78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_A0030 on replicon NC_010488
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010488  EcSMS35_A0030  conjugal transfer protein TraR  100 
 
 		 73 aa  154  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1463  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 68 aa  58.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.690044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3507  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 73 aa  56.2  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0119963  normal  0.0323819 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1292  hypothetical protein  40.3 
 
 		 88 aa  55.1  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0645642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0832  hypothetical protein  49.02 
 
 		 88 aa  54.7  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0162884 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0827  hypothetical protein  43.94 
 
 		 88 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.841992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0666  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.28 
 
 		 73 aa  54.7  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2549  hypothetical protein  43.94 
 
 		 88 aa  53.9  0.0000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0952  hypothetical protein  43.94 
 
 		 88 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3840  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.43 
 
 		 74 aa  53.1  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.297747  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0889  hypothetical protein  48.21 
 
 		 88 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0952  hypothetical protein  48.21 
 
 		 88 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0973  hypothetical protein  45 
 
 		 88 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1833  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.58 
 
 		 74 aa  53.1  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0989587  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0920  hypothetical protein  45 
 
 		 88 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2758  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 68 aa  52.8  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.421806 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1494  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.86 
 
 		 69 aa  52.8  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0847  hypothetical protein  40.91 
 
 		 89 aa  52.4  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0861  hypothetical protein  48.21 
 
 		 88 aa  51.6  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1685  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.43 
 
 		 69 aa  51.6  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.554769  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1862  hypothetical protein  42.86 
 
 		 91 aa  51.2  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00332482  normal  0.539982 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2839  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.42 
 
 		 88 aa  50.8  0.000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2840  hypothetical protein  42.42 
 
 		 88 aa  50.8  0.000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.940906  normal  0.101671 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00770  hypothetical protein  42.42 
 
 		 88 aa  50.8  0.000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00787  hypothetical protein  42.42 
 
 		 88 aa  50.8  0.000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0871  hypothetical protein  42.42 
 
 		 88 aa  50.4  0.000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0858  hypothetical protein  42.42 
 
 		 88 aa  50.8  0.000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3162  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.22 
 
 		 74 aa  49.7  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2085  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.14 
 
 		 68 aa  49.7  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5590  hypothetical protein  40.3 
 
 		 88 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2675  hypothetical protein  41.94 
 
 		 88 aa  49.7  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.772557  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64410  hypothetical protein  40.3 
 
 		 88 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0609  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.06 
 
 		 79 aa  48.5  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2787  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 75 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116228  normal  0.0228649 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01805  hypothetical protein  43.86 
 
 		 88 aa  48.5  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0690  hypothetical protein  40.3 
 
 		 88 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0916  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.89 
 
 		 75 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000414298  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2877  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  37.5 
 
 		 75 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.8398  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3059  DksA/TraR family protein  37.5 
 
 		 75 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386172  normal  0.996544 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4228  hypothetical protein  38.18 
 
 		 85 aa  46.6  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312261 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0176  hypothetical protein  42.59 
 
 		 88 aa  46.2  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00392065  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 118 aa  46.2  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2704  hypothetical protein  38.1 
 
 		 88 aa  46.6  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.422967  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1359  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.28 
 
 		 88 aa  45.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.184128 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01750  hypothetical protein  44.64 
 
 		 88 aa  45.8  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 139 aa  45.4  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2983  hypothetical protein  42.86 
 
 		 88 aa  46.2  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000187823  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  39.34 
 
 		 139 aa  45.4  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1233  hypothetical protein  38.71 
 
 		 88 aa  45.4  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  41.51 
 
 		 118 aa  45.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.52 
 
 		 155 aa  44.7  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0875  TraR/DksA family transcriptional regulator  42 
 
 		 73 aa  44.7  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0418872  normal  0.109316 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3778  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 79 aa  44.7  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.563726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07970  hypothetical protein  53.12 
 
 		 66 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  2.71217e-16  hitchhiker  0.000634076 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0374  hypothetical protein  38.18 
 
 		 88 aa  44.7  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1348  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 75 aa  44.3  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0302261  normal  0.617243 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0756  hypothetical protein  53.12 
 
 		 66 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0374591  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0124  hypothetical protein  40.98 
 
 		 88 aa  43.9  0.0007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3428  hypothetical protein  38.18 
 
 		 88 aa  43.9  0.0008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1738  hypothetical protein  39.22 
 
 		 88 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00500709  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1292  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 67 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2541  hypothetical protein  39.06 
 
 		 88 aa  42.7  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05034  DnaK suppressor protein  36.11 
 
 		 72 aa  42.7  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2947  hypothetical protein  35.82 
 
 		 88 aa  42.7  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.223747 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2397  hypothetical protein  48.65 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.43 
 
 		 121 aa  41.6  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  48.48 
 
 		 283 aa  41.2  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.21 
 
 		 150 aa  41.2  0.004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0133  hypothetical protein  39.34 
 
 		 88 aa  41.6  0.004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3190  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.72 
 
 		 159 aa  41.6  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  34.67 
 
 		 153 aa  40.8  0.006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1690  hypothetical protein  55.88 
 
 		 88 aa  40.8  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 118 aa  40.8  0.007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2120  hypothetical protein  37.7 
 
 		 88 aa  40.8  0.007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.40904  normal  0.833846 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0730  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 68 aa  40.4  0.008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00565405  normal  0.112196 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 121 aa  40.4  0.009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.06 
 
 		 110 aa  40.4  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0268  hypothetical protein  61.54 
 
 		 88 aa  40.4  0.009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>