42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_2453 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_2453  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 		 119 aa  239  1e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2334  TraR/DksA family transcriptional regulator  96.64 
 
 		 119 aa  230  5e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00585088  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2262  TraR/DksA family transcriptional regulator  96.64 
 
 		 119 aa  230  5e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.40465  normal  0.373919 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2005  dksA-type zinc finger protein  95.8 
 
 		 119 aa  226  6e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2310  TraR/DksA family transcriptional regulator  87.39 
 
 		 119 aa  215  1e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2582  TraR/DksA family transcriptional regulator  84.03 
 
 		 119 aa  209  1e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.453869  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1761  transcriptional regulator, TraR/DksA family  84.03 
 
 		 119 aa  207  3e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.002786  hitchhiker  0.0085611 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2623  TraR/DksA family transcriptional regulator  83.19 
 
 		 119 aa  207  6e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0172808  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  82.35 
 
 		 119 aa  206  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0227937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2860  TraR/DksA family transcriptional regulator  60.5 
 
 		 118 aa  147  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.689813  hitchhiker  0.0000000253321 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2243  TraR/DksA family transcriptional regulator  62.18 
 
 		 118 aa  143  7.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.176071  hitchhiker  0.000769405 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1302  TraR/DksA family transcriptional regulator  62.18 
 
 		 117 aa  140  8e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.893373  normal  0.0630763 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1785  TraR/DksA family transcriptional regulator  60.5 
 
 		 118 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000697437 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1500  TraR/DksA family transcriptional regulator  57.98 
 
 		 118 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2415  transcriptional regulators, TraR/DksA family protein  48.36 
 
 		 123 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2389  hypothetical protein  44.68 
 
 		 141 aa  101  4e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000590846  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1980  dnaK suppressor  36.59 
 
 		 129 aa  60.5  0.000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.23 
 
 		 126 aa  47.4  0.00006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 		 121 aa  45.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 122 aa  44.7  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4470  putative DnaK suppressor protein  39.71 
 
 		 111 aa  44.3  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000149172  hitchhiker  0.00792418 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  34.62 
 
 		 132 aa  44.3  0.0005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1573  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.71 
 
 		 111 aa  44.3  0.0005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4602  putative DnaK suppressor protein  39.71 
 
 		 111 aa  44.3  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000114617  normal  0.012222 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.78 
 
 		 144 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.78 
 
 		 144 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4329  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.67 
 
 		 117 aa  43.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.92957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.89 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.89 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 124 aa  43.5  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 144 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 111 aa  42  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  29.52 
 
 		 147 aa  42  0.003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 129 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  28.97 
 
 		 149 aa  41.2  0.005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 120 aa  41.2  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3073  transcriptional regulator, TraR/DksA family protein  40.48 
 
 		 115 aa  40.8  0.006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0240851 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  25.71 
 
 		 120 aa  40.8  0.007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  25.71 
 
 		 120 aa  40.4  0.008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 107 aa  40  0.01  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4453  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 123 aa  40  0.01  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.142377 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>