152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1926 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_1926  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 		 113 aa  228  2e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2687  TraR/DksA family transcriptional regulator  68.14 
 
 		 113 aa  169  1e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0540586 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0169  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.03 
 
 		 110 aa  85.1  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.2184  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2328  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.75 
 
 		 112 aa  83.2  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3893  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 131 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000111864 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 107 aa  58.2  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4199  hypothetical protein  35.64 
 
 		 111 aa  57.8  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124455  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.64 
 
 		 155 aa  56.2  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.59 
 
 		 110 aa  54.3  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2786  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 112 aa  52.8  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.338701 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1239  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.58 
 
 		 119 aa  52.4  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0619111 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3073  transcriptional regulator, TraR/DksA family protein  33.65 
 
 		 115 aa  52  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0240851 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3949  DnaK suppressor protein, putative  33.33 
 
 		 119 aa  52.4  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.442738 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4563  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.53 
 
 		 120 aa  52  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.258431 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.53 
 
 		 120 aa  52  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.97 
 
 		 121 aa  51.2  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0188  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 110 aa  50.8  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1993  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 110 aa  50.8  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55 
 
 		 126 aa  49.7  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 113 aa  49.7  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 111 aa  49.7  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 119 aa  48.9  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  47.83 
 
 		 139 aa  49.3  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 121 aa  49.3  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1413  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.91 
 
 		 112 aa  49.3  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.218232 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 139 aa  49.3  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 124 aa  48.5  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2105  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 118 aa  48.5  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.8303 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 130 aa  48.1  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  31.94 
 
 		 132 aa  48.1  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 132 aa  47.4  0.00008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.64 
 
 		 121 aa  47  0.00009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2385  hypothetical protein  33.33 
 
 		 117 aa  47  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.309687  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0188  hypothetical protein  42.31 
 
 		 61 aa  46.6  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.04 
 
 		 213 aa  46.2  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 131 aa  46.2  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  45.83 
 
 		 283 aa  46.6  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0584  RNA polymerase-binding dnaK suppressor protein DksA  41.54 
 
 		 148 aa  46.6  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2925  TraR/DksA family transcriptional regulator  56.41 
 
 		 110 aa  46.2  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2037  regulator RpoS  34.62 
 
 		 146 aa  45.4  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.555499  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2782  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.39 
 
 		 128 aa  45.4  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.553966  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 140 aa  45.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 149 aa  45.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3455  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 150 aa  45.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0589339  normal  0.960962 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  52.38 
 
 		 152 aa  45.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  42.31 
 
 		 131 aa  44.7  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2340  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 146 aa  45.1  0.0004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  48 
 
 		 130 aa  45.1  0.0004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  33.82 
 
 		 149 aa  44.7  0.0004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  35.14 
 
 		 152 aa  44.7  0.0004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.09 
 
 		 114 aa  44.3  0.0006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3170  RNA polymerase-binding, DksA  47.62 
 
 		 147 aa  44.3  0.0006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000043315  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40860  hypothetical protein  39.44 
 
 		 108 aa  44.3  0.0006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.802206  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3899  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 147 aa  44.3  0.0006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000283088  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0874  DnaK suppressor protein  47.62 
 
 		 147 aa  43.9  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3798  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 147 aa  43.9  0.0008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000388201  hitchhiker  0.00000322165 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0872  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.62 
 
 		 147 aa  43.9  0.0008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000169398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0730  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 147 aa  43.9  0.0008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000697807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3292  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 147 aa  43.9  0.0008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000329302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3404  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 147 aa  43.9  0.0008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000437132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3490  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 147 aa  43.9  0.0008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000869556  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0884  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 147 aa  43.9  0.0008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000326518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3128  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 147 aa  43.9  0.0008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000188351  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1198  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 103 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.114031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0849  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 147 aa  43.9  0.0008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000107681  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 114 aa  43.9  0.0008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0007  hypothetical protein  52.5 
 
 		 104 aa  43.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.807913  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  32.04 
 
 		 141 aa  43.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3327  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 134 aa  43.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  46.88 
 
 		 147 aa  43.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3276  transcriptional regulators, TraR/DksA family protein  47.62 
 
 		 147 aa  43.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000078623  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.03 
 
 		 120 aa  42.7  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  48.72 
 
 		 122 aa  43.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.17 
 
 		 130 aa  43.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002565  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  38.57 
 
 		 148 aa  43.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3468  RNA polymerase-binding transcription factor  41.07 
 
 		 151 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312993  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1511  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.73 
 
 		 111 aa  43.5  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.155878 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3338  RNA polymerase-binding transcription factor  41.07 
 
 		 151 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000258197  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03446  hypothetical protein  38.57 
 
 		 148 aa  43.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 		 121 aa  43.5  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0698  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 147 aa  43.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000370209  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  53.57 
 
 		 124 aa  42.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0916  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 106 aa  42.4  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.354828  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 147 aa  42.4  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0685  RNA polymerase-binding transcription factor  41.07 
 
 		 151 aa  42.7  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0013378  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1005  RNA polymerase-binding transcription factor  35.71 
 
 		 182 aa  42.4  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 138 aa  42.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1511  hypothetical protein  54.84 
 
 		 122 aa  42  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  35.38 
 
 		 136 aa  42  0.003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 146 aa  41.6  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.28 
 
 		 120 aa  42  0.003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 122 aa  41.6  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.14 
 
 		 205 aa  41.6  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0180  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 144 aa  42  0.003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000132063  normal  0.0556483 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 243 aa  41.6  0.003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3457  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.08 
 
 		 151 aa  41.6  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  30.09 
 
 		 146 aa  41.2  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.72 
 
 		 145 aa  41.6  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  25.89 
 
 		 222 aa  41.2  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1047  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  40.38 
 
 		 117 aa  41.2  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>