236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A1158 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  100 
 
 
124 aa  246  8e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4453  TraR/DksA family transcriptional regulator  56.41 
 
 
123 aa  122  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.142377 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4563  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.76 
 
 
120 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.258431 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.76 
 
 
120 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1511  hypothetical protein  46.72 
 
 
122 aa  96.7  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0188  hypothetical protein  65 
 
 
61 aa  80.5  0.000000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.65 
 
 
130 aa  71.2  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2010  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  36.13 
 
 
135 aa  70.1  0.000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2024  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  47.13 
 
 
131 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.812974  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1419  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  47.13 
 
 
131 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.597542  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1047  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  47.13 
 
 
117 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1334  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  47.13 
 
 
131 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3205  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  47.13 
 
 
131 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3077  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  47.13 
 
 
131 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2314  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  47.13 
 
 
105 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2675  transcriptional regulator, TraR/DksA family  57.69 
 
 
132 aa  67.4  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.242775  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  44.83 
 
 
131 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.35 
 
 
114 aa  61.2  0.000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.89 
 
 
114 aa  60.5  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  36.84 
 
 
132 aa  60.5  0.000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.84 
 
 
130 aa  60.1  0.000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.14 
 
 
213 aa  59.7  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4148  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.71 
 
 
130 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0078373  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4218  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.71 
 
 
130 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419171  normal  0.270154 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3299  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.71 
 
 
130 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322172  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.84 
 
 
253 aa  58.5  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4700  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.48 
 
 
243 aa  58.2  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000265525  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  34.15 
 
 
122 aa  57.8  0.00000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1799  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.88 
 
 
130 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.392784 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  36.78 
 
 
243 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  37.21 
 
 
243 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.66 
 
 
131 aa  57  0.00000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  37.21 
 
 
243 aa  57  0.00000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  37.21 
 
 
243 aa  57  0.00000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  37.21 
 
 
243 aa  57  0.00000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  37.21 
 
 
243 aa  57  0.00000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0249  DNA binding protein, DksA/TraR family  36.05 
 
 
243 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000818041  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4387  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.26 
 
 
256 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  36.05 
 
 
243 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.29 
 
 
136 aa  55.8  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  35.23 
 
 
243 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.14 
 
 
155 aa  55.5  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.79 
 
 
121 aa  54.7  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.79 
 
 
121 aa  54.3  0.0000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.73 
 
 
126 aa  54.3  0.0000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.9 
 
 
121 aa  54.3  0.0000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3641  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.97 
 
 
130 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4116  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.97 
 
 
130 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  37.33 
 
 
119 aa  53.5  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2439  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.19 
 
 
115 aa  53.1  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.734932  normal  0.693819 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  43.48 
 
 
105 aa  53.1  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1204  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
134 aa  53.1  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.418656  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
243 aa  52.8  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2925  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.89 
 
 
110 aa  52.8  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0964  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 
147 aa  51.6  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.633657  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  37.84 
 
 
153 aa  51.6  0.000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.94 
 
 
122 aa  51.6  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.6 
 
 
210 aa  52  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  33.33 
 
 
152 aa  51.2  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1324  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.15 
 
 
139 aa  50.8  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.820819  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.15 
 
 
124 aa  50.4  0.000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.66 
 
 
275 aa  50.4  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.53 
 
 
130 aa  50.4  0.000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2631  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.06 
 
 
103 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0800447  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0648  putative DnaK suppressor protein  42.25 
 
 
92 aa  50.4  0.000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2535  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.15 
 
 
103 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.73 
 
 
150 aa  50.1  0.000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.62 
 
 
130 aa  49.7  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37100  DnaK suppressor protein  48.94 
 
 
129 aa  49.7  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1754  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.07 
 
 
118 aa  49.7  0.00001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000650821  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2860  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.38 
 
 
106 aa  49.7  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.23 
 
 
118 aa  48.9  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6415  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.98 
 
 
110 aa  49.7  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.143253  normal  0.0110238 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.62 
 
 
130 aa  49.3  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0152  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.61 
 
 
114 aa  48.9  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1980  dnaK suppressor  25.41 
 
 
129 aa  48.9  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.1 
 
 
110 aa  48.9  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.6 
 
 
150 aa  48.5  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.62 
 
 
144 aa  48.5  0.00003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.73 
 
 
115 aa  48.5  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0565  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.86 
 
 
269 aa  48.9  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.38 
 
 
257 aa  48.5  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0249  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.91 
 
 
122 aa  48.5  0.00003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.534414  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.09 
 
 
129 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0382  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.24 
 
 
104 aa  48.1  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0162  DnaK suppressor protein  45.45 
 
 
137 aa  48.1  0.00004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00225781  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2893  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
122 aa  47.8  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0224708 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.93 
 
 
218 aa  47.4  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2105  TraR/DksA family transcriptional regulator  35 
 
 
118 aa  47.4  0.00006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.8303 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  44.9 
 
 
118 aa  47.4  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1500  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.69 
 
 
118 aa  47.4  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.58 
 
 
132 aa  47.4  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.43 
 
 
139 aa  47.4  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.76 
 
 
113 aa  47.4  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  35.53 
 
 
283 aa  47.4  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  27.83 
 
 
117 aa  47.4  0.00007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  32.43 
 
 
139 aa  47.4  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  32.43 
 
 
132 aa  47  0.00008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  40.38 
 
 
127 aa  47  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.93 
 
 
212 aa  47  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>