206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_5647 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_5647  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
128 aa  259  6e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3508  transcriptional regulator, TraR/DksA family  75.4 
 
 
127 aa  176  9e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0141  DNAK suppressor protein  61.16 
 
 
259 aa  160  8.000000000000001e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.130476 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0419  DnaK suppressor protein  57.14 
 
 
126 aa  144  6e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.145678 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0397  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.24 
 
 
348 aa  130  5e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.411835 
 
 
-
 
NC_002950  PG1597  DnaK suppressor protein, putative  49.19 
 
 
126 aa  125  2.0000000000000002e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.638789 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0703  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.17 
 
 
126 aa  115  3e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.383815  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0429  hypothetical protein  49.14 
 
 
128 aa  113  1.0000000000000001e-24  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0583  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.69 
 
 
127 aa  105  2e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02485  DnaK suppressor protein, putative  43.33 
 
 
128 aa  103  6e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.130728  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2047  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.07 
 
 
149 aa  101  3e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0524  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.47 
 
 
145 aa  88.2  4e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114279  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1990  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.6 
 
 
144 aa  85.9  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.4478  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1772  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.72 
 
 
144 aa  83.2  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000102348  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0424  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.84 
 
 
144 aa  82.8  0.000000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00014325  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2286  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.84 
 
 
144 aa  82  0.000000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000387566  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.09 
 
 
146 aa  81.3  0.000000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000000577167  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1886  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.09 
 
 
147 aa  80.9  0.000000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.271081  decreased coverage  0.00232468 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.32 
 
 
297 aa  63.2  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1452  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.94 
 
 
147 aa  62.4  0.000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0860961  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2904  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.63 
 
 
117 aa  61.6  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000908818  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.78 
 
 
126 aa  57.8  0.00000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.84 
 
 
120 aa  55.1  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.09 
 
 
207 aa  54.7  0.0000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
121 aa  54.3  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.29 
 
 
121 aa  53.9  0.0000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.51 
 
 
120 aa  53.5  0.0000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.51 
 
 
130 aa  53.1  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.78 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0604  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.71 
 
 
114 aa  52.8  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.5 
 
 
139 aa  52.4  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.44 
 
 
158 aa  52.8  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  37.33 
 
 
152 aa  51.6  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.25 
 
 
139 aa  51.6  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.43 
 
 
132 aa  51.6  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.02 
 
 
138 aa  51.2  0.000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  41.25 
 
 
146 aa  50.4  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.83 
 
 
120 aa  50.4  0.000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
176 aa  50.4  0.000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  26.67 
 
 
120 aa  50.4  0.000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
138 aa  50.4  0.000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.47 
 
 
147 aa  50.4  0.000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.44 
 
 
138 aa  50.4  0.000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
138 aa  50.4  0.000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  38.75 
 
 
138 aa  49.7  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.74 
 
 
138 aa  50.1  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.59 
 
 
134 aa  49.7  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  40.79 
 
 
136 aa  48.9  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.77 
 
 
253 aa  49.3  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.37 
 
 
124 aa  49.3  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.74 
 
 
139 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.74 
 
 
139 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.83 
 
 
120 aa  49.7  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  42.59 
 
 
138 aa  49.3  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.04 
 
 
139 aa  48.9  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.58 
 
 
146 aa  48.9  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_002620  TC0687  hypothetical protein  32.81 
 
 
134 aa  48.5  0.00003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.572586  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.89 
 
 
137 aa  48.5  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  42.59 
 
 
133 aa  48.5  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3190  transcriptional regulator, TraR/DksA family  25 
 
 
159 aa  48.5  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.59 
 
 
138 aa  48.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.59 
 
 
138 aa  48.1  0.00004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3132  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
113 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.59 
 
 
142 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  30.77 
 
 
119 aa  47.4  0.00006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.17 
 
 
120 aa  47.4  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.32 
 
 
118 aa  47.8  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
251 aa  47.4  0.00006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.17 
 
 
120 aa  47.4  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1292  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.68 
 
 
157 aa  47.4  0.00006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.359698  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.17 
 
 
120 aa  47.4  0.00006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.59 
 
 
140 aa  47.4  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  36.36 
 
 
134 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  39.19 
 
 
134 aa  47  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3487  dnaK suppressor protein, putative  36.49 
 
 
134 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623059  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3262  dnaK suppressor protein, putative  36.49 
 
 
134 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.5 
 
 
144 aa  46.2  0.0001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.69 
 
 
213 aa  46.6  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.89 
 
 
139 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.73 
 
 
158 aa  46.6  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  37.04 
 
 
139 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  26.27 
 
 
155 aa  47  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.04 
 
 
139 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  26.67 
 
 
133 aa  46.6  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
234 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.04 
 
 
139 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.59 
 
 
155 aa  46.6  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.37 
 
 
243 aa  46.2  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.62 
 
 
129 aa  46.2  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2595  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.68 
 
 
134 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0704814 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2533  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.52 
 
 
139 aa  45.8  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0895997  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3682  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30 
 
 
111 aa  46.2  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.594064 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.71 
 
 
133 aa  45.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  40.74 
 
 
138 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.81 
 
 
121 aa  45.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0724  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.59 
 
 
153 aa  45.4  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.11 
 
 
162 aa  45.4  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.89 
 
 
139 aa  45.4  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.17 
 
 
120 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  28.83 
 
 
118 aa  45.4  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>