214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_0188 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_1993  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
110 aa  220  4.9999999999999996e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0188  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
110 aa  220  4.9999999999999996e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
111 aa  110  1.0000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.52 
 
 
119 aa  93.6  8e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4199  hypothetical protein  40.91 
 
 
111 aa  84.3  5e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124455  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  46 
 
 
119 aa  82.8  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.41 
 
 
107 aa  80.9  0.000000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3073  transcriptional regulator, TraR/DksA family protein  43.69 
 
 
115 aa  78.2  0.00000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0240851 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2786  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 
112 aa  70.5  0.000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.338701 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2385  hypothetical protein  40.19 
 
 
117 aa  69.7  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.309687  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2328  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.61 
 
 
112 aa  69.3  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3893  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.38 
 
 
131 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000111864 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0169  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.91 
 
 
110 aa  64.7  0.0000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.2184  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2687  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.65 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0540586 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1573  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.86 
 
 
111 aa  58.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4470  putative DnaK suppressor protein  42.86 
 
 
111 aa  58.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000149172  hitchhiker  0.00792418 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4602  putative DnaK suppressor protein  42.86 
 
 
111 aa  58.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000114617  normal  0.012222 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3949  DnaK suppressor protein, putative  43.27 
 
 
119 aa  58.5  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.442738 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.82 
 
 
122 aa  55.8  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1926  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.64 
 
 
113 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  32.46 
 
 
147 aa  50.4  0.000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0180  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.37 
 
 
144 aa  50.1  0.00001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000132063  normal  0.0556483 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  45.45 
 
 
132 aa  48.9  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  41.07 
 
 
143 aa  48.5  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  41.07 
 
 
143 aa  48.5  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.67 
 
 
145 aa  48.5  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  43.64 
 
 
143 aa  48.1  0.00004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2168  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.67 
 
 
142 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.51 
 
 
121 aa  47.8  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.58 
 
 
131 aa  47.8  0.00006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1239  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.58 
 
 
119 aa  47.4  0.00006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0619111 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  43.64 
 
 
154 aa  47  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.64 
 
 
154 aa  47  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3660  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.19 
 
 
149 aa  47  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  31.9 
 
 
149 aa  47  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37100  DnaK suppressor protein  42.22 
 
 
129 aa  46.6  0.0001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.07 
 
 
143 aa  46.6  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2893  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 
122 aa  47  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0224708 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.29 
 
 
146 aa  46.6  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2922  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.58 
 
 
151 aa  46.2  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.319958 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.75 
 
 
218 aa  46.2  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  28.04 
 
 
118 aa  45.4  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.18 
 
 
140 aa  45.8  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  39.29 
 
 
152 aa  45.4  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2340  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.18 
 
 
146 aa  46.2  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.29 
 
 
149 aa  46.2  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.11 
 
 
149 aa  45.4  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3276  transcriptional regulators, TraR/DksA family protein  37.5 
 
 
147 aa  45.8  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000078623  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31 
 
 
120 aa  45.4  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.06 
 
 
150 aa  45.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
151 aa  45.4  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2037  regulator RpoS  38.18 
 
 
146 aa  45.4  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.555499  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.35 
 
 
118 aa  45.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2014  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.94 
 
 
162 aa  45.4  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.94 
 
 
162 aa  45.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3372  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.18 
 
 
145 aa  45.4  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.911345  normal  0.0274052 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.58 
 
 
130 aa  45.4  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.29 
 
 
141 aa  45.4  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.35 
 
 
118 aa  45.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  38 
 
 
110 aa  45.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.91 
 
 
130 aa  44.7  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.94 
 
 
133 aa  44.7  0.0004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.14 
 
 
124 aa  44.7  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  39.29 
 
 
141 aa  44.3  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.44 
 
 
115 aa  44.7  0.0005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
130 aa  44.3  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.11 
 
 
140 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4329  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.63 
 
 
117 aa  44.3  0.0006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.92957  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3404  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
147 aa  44.3  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000437132  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36 
 
 
121 aa  43.9  0.0007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
139 aa  43.9  0.0007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.41 
 
 
118 aa  43.9  0.0007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 
140 aa  43.9  0.0007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0007  hypothetical protein  42.22 
 
 
104 aa  43.9  0.0008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.807913  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4691  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 
147 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000577976 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.97 
 
 
130 aa  43.9  0.0008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 
147 aa  43.9  0.0008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3170  RNA polymerase-binding, DksA  35.71 
 
 
147 aa  43.9  0.0009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000043315  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.18 
 
 
126 aa  43.5  0.0009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2860  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.78 
 
 
106 aa  43.5  0.0009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  37.93 
 
 
134 aa  43.5  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.36 
 
 
155 aa  42.7  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  40.91 
 
 
124 aa  43.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0872  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.71 
 
 
147 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000169398  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3327  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.75 
 
 
134 aa  42.7  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0741  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 
147 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000053151 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1324  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.21 
 
 
139 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.820819  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0884  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
147 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000326518  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0730  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
147 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000697807  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3292  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
147 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000329302  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3899  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
147 aa  43.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000283088  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1477  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.55 
 
 
105 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0584  RNA polymerase-binding dnaK suppressor protein DksA  35.71 
 
 
148 aa  43.5  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3428  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.69 
 
 
278 aa  43.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.478863 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3798  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
147 aa  43.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000388201  hitchhiker  0.00000322165 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.67 
 
 
213 aa  43.5  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  41.3 
 
 
122 aa  42.7  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3128  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
147 aa  43.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000188351  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1800  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.43 
 
 
105 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.315491 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3490  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
147 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000869556  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>