219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2385 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2385  hypothetical protein  100 
 
 
117 aa  233  7e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.309687  normal 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4199  hypothetical protein  58.88 
 
 
111 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124455  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.55 
 
 
119 aa  83.6  9e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.41 
 
 
119 aa  82  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.84 
 
 
111 aa  79.7  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.19 
 
 
107 aa  79  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3893  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.41 
 
 
131 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000111864 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2786  TraR/DksA family transcriptional regulator  48 
 
 
112 aa  71.2  0.000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.338701 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1993  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.84 
 
 
110 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0188  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.84 
 
 
110 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1573  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.24 
 
 
111 aa  68.2  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4470  putative DnaK suppressor protein  38.24 
 
 
111 aa  68.2  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000149172  hitchhiker  0.00792418 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4602  putative DnaK suppressor protein  38.24 
 
 
111 aa  68.2  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000114617  normal  0.012222 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3073  transcriptional regulator, TraR/DksA family protein  38.24 
 
 
115 aa  65.1  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0240851 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3949  DnaK suppressor protein, putative  38.74 
 
 
119 aa  58.2  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.442738 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.58 
 
 
141 aa  58.2  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2328  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.25 
 
 
112 aa  57.8  0.00000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.58 
 
 
139 aa  55.8  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0180  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.78 
 
 
144 aa  55.1  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000132063  normal  0.0556483 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  43.55 
 
 
143 aa  53.9  0.0000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1477  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.4 
 
 
105 aa  53.9  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1800  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.15 
 
 
105 aa  53.9  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.315491 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.28 
 
 
132 aa  53.1  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.78 
 
 
140 aa  53.1  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.21 
 
 
154 aa  53.5  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.19 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0169  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.98 
 
 
110 aa  53.1  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.2184  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  48.21 
 
 
154 aa  53.5  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.28 
 
 
120 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1926  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
113 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.11 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0166  DnaK suppressor protein  33.33 
 
 
105 aa  52.4  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.68 
 
 
140 aa  52.8  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.83 
 
 
120 aa  51.6  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2819  RNA polymerase-binding transcription factor  41.27 
 
 
151 aa  51.2  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.02941  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  27.1 
 
 
149 aa  50.8  0.000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  34.29 
 
 
141 aa  50.8  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  34.92 
 
 
147 aa  50.8  0.000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  42.19 
 
 
143 aa  49.7  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3660  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
149 aa  50.1  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  40.62 
 
 
136 aa  49.7  0.00001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.62 
 
 
150 aa  49.7  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  42.19 
 
 
143 aa  49.7  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.83 
 
 
120 aa  49.3  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 
144 aa  48.9  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1032  RNA polymerase-binding transcription factor  39.68 
 
 
151 aa  48.5  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0218805  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2533  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.27 
 
 
139 aa  48.5  0.00003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0895997  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2340  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 
146 aa  48.1  0.00003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.64 
 
 
120 aa  48.5  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2037  regulator RpoS  37.5 
 
 
146 aa  48.1  0.00004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.555499  normal  0.116452 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00144  DNA-binding transcriptional regulator of rRNA transcription, DnaK suppressor protein  38.1 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3457  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.1 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0220  RNA polymerase-binding transcription factor  38.1 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000337551  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0202  RNA polymerase-binding transcription factor  38.1 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.210967  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0149  RNA polymerase-binding transcription factor  38.1 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000131318  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0148  RNA polymerase-binding transcription factor  38.1 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000273463  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2605  DnaK suppressor protein  42.11 
 
 
156 aa  47.8  0.00005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.422006  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3798  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.19 
 
 
147 aa  47.8  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000388201  hitchhiker  0.00000322165 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0214  RNA polymerase-binding transcription factor  38.1 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.748319  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0136  RNA polymerase-binding transcription factor  38.1 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000300013  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3514  RNA polymerase-binding transcription factor  38.1 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000935377  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0156  RNA polymerase-binding transcription factor  38.1 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000187582  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00143  hypothetical protein  38.1 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000224196  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0203  RNA polymerase-binding transcription factor  38.1 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.74 
 
 
118 aa  47.8  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0218  RNA polymerase-binding transcription factor  38.1 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.236664  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3985  RNA polymerase-binding transcription factor  38.71 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000239354  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0154  RNA polymerase-binding transcription factor  38.1 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0031107  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4693  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.71 
 
 
148 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000772708 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.71 
 
 
148 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.195272  hitchhiker  0.00000457182 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3899  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.51 
 
 
147 aa  47.8  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000283088  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3170  RNA polymerase-binding, DksA  36.51 
 
 
147 aa  47.4  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000043315  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.3 
 
 
120 aa  47.4  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.44 
 
 
132 aa  47.4  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0741  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.1 
 
 
147 aa  47  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000053151 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.22 
 
 
130 aa  47  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  48.78 
 
 
122 aa  47  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0874  DnaK suppressor protein  37.1 
 
 
147 aa  47  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0879  suppressor protein DksA  39.06 
 
 
145 aa  47  0.00009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0849  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.1 
 
 
147 aa  47  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000107681  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0884  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.1 
 
 
147 aa  47  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000326518  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0127  dnaK suppressor protein  38.1 
 
 
148 aa  47  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000295735  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0730  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.1 
 
 
147 aa  47  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000697807  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3292  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.1 
 
 
147 aa  47  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000329302  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0872  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.1 
 
 
147 aa  47  0.00009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000169398  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3128  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.1 
 
 
147 aa  47  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000188351  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3404  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.1 
 
 
147 aa  47  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000437132  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3490  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.1 
 
 
147 aa  47  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000869556  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0307  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.67 
 
 
313 aa  46.6  0.0001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.94 
 
 
142 aa  46.6  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  38.1 
 
 
152 aa  46.6  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2297  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.73 
 
 
141 aa  46.2  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.447274  normal  0.0340464 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3468  RNA polymerase-binding transcription factor  36.51 
 
 
151 aa  46.6  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312993  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.67 
 
 
313 aa  46.2  0.0001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3338  RNA polymerase-binding transcription factor  36.51 
 
 
151 aa  46.6  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000258197  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4691  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.1 
 
 
147 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000577976 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0698  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.48 
 
 
147 aa  46.2  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000370209  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0685  RNA polymerase-binding transcription factor  36.51 
 
 
151 aa  46.2  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0013378  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3585  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.51 
 
 
148 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.845772 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.06 
 
 
149 aa  46.2  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>