30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1785 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1785  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 		 118 aa  237  5e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000697437 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2860  TraR/DksA family transcriptional regulator  73.73 
 
 		 118 aa  176  9e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.689813  hitchhiker  0.0000000253321 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2243  TraR/DksA family transcriptional regulator  64.41 
 
 		 118 aa  157  6e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.176071  hitchhiker  0.000769405 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1761  transcriptional regulator, TraR/DksA family  63.87 
 
 		 119 aa  147  6e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.002786  hitchhiker  0.0085611 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2623  TraR/DksA family transcriptional regulator  63.03 
 
 		 119 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0172808  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2582  TraR/DksA family transcriptional regulator  63.87 
 
 		 119 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.453869  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  62.18 
 
 		 119 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0227937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2453  TraR/DksA family transcriptional regulator  60.5 
 
 		 119 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571464  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2005  dksA-type zinc finger protein  61.34 
 
 		 119 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2310  TraR/DksA family transcriptional regulator  60.5 
 
 		 119 aa  138  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2334  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 119 aa  135  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00585088  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2262  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 119 aa  135  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.40465  normal  0.373919 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1500  TraR/DksA family transcriptional regulator  57.63 
 
 		 118 aa  135  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1302  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 117 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.893373  normal  0.0630763 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2415  transcriptional regulators, TraR/DksA family protein  44.44 
 
 		 123 aa  100  6e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2389  hypothetical protein  56.79 
 
 		 141 aa  90.5  8e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000590846  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1980  dnaK suppressor  28.45 
 
 		 129 aa  53.5  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.9 
 
 		 144 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.9 
 
 		 144 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 144 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 129 aa  43.9  0.0007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 206 aa  43.5  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4602  putative DnaK suppressor protein  46 
 
 		 111 aa  42.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000114617  normal  0.012222 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4470  putative DnaK suppressor protein  46 
 
 		 111 aa  42.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000149172  hitchhiker  0.00792418 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1573  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46 
 
 		 111 aa  42.4  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.38 
 
 		 126 aa  41.6  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 111 aa  41.6  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  38 
 
 		 119 aa  40.4  0.007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.18 
 
 		 121 aa  40.4  0.007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 107 aa  40.4  0.009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>