37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2415 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2415  transcriptional regulators, TraR/DksA family protein  100 
 
 		 123 aa  254  4e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2005  dksA-type zinc finger protein  48.36 
 
 		 119 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2453  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.36 
 
 		 119 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2334  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 119 aa  107  6e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00585088  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2262  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 119 aa  107  6e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.40465  normal  0.373919 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2582  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.76 
 
 		 119 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.453869  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1302  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 117 aa  106  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.893373  normal  0.0630763 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1761  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.76 
 
 		 119 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.002786  hitchhiker  0.0085611 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2310  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 119 aa  104  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2623  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.76 
 
 		 119 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0172808  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2243  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 118 aa  103  6e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.176071  hitchhiker  0.000769405 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.93 
 
 		 119 aa  102  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0227937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2860  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 118 aa  101  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.689813  hitchhiker  0.0000000253321 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1785  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 118 aa  100  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000697437 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2389  hypothetical protein  39.29 
 
 		 141 aa  99.8  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000590846  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1500  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 118 aa  99.8  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1980  dnaK suppressor  40.74 
 
 		 129 aa  55.5  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44 
 
 		 144 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44 
 
 		 144 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  28.32 
 
 		 132 aa  47.4  0.00006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 144 aa  47  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 124 aa  45.4  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 122 aa  44.3  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.18 
 
 		 120 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.35 
 
 		 130 aa  42.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4218  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 130 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419171  normal  0.270154 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  30 
 
 		 107 aa  42  0.003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4148  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 130 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0078373  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3299  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 130 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322172  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38 
 
 		 126 aa  42  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3073  transcriptional regulator, TraR/DksA family protein  43.18 
 
 		 115 aa  41.6  0.004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0240851 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  26.27 
 
 		 218 aa  41.6  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4602  putative DnaK suppressor protein  36.11 
 
 		 111 aa  41.2  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000114617  normal  0.012222 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4470  putative DnaK suppressor protein  36.11 
 
 		 111 aa  41.2  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000149172  hitchhiker  0.00792418 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1573  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.11 
 
 		 111 aa  41.2  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 111 aa  40.8  0.006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1799  TraR/DksA family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 130 aa  40.4  0.008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.392784 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>