96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0397 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0397  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 		 348 aa  671    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.411835 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0419  DnaK suppressor protein  62.5 
 
 		 126 aa  160  4e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.145678 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5647  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.24 
 
 		 128 aa  130  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0583  transcriptional regulator, TraR/DksA family  54.31 
 
 		 127 aa  120  3e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1597  DnaK suppressor protein, putative  47.93 
 
 		 126 aa  120  4.9999999999999996e-26  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.638789 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0703  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 126 aa  117  3e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.383815  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02485  DnaK suppressor protein, putative  50.86 
 
 		 128 aa  116  5e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.130728  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2047  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.35 
 
 		 149 aa  103  5e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0429  hypothetical protein  45.38 
 
 		 128 aa  100  3e-20  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3508  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.33 
 
 		 127 aa  99.4  8e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0141  DNAK suppressor protein  33.33 
 
 		 259 aa  81.3  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.130476 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1886  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.88 
 
 		 147 aa  79  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.271081  decreased coverage  0.00232468 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1772  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.34 
 
 		 144 aa  79  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000102348  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.09 
 
 		 146 aa  78.2  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000000577167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2286  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.76 
 
 		 144 aa  76.6  0.0000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000387566  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1990  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 144 aa  76.3  0.0000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.4478  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0424  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 144 aa  75.1  0.000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00014325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0524  TraR/DksA family transcriptional regulator  35 
 
 		 145 aa  72.8  0.000000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114279  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1292  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.94 
 
 		 157 aa  55.5  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.359698  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1452  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.62 
 
 		 147 aa  54.7  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0860961  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.45 
 
 		 147 aa  54.7  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.94 
 
 		 275 aa  51.2  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  37 
 
 		 153 aa  51.2  0.00003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.04 
 
 		 155 aa  50.8  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 		 207 aa  51.2  0.00003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 149 aa  50.1  0.00006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.53 
 
 		 150 aa  49.7  0.00009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 142 aa  48.9  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2904  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 117 aa  48.1  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000908818  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 138 aa  48.5  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  51.02 
 
 		 133 aa  48.1  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  32.14 
 
 		 283 aa  48.1  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 527 aa  48.5  0.0002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 118 aa  48.1  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  51.02 
 
 		 136 aa  48.1  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_002620  TC0687  hypothetical protein  33.96 
 
 		 134 aa  48.1  0.0002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.572586  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.11 
 
 		 137 aa  47.8  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 138 aa  47.8  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 429 aa  47.8  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.45 
 
 		 144 aa  47.8  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.76 
 
 		 136 aa  47  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  34.48 
 
 		 118 aa  47.4  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  48.98 
 
 		 138 aa  47  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 138 aa  47.4  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1950  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 142 aa  47.4  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.06 
 
 		 139 aa  47  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 		 142 aa  47  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 155 aa  47  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 138 aa  47  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 158 aa  46.6  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  52 
 
 		 138 aa  46.6  0.0006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 297 aa  46.6  0.0006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  48 
 
 		 140 aa  46.6  0.0007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 138 aa  46.2  0.0008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 139 aa  45.4  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  48 
 
 		 138 aa  45.8  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  44.9 
 
 		 228 aa  45.8  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  31.43 
 
 		 236 aa  45.8  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.66 
 
 		 118 aa  45.8  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.98 
 
 		 139 aa  45.4  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.98 
 
 		 139 aa  45.4  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.66 
 
 		 118 aa  45.8  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  48 
 
 		 138 aa  45.8  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 118 aa  45.8  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 130 aa  44.7  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.98 
 
 		 139 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 229 aa  44.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 		 228 aa  44.7  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 139 aa  45.4  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 138 aa  44.7  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  34.57 
 
 		 139 aa  45.1  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1243  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 142 aa  45.4  0.002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.94 
 
 		 150 aa  45.1  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  48.98 
 
 		 157 aa  44.3  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  51.02 
 
 		 146 aa  44.7  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1953  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 143 aa  44.3  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00145281 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 251 aa  43.9  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2595  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 134 aa  43.9  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0704814 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  46 
 
 		 139 aa  43.9  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.51 
 
 		 120 aa  43.5  0.005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 257 aa  43.9  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1427  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 109 aa  43.5  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0733302  normal  0.617985 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.83 
 
 		 231 aa  43.9  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0724  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 153 aa  43.5  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.9 
 
 		 139 aa  43.1  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3101  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 152 aa  43.5  0.006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  46 
 
 		 146 aa  43.1  0.007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.9 
 
 		 139 aa  43.1  0.007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 118 aa  43.1  0.007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  44.9 
 
 		 139 aa  43.1  0.007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.82 
 
 		 223 aa  43.1  0.008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.1 
 
 		 253 aa  42.7  0.008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0547  TraR/DksA family transcriptional regulator  42 
 
 		 140 aa  42.7  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  44 
 
 		 159 aa  42.7  0.009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1939  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 141 aa  42.7  0.009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0082918 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 140 aa  42.7  0.009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>