More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_2707 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_2707  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
133 aa  274  3e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.79 
 
 
146 aa  62.4  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.38 
 
 
118 aa  60.8  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  40 
 
 
118 aa  60.5  0.000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.42 
 
 
120 aa  60.1  0.000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  43.66 
 
 
138 aa  60.1  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.08 
 
 
120 aa  60.1  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.53 
 
 
139 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.09 
 
 
120 aa  59.7  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.66 
 
 
140 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.36 
 
 
138 aa  60.1  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  38.3 
 
 
138 aa  59.3  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  42.25 
 
 
136 aa  59.3  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.36 
 
 
138 aa  59.3  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.23 
 
 
158 aa  58.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  42.25 
 
 
133 aa  58.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.56 
 
 
138 aa  58.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.25 
 
 
138 aa  58.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.7 
 
 
139 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.63 
 
 
115 aa  59.3  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  44 
 
 
146 aa  59.3  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.67 
 
 
139 aa  58.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
120 aa  58.5  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.74 
 
 
120 aa  58.5  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.25 
 
 
138 aa  58.5  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.25 
 
 
142 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.46 
 
 
120 aa  58.5  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.25 
 
 
138 aa  58.2  0.00000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.67 
 
 
139 aa  58.2  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.56 
 
 
210 aa  58.2  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.43 
 
 
118 aa  57.8  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3895  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
124 aa  57.8  0.00000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0249902  normal  0.427692 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.36 
 
 
145 aa  57.8  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.3 
 
 
139 aa  57.4  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
138 aa  57.8  0.00000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.78 
 
 
139 aa  57  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  51.02 
 
 
117 aa  57  0.00000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.78 
 
 
139 aa  57  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  39.58 
 
 
138 aa  57  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.78 
 
 
139 aa  57  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  37.84 
 
 
134 aa  57  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.57 
 
 
118 aa  57  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3468  RNA polymerase-binding transcription factor  36.49 
 
 
151 aa  56.2  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312993  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.23 
 
 
132 aa  56.2  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  35.78 
 
 
139 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3338  RNA polymerase-binding transcription factor  36.49 
 
 
151 aa  56.2  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000258197  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  40.54 
 
 
119 aa  56.2  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.78 
 
 
139 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.57 
 
 
118 aa  56.6  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0547  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.43 
 
 
140 aa  56.6  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4691  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.59 
 
 
147 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000577976 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3985  RNA polymerase-binding transcription factor  36.49 
 
 
151 aa  55.8  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000239354  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2037  regulator RpoS  37.5 
 
 
146 aa  55.8  0.0000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.555499  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1005  RNA polymerase-binding transcription factor  37.5 
 
 
182 aa  55.5  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132792  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  29.46 
 
 
236 aa  55.5  0.0000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3101  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.31 
 
 
152 aa  55.5  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0741  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.37 
 
 
147 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000053151 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2340  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 
146 aa  55.8  0.0000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.31 
 
 
155 aa  55.8  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  39.05 
 
 
134 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0584  RNA polymerase-binding dnaK suppressor protein DksA  38.89 
 
 
148 aa  55.8  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0687  hypothetical protein  37.5 
 
 
134 aa  55.1  0.0000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.572586  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  37.84 
 
 
152 aa  55.5  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3262  dnaK suppressor protein, putative  32.04 
 
 
134 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.73 
 
 
150 aa  55.5  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3327  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
134 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1844  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.67 
 
 
134 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0449164  normal  0.0842967 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.57 
 
 
118 aa  55.1  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  42.86 
 
 
134 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3372  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.14 
 
 
145 aa  55.5  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.911345  normal  0.0274052 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.92 
 
 
134 aa  55.1  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  34.04 
 
 
157 aa  55.1  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
149 aa  55.5  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1950  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.67 
 
 
142 aa  55.1  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.57 
 
 
118 aa  55.1  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  30.77 
 
 
283 aa  55.5  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0685  RNA polymerase-binding transcription factor  35.14 
 
 
151 aa  54.7  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0013378  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5439  suppressor protein DksA  34.57 
 
 
148 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1232  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.04 
 
 
139 aa  54.7  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.182051 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.33 
 
 
158 aa  54.7  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  33.64 
 
 
136 aa  55.1  0.0000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62490  suppressor protein DksA  34.57 
 
 
148 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2220  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  38.67 
 
 
134 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4306  DnaK suppressor protein  36.49 
 
 
148 aa  54.3  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3487  dnaK suppressor protein, putative  38.57 
 
 
134 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623059  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0227  DnaK suppressor protein DksA  35.14 
 
 
151 aa  54.3  0.0000005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.143062  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3519  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.67 
 
 
154 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0696704 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00144  DNA-binding transcriptional regulator of rRNA transcription, DnaK suppressor protein  35.14 
 
 
151 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3457  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.14 
 
 
151 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0149  RNA polymerase-binding transcription factor  35.14 
 
 
151 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000131318  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0220  RNA polymerase-binding transcription factor  35.14 
 
 
151 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000337551  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0136  RNA polymerase-binding transcription factor  35.14 
 
 
151 aa  54.3  0.0000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000300013  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0148  RNA polymerase-binding transcription factor  35.14 
 
 
151 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000273463  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0218  RNA polymerase-binding transcription factor  35.14 
 
 
151 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.236664  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0214  RNA polymerase-binding transcription factor  35.14 
 
 
151 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.748319  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0156  RNA polymerase-binding transcription factor  35.14 
 
 
151 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000187582  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0154  RNA polymerase-binding transcription factor  35.14 
 
 
151 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0031107  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0203  RNA polymerase-binding transcription factor  35.14 
 
 
151 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0202  RNA polymerase-binding transcription factor  35.14 
 
 
151 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.210967  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00143  hypothetical protein  35.14 
 
 
151 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000224196  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>