More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1063 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  100 
 
 
127 aa  247  4e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.61 
 
 
218 aa  74.3  0.0000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  28.95 
 
 
120 aa  68.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  28.07 
 
 
120 aa  68.6  0.00000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  28.07 
 
 
120 aa  68.6  0.00000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  31.3 
 
 
119 aa  67.8  0.00000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0939  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.61 
 
 
118 aa  65.5  0.0000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0617  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 
139 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000439972  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0631  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 
139 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  4.19152e-36 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.14 
 
 
144 aa  65.5  0.0000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.76 
 
 
130 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.58 
 
 
130 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.31 
 
 
130 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  33.63 
 
 
119 aa  63.2  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.94 
 
 
114 aa  63.2  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.77 
 
 
213 aa  61.6  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.97 
 
 
212 aa  62  0.000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1290  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.73 
 
 
130 aa  62  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.15 
 
 
118 aa  61.6  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  32.69 
 
 
283 aa  61.2  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  31.9 
 
 
132 aa  60.8  0.000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.65 
 
 
114 aa  60.5  0.000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.29 
 
 
120 aa  60.5  0.000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0152  transcriptional regulator, TraR/DksA family  56.86 
 
 
114 aa  60.1  0.000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0249  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.94 
 
 
122 aa  60.1  0.00000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.534414  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.07 
 
 
121 aa  59.3  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.04 
 
 
118 aa  58.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.65 
 
 
120 aa  58.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1754  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.79 
 
 
118 aa  58.5  0.00000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000650821  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.95 
 
 
216 aa  58.5  0.00000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3095  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.19 
 
 
145 aa  58.2  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000335768  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.75 
 
 
132 aa  58.2  0.00000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.36 
 
 
212 aa  57.8  0.00000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  38.27 
 
 
139 aa  57.8  0.00000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.27 
 
 
139 aa  57.8  0.00000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0715  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.54 
 
 
139 aa  57.8  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000696876  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.76 
 
 
131 aa  57.4  0.00000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.9 
 
 
120 aa  57.4  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
155 aa  57  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  38.16 
 
 
132 aa  57  0.00000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.16 
 
 
132 aa  56.2  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.84 
 
 
147 aa  56.2  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3206  dnaK suppressor protein, putative  35.77 
 
 
139 aa  55.8  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000255465  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0036  dnaK suppressor protein  34.43 
 
 
152 aa  55.5  0.0000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0064  DnaK suppressor protein  36.07 
 
 
152 aa  55.8  0.0000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  31.62 
 
 
117 aa  56.2  0.0000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  37.5 
 
 
122 aa  55.8  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.88 
 
 
118 aa  55.1  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  36.71 
 
 
118 aa  54.7  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  32.94 
 
 
130 aa  54.7  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1803  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.96 
 
 
106 aa  54.7  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0488445  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.94 
 
 
120 aa  54.7  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.01 
 
 
118 aa  54.3  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.36 
 
 
234 aa  54.7  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.25 
 
 
115 aa  54.3  0.0000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0429  hypothetical protein  29.06 
 
 
128 aa  53.9  0.0000007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.83 
 
 
222 aa  53.9  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.75 
 
 
120 aa  53.9  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  33.78 
 
 
236 aa  53.5  0.0000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
207 aa  53.9  0.0000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.36 
 
 
120 aa  53.5  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  31.71 
 
 
143 aa  52.8  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  31.71 
 
 
143 aa  52.8  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3578  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.47 
 
 
116 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.031669 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5995  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.07 
 
 
142 aa  53.1  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.92 
 
 
527 aa  53.1  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
253 aa  52.8  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  37 
 
 
142 aa  52.8  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.83 
 
 
122 aa  52.8  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2893  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.07 
 
 
122 aa  52.8  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0224708 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0565  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.84 
 
 
269 aa  52.4  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44 
 
 
210 aa  52.8  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  26.27 
 
 
120 aa  51.6  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1267  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.53 
 
 
258 aa  52  0.000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000120418  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.18 
 
 
121 aa  52  0.000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3204  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.29 
 
 
139 aa  52  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.15399e-17  unclonable  7.046940000000001e-24 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.39 
 
 
151 aa  51.6  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1324  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.77 
 
 
139 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.820819  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  40.82 
 
 
152 aa  51.2  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.08 
 
 
275 aa  51.2  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2760  DnaK suppressor protein  32.5 
 
 
118 aa  50.8  0.000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.19847e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.91 
 
 
118 aa  50.8  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.91 
 
 
118 aa  50.8  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1266  dnaK suppressor protein  37.33 
 
 
105 aa  50.8  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  30 
 
 
206 aa  50.4  0.000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0964  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.07 
 
 
147 aa  50.8  0.000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.633657  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.17 
 
 
176 aa  50.4  0.000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.9 
 
 
124 aa  50.4  0.000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1184  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.75 
 
 
123 aa  50.4  0.000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000422996  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  25.42 
 
 
120 aa  49.7  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3682  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.22 
 
 
111 aa  50.1  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.594064 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  25.42 
 
 
120 aa  49.7  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.64 
 
 
144 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.64 
 
 
144 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.42 
 
 
120 aa  49.7  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.6 
 
 
145 aa  50.1  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.67 
 
 
257 aa  49.7  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0162  DnaK suppressor protein  41.07 
 
 
137 aa  49.3  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00225781  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.73 
 
 
297 aa  49.3  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.37 
 
 
148 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.195272  hitchhiker  0.00000457182 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>