87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3508 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3508  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 		 127 aa  254  3e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5647  transcriptional regulator, TraR/DksA family  75.4 
 
 		 128 aa  197  3e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0141  DNAK suppressor protein  60.48 
 
 		 259 aa  158  3e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.130476 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0419  DnaK suppressor protein  52.38 
 
 		 126 aa  128  3e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.145678 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0429  hypothetical protein  51.64 
 
 		 128 aa  117  7e-26  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0397  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.33 
 
 		 348 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.411835 
 
 
-
 
NC_002950  PG1597  DnaK suppressor protein, putative  50 
 
 		 126 aa  115  3e-25  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.638789 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0703  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 126 aa  111  3e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.383815  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0583  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.76 
 
 		 127 aa  101  3e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2047  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.28 
 
 		 149 aa  101  3e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02485  DnaK suppressor protein, putative  40.52 
 
 		 128 aa  92  2e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.130728  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0524  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 145 aa  82  0.000000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114279  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1772  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.29 
 
 		 144 aa  81.6  0.000000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000102348  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1990  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 144 aa  79.7  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.4478  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0424  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 144 aa  79.3  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00014325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2286  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.59 
 
 		 144 aa  78.6  0.00000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000387566  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.9 
 
 		 146 aa  77.8  0.00000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000000577167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1886  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.75 
 
 		 147 aa  77.4  0.00000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.271081  decreased coverage  0.00232468 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2904  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 117 aa  58.5  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000908818  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 297 aa  52.8  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1452  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.06 
 
 		 147 aa  52.4  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0860961  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.33 
 
 		 207 aa  52  0.000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.38 
 
 		 126 aa  51.2  0.000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 130 aa  49.7  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3487  dnaK suppressor protein, putative  43.48 
 
 		 134 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623059  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3262  dnaK suppressor protein, putative  43.48 
 
 		 134 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.33 
 
 		 121 aa  47.4  0.00007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.31 
 
 		 155 aa  47  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  34.78 
 
 		 132 aa  47  0.00009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  36.05 
 
 		 152 aa  46.6  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3132  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 113 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3327  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 134 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4246  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.94 
 
 		 115 aa  46.2  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.404751 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.73 
 
 		 213 aa  45.4  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  30.12 
 
 		 120 aa  45.1  0.0003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 121 aa  45.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1844  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 134 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0449164  normal  0.0842967 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 132 aa  45.1  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2220  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  32.14 
 
 		 134 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 131 aa  44.7  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  28.92 
 
 		 120 aa  44.7  0.0005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  28.92 
 
 		 120 aa  44.7  0.0005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.32 
 
 		 118 aa  44.3  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3519  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 154 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0696704 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.77 
 
 		 253 aa  44.3  0.0006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2439  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 115 aa  43.9  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.734932  normal  0.693819 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.13 
 
 		 120 aa  43.9  0.0007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.46 
 
 		 176 aa  43.9  0.0008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.29 
 
 		 118 aa  43.9  0.0008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3452  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 134 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.414408 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0604  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 114 aa  43.5  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1292  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.88 
 
 		 157 aa  42.7  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.359698  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 251 aa  43.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0152  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.64 
 
 		 114 aa  43.5  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 124 aa  43.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 		 121 aa  43.5  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  34.48 
 
 		 110 aa  42.7  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.89 
 
 		 275 aa  42.4  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 113 aa  42.4  0.002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3682  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.48 
 
 		 111 aa  42.4  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.594064 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 118 aa  42.4  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  38.46 
 
 		 283 aa  42.7  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 122 aa  42  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2062  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.86 
 
 		 118 aa  41.6  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000865725 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 139 aa  41.6  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 527 aa  42  0.003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2533  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 139 aa  42  0.003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0895997  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 121 aa  42  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  36.94 
 
 		 139 aa  41.6  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.61 
 
 		 114 aa  41.6  0.004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 114 aa  41.6  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2860  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.04 
 
 		 106 aa  41.6  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.72 
 
 		 147 aa  41.6  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  36.36 
 
 		 130 aa  41.6  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  25.21 
 
 		 119 aa  41.2  0.004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 158 aa  40.8  0.006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 130 aa  40.8  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.81 
 
 		 205 aa  40.8  0.006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  25.69 
 
 		 127 aa  40.8  0.007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6194  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.64 
 
 		 126 aa  40.4  0.008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.643826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 212 aa  40.4  0.008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2893  TraR/DksA family transcriptional regulator  35 
 
 		 122 aa  40.4  0.008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0224708 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2925  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 		 110 aa  40.4  0.008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.59 
 
 		 218 aa  40.4  0.008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1290  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 130 aa  40.4  0.009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  28.28 
 
 		 119 aa  40.4  0.009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  34.78 
 
 		 124 aa  40  0.01  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>