228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_0565 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013411  GYMC61_0565  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
269 aa  555  1e-157  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  81.03 
 
 
253 aa  431  1e-120  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  50.22 
 
 
243 aa  217  1e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.91 
 
 
243 aa  216  2e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  50.22 
 
 
243 aa  217  2e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0249  DNA binding protein, DksA/TraR family  49.78 
 
 
243 aa  215  5e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000818041  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  50.22 
 
 
243 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  49.78 
 
 
243 aa  214  8e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  49.78 
 
 
243 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  49.34 
 
 
243 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  48.91 
 
 
243 aa  210  2e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  48.91 
 
 
243 aa  210  2e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4700  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.3 
 
 
243 aa  210  2e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000265525  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.83 
 
 
228 aa  141  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.85 
 
 
251 aa  139  6e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.42 
 
 
231 aa  132  5e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.93 
 
 
213 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.78 
 
 
222 aa  125  6e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.94 
 
 
234 aa  122  8e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.1 
 
 
206 aa  122  8e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.84 
 
 
212 aa  115  6.9999999999999995e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.26 
 
 
216 aa  109  5e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.72 
 
 
176 aa  106  4e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.12 
 
 
210 aa  104  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.46 
 
 
212 aa  104  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.97 
 
 
205 aa  99.8  5e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0964  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.02 
 
 
147 aa  79  0.00000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.633657  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.32 
 
 
126 aa  71.2  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2904  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.97 
 
 
117 aa  69.7  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000908818  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.86 
 
 
297 aa  68.9  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4246  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.73 
 
 
115 aa  67.8  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.404751 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2062  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.89 
 
 
118 aa  65.5  0.0000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000865725 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.61 
 
 
121 aa  64.3  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.22 
 
 
121 aa  63.9  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_002620  TC0687  hypothetical protein  30.6 
 
 
134 aa  63.5  0.000000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.572586  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1427  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.2 
 
 
109 aa  63.5  0.000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0733302  normal  0.617985 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  38.32 
 
 
110 aa  61.6  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2047  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.46 
 
 
149 aa  60.8  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  39.13 
 
 
139 aa  58.9  0.00000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0744  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.53 
 
 
112 aa  58.2  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.186685  normal  0.0218217 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.13 
 
 
139 aa  58.5  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3596  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.78 
 
 
108 aa  58.5  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.43 
 
 
118 aa  57.8  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3682  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.11 
 
 
111 aa  57.4  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.594064 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.1 
 
 
275 aa  56.6  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  32.38 
 
 
118 aa  56.2  0.0000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.44 
 
 
110 aa  55.5  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1171  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.73 
 
 
116 aa  55.5  0.0000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.3 
 
 
147 aa  55.1  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1886  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.79 
 
 
147 aa  55.5  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.271081  decreased coverage  0.00232468 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.79 
 
 
146 aa  54.3  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000000577167  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.03 
 
 
130 aa  54.7  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1990  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.3 
 
 
144 aa  54.7  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.4478  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1772  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.3 
 
 
144 aa  54.3  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000102348  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0424  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.3 
 
 
144 aa  53.9  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00014325  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0524  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.35 
 
 
145 aa  53.9  0.000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114279  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.34 
 
 
118 aa  53.5  0.000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.76 
 
 
527 aa  53.9  0.000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.62 
 
 
144 aa  53.9  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.75 
 
 
120 aa  53.5  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.08 
 
 
120 aa  53.1  0.000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  42.86 
 
 
283 aa  53.1  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.62 
 
 
120 aa  52.8  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
207 aa  53.1  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0680  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.73 
 
 
109 aa  53.1  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0997736  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  41.11 
 
 
105 aa  52.8  0.000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.62 
 
 
130 aa  52.8  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  41.27 
 
 
236 aa  52.4  0.000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  32.84 
 
 
127 aa  52.4  0.000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40860  hypothetical protein  40.24 
 
 
108 aa  52.4  0.000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.802206  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.78 
 
 
155 aa  52.4  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4453  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.62 
 
 
123 aa  52.4  0.000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.142377 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  50 
 
 
152 aa  52.4  0.000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.88 
 
 
218 aa  51.6  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2286  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.31 
 
 
144 aa  51.6  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000387566  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.43 
 
 
121 aa  51.6  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37100  DnaK suppressor protein  41.79 
 
 
129 aa  51.2  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  39.68 
 
 
153 aa  50.8  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  36.05 
 
 
117 aa  51.2  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.68 
 
 
133 aa  50.8  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.1 
 
 
150 aa  50.4  0.00003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  39.36 
 
 
131 aa  50.1  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3452  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.21 
 
 
134 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.414408 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1452  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55 
 
 
147 aa  50.1  0.00004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0860961  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1267  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.19 
 
 
258 aa  50.1  0.00004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000120418  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.06 
 
 
132 aa  50.1  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6415  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 
110 aa  50.1  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.143253  normal  0.0110238 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.61 
 
 
118 aa  50.1  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.27 
 
 
136 aa  49.7  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1324  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.42 
 
 
139 aa  49.3  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.820819  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.27 
 
 
113 aa  49.3  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  45.45 
 
 
122 aa  49.3  0.00007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0180  TraR/DksA family transcriptional regulator  35 
 
 
144 aa  48.9  0.00008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000132063  normal  0.0556483 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2024  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.3 
 
 
131 aa  48.9  0.00009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.812974  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  41.86 
 
 
124 aa  48.9  0.00009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1419  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.3 
 
 
131 aa  48.9  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.597542  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1334  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.3 
 
 
131 aa  48.9  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3205  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.3 
 
 
131 aa  48.9  0.00009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3077  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.3 
 
 
131 aa  48.9  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2314  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.3 
 
 
105 aa  48.9  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>