153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_40860 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_40860  hypothetical protein  100 
 
 
108 aa  213  5e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.802206  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60560  hypothetical protein  65.38 
 
 
108 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.654182 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5217  hypothetical protein  65.38 
 
 
108 aa  87.4  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1198  TraR/DksA family transcriptional regulator  56.99 
 
 
103 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.114031  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.2 
 
 
114 aa  71.2  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  42.86 
 
 
105 aa  70.9  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0007  hypothetical protein  37.5 
 
 
104 aa  68.2  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.807913  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0604  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.39 
 
 
114 aa  67.4  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1266  dnaK suppressor protein  42.5 
 
 
105 aa  62  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1477  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.19 
 
 
105 aa  61.6  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0382  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.43 
 
 
104 aa  61.2  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0916  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.21 
 
 
106 aa  60.8  0.000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.354828  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3596  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.39 
 
 
108 aa  59.3  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1803  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
106 aa  58.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0488445  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.32 
 
 
155 aa  58.5  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1427  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.08 
 
 
109 aa  57.8  0.00000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0733302  normal  0.617985 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  40.59 
 
 
139 aa  57  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.59 
 
 
139 aa  57  0.00000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0166  DnaK suppressor protein  34.29 
 
 
105 aa  57  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1800  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.29 
 
 
105 aa  56.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.315491 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0680  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.27 
 
 
109 aa  54.7  0.0000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0997736  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.08 
 
 
251 aa  53.5  0.0000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.27 
 
 
206 aa  53.1  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.67 
 
 
119 aa  52.4  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0565  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.24 
 
 
269 aa  52.4  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  51.22 
 
 
283 aa  51.2  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.16 
 
 
150 aa  50.4  0.000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.68 
 
 
228 aa  50.8  0.000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.99 
 
 
210 aa  50.4  0.000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2062  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.06 
 
 
118 aa  50.1  0.000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000865725 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.28 
 
 
129 aa  50.1  0.000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4329  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.06 
 
 
117 aa  49.7  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.92957  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0964  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 
147 aa  49.7  0.00001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.633657  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.92 
 
 
121 aa  49.7  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0152  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.71 
 
 
114 aa  50.1  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.16 
 
 
275 aa  48.9  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37100  DnaK suppressor protein  50 
 
 
129 aa  48.9  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22690  DnaK suppressor protein  60.53 
 
 
114 aa  49.3  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.28 
 
 
144 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4387  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.76 
 
 
256 aa  49.3  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.28 
 
 
144 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  38.95 
 
 
110 aa  48.1  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
121 aa  48.1  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.65 
 
 
213 aa  48.1  0.00004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1184  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.78 
 
 
123 aa  47.8  0.00005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000422996  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 
216 aa  47.8  0.00005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1430  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.07 
 
 
106 aa  47.8  0.00006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34 
 
 
253 aa  47.4  0.00006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.85 
 
 
231 aa  47.4  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3682  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.59 
 
 
111 aa  47.4  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.594064 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  43.08 
 
 
122 aa  47.4  0.00007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.06 
 
 
136 aa  47  0.00009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.43 
 
 
222 aa  46.6  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2687  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.42 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0540586 
 
 
-
 
NC_002936  DET1373  dnaK suppressor protein, putative  48.78 
 
 
123 aa  45.8  0.0002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00000567795  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  27.66 
 
 
119 aa  45.8  0.0002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1154  DnaK suppressor protein-like protein  48.78 
 
 
122 aa  45.8  0.0002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0136974  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.89 
 
 
144 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.19 
 
 
120 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2893  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
122 aa  45.8  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0224708 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  39.53 
 
 
152 aa  45.4  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.82 
 
 
131 aa  45.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
176 aa  45.4  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.08 
 
 
113 aa  45.1  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.55 
 
 
144 aa  45.1  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.78 
 
 
527 aa  44.7  0.0004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2328  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.61 
 
 
112 aa  44.7  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3578  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.51 
 
 
116 aa  44.7  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.031669 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.55 
 
 
115 aa  44.7  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.53 
 
 
120 aa  44.3  0.0005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.76 
 
 
212 aa  44.3  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1926  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.44 
 
 
113 aa  44.3  0.0006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.8 
 
 
147 aa  44.3  0.0006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.35 
 
 
257 aa  43.9  0.0007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.78 
 
 
120 aa  43.9  0.0007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3552  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.66 
 
 
122 aa  43.9  0.0008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.578946  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3660  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.33 
 
 
149 aa  43.5  0.0009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3620  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.66 
 
 
122 aa  43.5  0.0009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.640003  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.19 
 
 
150 aa  43.5  0.0009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  35.71 
 
 
236 aa  43.1  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.53 
 
 
120 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.76 
 
 
121 aa  43.5  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3641  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.82 
 
 
130 aa  43.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.53 
 
 
118 aa  42.7  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2314  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.82 
 
 
105 aa  42.7  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  36.36 
 
 
132 aa  43.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3190  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.82 
 
 
159 aa  43.5  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 
132 aa  42.7  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4116  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.82 
 
 
130 aa  43.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.8 
 
 
207 aa  43.5  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.9 
 
 
118 aa  43.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0167  putative DnaK suppressor  27.55 
 
 
125 aa  43.5  0.001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000243735  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  46.51 
 
 
153 aa  43.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2024  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.82 
 
 
131 aa  42.7  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.812974  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1419  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.82 
 
 
131 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.597542  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.53 
 
 
118 aa  42.7  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.56 
 
 
132 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1047  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.82 
 
 
117 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1334  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.82 
 
 
131 aa  42.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3205  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.82 
 
 
131 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>