More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2148 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  100 
 
 
132 aa  267  4e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  96.97 
 
 
132 aa  261  2e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  57.5 
 
 
139 aa  130  9e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  57.5 
 
 
139 aa  129  9e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.9 
 
 
155 aa  113  6.9999999999999995e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  43.55 
 
 
283 aa  91.7  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  52.22 
 
 
153 aa  87.4  6e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.38 
 
 
133 aa  86.7  9e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.41 
 
 
150 aa  85.9  2e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.11 
 
 
150 aa  85.5  2e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3190  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.84 
 
 
159 aa  85.5  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.06 
 
 
275 aa  79.7  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.25 
 
 
136 aa  74.3  0.0000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1292  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.98 
 
 
157 aa  73.2  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.359698  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  36.43 
 
 
236 aa  70.9  0.000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
527 aa  70.9  0.000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  39.47 
 
 
110 aa  69.7  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.12 
 
 
121 aa  68.9  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.57 
 
 
176 aa  67.8  0.00000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.68 
 
 
121 aa  64.7  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.88 
 
 
154 aa  62.8  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.74 
 
 
126 aa  62  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  33.88 
 
 
154 aa  62.8  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.85 
 
 
140 aa  62  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.75 
 
 
228 aa  61.2  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.56 
 
 
207 aa  61.6  0.000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.84 
 
 
113 aa  61.2  0.000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3682  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.66 
 
 
111 aa  59.7  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.594064 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  42.67 
 
 
243 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  42.67 
 
 
243 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.73 
 
 
110 aa  60.1  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  41.33 
 
 
243 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  41.33 
 
 
243 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  41.33 
 
 
243 aa  58.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.55 
 
 
118 aa  59.3  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  41.33 
 
 
243 aa  58.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.03 
 
 
251 aa  58.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2860  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
106 aa  59.3  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0152  transcriptional regulator, TraR/DksA family  56.25 
 
 
114 aa  59.3  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  41.33 
 
 
243 aa  58.5  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  41.33 
 
 
243 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.46 
 
 
150 aa  58.2  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4700  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
243 aa  57.4  0.00000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000265525  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0249  DNA binding protein, DksA/TraR family  40 
 
 
243 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000818041  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2922  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.1 
 
 
151 aa  57  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.319958 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  28.57 
 
 
141 aa  57  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  38.16 
 
 
127 aa  57  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.02 
 
 
213 aa  55.8  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.67 
 
 
243 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.3 
 
 
120 aa  55.8  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.31 
 
 
144 aa  55.1  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  32.48 
 
 
143 aa  55.1  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  28.44 
 
 
119 aa  55.5  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  42.65 
 
 
149 aa  55.1  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.11 
 
 
120 aa  55.1  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  43.75 
 
 
147 aa  54.3  0.0000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3596  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.28 
 
 
108 aa  54.3  0.0000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.58 
 
 
149 aa  54.3  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30 
 
 
141 aa  54.3  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42640  RNA polymerase binding protein DksA  25.4 
 
 
145 aa  54.3  0.0000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.105027  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0879  suppressor protein DksA  30.84 
 
 
145 aa  53.9  0.0000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.73 
 
 
145 aa  53.9  0.0000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.54 
 
 
253 aa  53.9  0.0000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.02 
 
 
120 aa  53.5  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  52.17 
 
 
130 aa  53.5  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1511  hypothetical protein  41.56 
 
 
122 aa  52.8  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2297  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.08 
 
 
141 aa  52.8  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.447274  normal  0.0340464 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.91 
 
 
140 aa  53.1  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.83 
 
 
114 aa  53.1  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.19 
 
 
120 aa  52.8  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1413  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.56 
 
 
112 aa  53.5  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.218232 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.19 
 
 
120 aa  52.8  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.19 
 
 
120 aa  52.8  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.15 
 
 
130 aa  52.4  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  36.73 
 
 
118 aa  52.4  0.000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.79 
 
 
212 aa  52.8  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  25.89 
 
 
132 aa  52.4  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.99 
 
 
130 aa  52  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.62 
 
 
118 aa  52.8  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2925  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.27 
 
 
110 aa  52.4  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0964  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.81 
 
 
147 aa  52.4  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.633657  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.15 
 
 
130 aa  52  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0648  putative DnaK suppressor protein  52.38 
 
 
92 aa  52.8  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.48 
 
 
151 aa  51.6  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.03 
 
 
222 aa  51.6  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.27 
 
 
144 aa  52  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.02 
 
 
132 aa  52  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1184  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 
123 aa  51.2  0.000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000422996  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.47 
 
 
218 aa  51.6  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  28.05 
 
 
119 aa  51.2  0.000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.65 
 
 
139 aa  51.2  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  31.3 
 
 
152 aa  51.6  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.9 
 
 
121 aa  51.6  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3552  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.3 
 
 
122 aa  51.6  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.578946  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002565  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  32.69 
 
 
148 aa  51.2  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.68 
 
 
114 aa  51.2  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.94 
 
 
158 aa  51.2  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  33.33 
 
 
136 aa  51.2  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0227  DnaK suppressor protein DksA  39.06 
 
 
151 aa  50.8  0.000006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.143062  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2893  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.65 
 
 
122 aa  50.8  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0224708 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>