280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_4199 on replicon NC_007490
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007490  RSP_4199  hypothetical protein  100 
 
 
111 aa  216  6e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124455  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2385  hypothetical protein  58.88 
 
 
117 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.309687  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.08 
 
 
107 aa  102  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.09 
 
 
119 aa  90.1  9e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
119 aa  86.3  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  57.14 
 
 
111 aa  84.7  4e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2786  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.88 
 
 
112 aa  84.3  5e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.338701 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1993  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.65 
 
 
110 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0188  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.65 
 
 
110 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3893  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.92 
 
 
131 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000111864 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3073  transcriptional regulator, TraR/DksA family protein  41.44 
 
 
115 aa  80.9  0.000000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0240851 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4470  putative DnaK suppressor protein  53.85 
 
 
111 aa  80.1  0.000000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000149172  hitchhiker  0.00792418 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4602  putative DnaK suppressor protein  53.85 
 
 
111 aa  80.1  0.000000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000114617  normal  0.012222 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1573  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.85 
 
 
111 aa  80.1  0.000000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0169  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.6 
 
 
110 aa  65.1  0.0000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.2184  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3949  DnaK suppressor protein, putative  40.82 
 
 
119 aa  58.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.442738 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1926  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.64 
 
 
113 aa  57.8  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2328  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.38 
 
 
112 aa  54.3  0.0000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  37.62 
 
 
110 aa  54.3  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  37.1 
 
 
141 aa  53.5  0.0000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  47.62 
 
 
143 aa  52  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2105  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
118 aa  52  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.8303 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  45.24 
 
 
154 aa  51.6  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  42.86 
 
 
143 aa  51.2  0.000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  42.86 
 
 
143 aa  51.2  0.000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.24 
 
 
154 aa  51.6  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.86 
 
 
151 aa  51.6  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.87 
 
 
140 aa  51.2  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2687  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 
113 aa  51.2  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0540586 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 
141 aa  50.4  0.000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
118 aa  50.8  0.000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  50 
 
 
132 aa  49.7  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.85 
 
 
132 aa  50.1  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.1 
 
 
150 aa  49.7  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.24 
 
 
120 aa  49.7  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0180  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.92 
 
 
144 aa  49.3  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000132063  normal  0.0556483 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.44 
 
 
213 aa  49.3  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.62 
 
 
120 aa  48.9  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.89 
 
 
130 aa  48.9  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  40.48 
 
 
149 aa  48.5  0.00003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2037  regulator RpoS  33.33 
 
 
146 aa  48.5  0.00003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.555499  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4804  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.24 
 
 
147 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.178238  hitchhiker  0.00624661 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3585  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.1 
 
 
148 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.845772 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  40.48 
 
 
147 aa  48.5  0.00003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2340  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
146 aa  48.5  0.00003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.61 
 
 
133 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3899  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.48 
 
 
147 aa  48.5  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000283088  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  40.48 
 
 
136 aa  48.5  0.00003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42640  RNA polymerase binding protein DksA  38.1 
 
 
145 aa  48.1  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.105027  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  57.14 
 
 
228 aa  48.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48 
 
 
162 aa  48.1  0.00004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3660  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
149 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.73 
 
 
130 aa  48.1  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2605  DnaK suppressor protein  42.86 
 
 
156 aa  48.1  0.00004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.422006  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5439  suppressor protein DksA  38.1 
 
 
148 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.78 
 
 
140 aa  47.8  0.00005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 
149 aa  47.8  0.00005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62490  suppressor protein DksA  38.1 
 
 
148 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3404  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.48 
 
 
147 aa  47.8  0.00005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000437132  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  50 
 
 
157 aa  47.8  0.00005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0969  dnaK suppressor protein  40.48 
 
 
146 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0480379  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.5 
 
 
139 aa  47.4  0.00006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.62 
 
 
132 aa  47.8  0.00006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2819  RNA polymerase-binding transcription factor  40.48 
 
 
151 aa  47.8  0.00006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.02941  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  57.14 
 
 
229 aa  47.8  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  52.5 
 
 
139 aa  47.4  0.00006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00144  DNA-binding transcriptional regulator of rRNA transcription, DnaK suppressor protein  40.48 
 
 
151 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3457  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.48 
 
 
151 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0148  RNA polymerase-binding transcription factor  40.48 
 
 
151 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000273463  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0220  RNA polymerase-binding transcription factor  40.48 
 
 
151 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000337551  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0156  RNA polymerase-binding transcription factor  40.48 
 
 
151 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000187582  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0835  hypothetical protein  40.48 
 
 
146 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00111035 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3514  RNA polymerase-binding transcription factor  40.48 
 
 
151 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000935377  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0136  RNA polymerase-binding transcription factor  40.48 
 
 
151 aa  47.4  0.00007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000300013  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0218  RNA polymerase-binding transcription factor  40.48 
 
 
151 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.236664  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3338  RNA polymerase-binding transcription factor  40.48 
 
 
151 aa  47.4  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000258197  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0214  RNA polymerase-binding transcription factor  40.48 
 
 
151 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.748319  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0154  RNA polymerase-binding transcription factor  40.48 
 
 
151 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0031107  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0203  RNA polymerase-binding transcription factor  40.48 
 
 
151 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00143  hypothetical protein  40.48 
 
 
151 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000224196  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.62 
 
 
216 aa  47.4  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0162  DnaK suppressor protein  41.07 
 
 
137 aa  47.4  0.00007  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00225781  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0202  RNA polymerase-binding transcription factor  40.48 
 
 
151 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.210967  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3372  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 
145 aa  47.4  0.00007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.911345  normal  0.0274052 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3170  RNA polymerase-binding, DksA  38.1 
 
 
147 aa  47.4  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000043315  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0149  RNA polymerase-binding transcription factor  40.48 
 
 
151 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000131318  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3468  RNA polymerase-binding transcription factor  40.48 
 
 
151 aa  47.4  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312993  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3985  RNA polymerase-binding transcription factor  40.48 
 
 
151 aa  47.4  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000239354  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0698  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.1 
 
 
147 aa  47.4  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000370209  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.63 
 
 
140 aa  47  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0874  DnaK suppressor protein  38.1 
 
 
147 aa  47  0.00008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3128  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.1 
 
 
147 aa  47  0.00008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000188351  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  46 
 
 
138 aa  47.4  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0730  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.1 
 
 
147 aa  47  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000697807  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3292  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.1 
 
 
147 aa  47  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000329302  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0884  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.1 
 
 
147 aa  47  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000326518  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3490  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.1 
 
 
147 aa  47  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000869556  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0849  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.1 
 
 
147 aa  47  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000107681  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3798  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.1 
 
 
147 aa  47  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000388201  hitchhiker  0.00000322165 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.48 
 
 
147 aa  47  0.00009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>