174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0188 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0188  hypothetical protein  100 
 
 		 61 aa  126  9.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  75.41 
 
 		 120 aa  102  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4563  transcriptional regulator, TraR/DksA family  75.41 
 
 		 120 aa  102  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.258431 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1511  hypothetical protein  70.49 
 
 		 122 aa  92.4  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  65 
 
 		 124 aa  80.5  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 121 aa  62  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4453  TraR/DksA family transcriptional regulator  56.9 
 
 		 123 aa  60.8  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.142377 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.9 
 
 		 130 aa  60.1  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2010  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  53.7 
 
 		 135 aa  59.3  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  52.83 
 
 		 131 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 121 aa  58.9  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 124 aa  58.5  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  54 
 
 		 119 aa  57.8  0.00000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1047  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  52.83 
 
 		 117 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2314  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  52.83 
 
 		 105 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2024  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  52.83 
 
 		 131 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.812974  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1419  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  52.83 
 
 		 131 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.597542  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1334  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  52.83 
 
 		 131 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3205  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  52.83 
 
 		 131 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3077  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  52.83 
 
 		 131 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.94 
 
 		 130 aa  57.4  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 		 126 aa  56.6  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 122 aa  54.7  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 131 aa  54.3  0.0000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2675  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.17 
 
 		 132 aa  53.1  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.242775  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3299  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 130 aa  52  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4148  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 130 aa  52  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0078373  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4218  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 130 aa  52  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419171  normal  0.270154 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4387  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 256 aa  52  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1324  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 139 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.820819  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4116  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 130 aa  50.4  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3641  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 130 aa  50.4  0.000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.18 
 
 		 155 aa  50.1  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.73 
 
 		 110 aa  49.7  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2687  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 113 aa  50.1  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0540586 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  45.1 
 
 		 132 aa  49.7  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2925  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.89 
 
 		 110 aa  49.3  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  46 
 
 		 132 aa  48.9  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1799  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 130 aa  48.9  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.392784 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 132 aa  49.3  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  41.38 
 
 		 283 aa  48.5  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 129 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2535  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.92 
 
 		 103 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2631  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.92 
 
 		 103 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0800447  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 113 aa  48.1  0.00004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 114 aa  48.1  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0162  DnaK suppressor protein  41.67 
 
 		 137 aa  47.8  0.00005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00225781  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.45 
 
 		 136 aa  47.8  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1239  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.81 
 
 		 119 aa  47.4  0.00007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0619111 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  39.66 
 
 		 122 aa  47.4  0.00007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.02 
 
 		 114 aa  47  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0648  putative DnaK suppressor protein  43.48 
 
 		 92 aa  47  0.00009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3073  transcriptional regulator, TraR/DksA family protein  45 
 
 		 115 aa  46.6  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0240851 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1926  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.31 
 
 		 113 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  48.94 
 
 		 105 aa  47  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 130 aa  45.8  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2860  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.55 
 
 		 106 aa  45.8  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  41.51 
 
 		 127 aa  45.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.86 
 
 		 121 aa  45.4  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2893  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 122 aa  45.4  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0224708 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.67 
 
 		 120 aa  45.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.22 
 
 		 130 aa  45.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  44 
 
 		 139 aa  44.7  0.0004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  44 
 
 		 139 aa  44.7  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.22 
 
 		 121 aa  44.3  0.0005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.15 
 
 		 144 aa  44.3  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.22 
 
 		 130 aa  44.3  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 130 aa  44.3  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 119 aa  44.7  0.0005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.15 
 
 		 144 aa  44.3  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  46.67 
 
 		 152 aa  44.3  0.0006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.93 
 
 		 150 aa  44.3  0.0006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2444  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 102 aa  43.9  0.0007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.689651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1950  TraR/DksA family transcriptional regulator  42 
 
 		 142 aa  43.5  0.0009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0687  hypothetical protein  44.9 
 
 		 134 aa  43.5  0.001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.572586  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 132 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0724  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 153 aa  43.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 527 aa  43.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0249  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 122 aa  43.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.534414  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0741  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 147 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000053151 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.38 
 
 		 218 aa  43.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  37.25 
 
 		 149 aa  43.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  37.25 
 
 		 147 aa  43.5  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  41.18 
 
 		 130 aa  42.4  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4693  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  37.74 
 
 		 148 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000772708 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 		 228 aa  42.7  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 144 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3596  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.14 
 
 		 108 aa  42.4  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2297  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.86 
 
 		 141 aa  42.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.447274  normal  0.0340464 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  40.68 
 
 		 153 aa  42.7  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.22 
 
 		 253 aa  42.4  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38 
 
 		 142 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1980  dnaK suppressor  35.09 
 
 		 129 aa  42.4  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 		 120 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3053  DnaK suppressor protein  42.86 
 
 		 72 aa  42.4  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3682  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.29 
 
 		 111 aa  42.4  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.594064 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 148 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.195272  hitchhiker  0.00000457182 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  42 
 
 		 139 aa  42.4  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 		 120 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 		 120 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>