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0858  hypothetical protein  44.64 
 
 		 88 aa  41.6  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2397  hypothetical protein  44.64 
 
 		 88 aa  41.2  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0952  hypothetical protein  44.64 
 
 		 88 aa  40.8  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1685  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.18 
 
 		 69 aa  40.8  0.007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.554769  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0827  hypothetical protein  42.86 
 
 		 88 aa  40.8  0.007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.841992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0916  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  39.19 
 
 		 75 aa  40.4  0.008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000414298  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4453  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 123 aa  40.4  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.142377 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0133  hypothetical protein  46.3 
 
 		 88 aa  40.4  0.008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1833  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.31 
 
 		 74 aa  40.4  0.008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0989587  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2787  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 75 aa  40.4  0.008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116228  normal  0.0228649 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1862  hypothetical protein  51.06 
 
 		 91 aa  40.4  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00332482  normal  0.539982 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0124  hypothetical protein  46.3 
 
 		 88 aa  40.4  0.009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1036  probable rRNA transcription initiatior protein,putative phage gene  39.19 
 
 		 71 aa  40  0.01  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1494  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45 
 
 		 69 aa  40  0.01  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>