113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0141 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_0141  DNAK suppressor protein  100 
 
 
259 aa  508  1e-143  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.130476 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5647  transcriptional regulator, TraR/DksA family  61.16 
 
 
128 aa  162  6e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3508  transcriptional regulator, TraR/DksA family  60.48 
 
 
127 aa  142  6e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0429  hypothetical protein  51.3 
 
 
128 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0419  DnaK suppressor protein  52.1 
 
 
126 aa  122  4e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.145678 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0397  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.71 
 
 
348 aa  119  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.411835 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02485  DnaK suppressor protein, putative  48.78 
 
 
128 aa  116  3.9999999999999997e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.130728  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0703  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.67 
 
 
126 aa  108  8.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.383815  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0583  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.31 
 
 
127 aa  106  4e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1597  DnaK suppressor protein, putative  47.93 
 
 
126 aa  105  9e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.638789 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2047  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.07 
 
 
149 aa  99.8  3e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0524  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.16 
 
 
145 aa  89  8e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114279  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1772  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.07 
 
 
144 aa  88.2  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000102348  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2286  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.62 
 
 
144 aa  88.2  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000387566  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0424  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.09 
 
 
144 aa  86.3  4e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00014325  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1990  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.25 
 
 
144 aa  85.9  6e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.4478  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.06 
 
 
146 aa  84.7  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000000577167  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1886  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.88 
 
 
147 aa  84  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.271081  decreased coverage  0.00232468 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2904  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.9 
 
 
117 aa  66.2  0.0000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000908818  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.16 
 
 
297 aa  60.8  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1452  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.33 
 
 
147 aa  59.7  0.00000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0860961  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.87 
 
 
207 aa  58.5  0.00000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1290  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.46 
 
 
130 aa  51.2  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  56.82 
 
 
147 aa  50.8  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.06 
 
 
126 aa  50.4  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
118 aa  49.7  0.00005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3132  TraR/DksA family transcriptional regulator  38 
 
 
113 aa  47.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
213 aa  47.4  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5995  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.89 
 
 
142 aa  47  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.98 
 
 
158 aa  46.6  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2439  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.36 
 
 
115 aa  46.2  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.734932  normal  0.693819 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
205 aa  45.8  0.0007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.1 
 
 
159 aa  45.4  0.0008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.98 
 
 
120 aa  45.8  0.0008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0687  hypothetical protein  29.23 
 
 
134 aa  45.1  0.001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.572586  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.82 
 
 
121 aa  44.7  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2860  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.04 
 
 
106 aa  44.7  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.24 
 
 
130 aa  44.7  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
118 aa  44.7  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.18 
 
 
139 aa  45.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.29 
 
 
253 aa  45.4  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
118 aa  44.7  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  32.26 
 
 
130 aa  44.7  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3487  dnaK suppressor protein, putative  39.62 
 
 
134 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623059  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3262  dnaK suppressor protein, putative  39.62 
 
 
134 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3327  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
134 aa  44.3  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2925  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.16 
 
 
110 aa  43.9  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.91 
 
 
429 aa  44.3  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0724  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.14 
 
 
153 aa  44.7  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.14 
 
 
138 aa  44.3  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  26.61 
 
 
283 aa  44.3  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  39.13 
 
 
132 aa  43.9  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.56 
 
 
138 aa  43.9  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.14 
 
 
155 aa  44.3  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  28.21 
 
 
119 aa  44.7  0.002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.58 
 
 
121 aa  44.3  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.78 
 
 
206 aa  44.3  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 
139 aa  44.3  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 
138 aa  44.3  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.07 
 
 
144 aa  43.9  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.7 
 
 
120 aa  43.9  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.18 
 
 
139 aa  44.3  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.77 
 
 
155 aa  44.3  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  41.18 
 
 
138 aa  43.9  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.52 
 
 
132 aa  43.9  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.78 
 
 
120 aa  43.9  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  41.18 
 
 
138 aa  43.5  0.003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.26 
 
 
121 aa  43.9  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.14 
 
 
138 aa  43.9  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.13 
 
 
132 aa  43.9  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.73 
 
 
218 aa  43.5  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3895  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.87 
 
 
124 aa  43.5  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0249902  normal  0.427692 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.66 
 
 
176 aa  43.9  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2220  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  34.44 
 
 
134 aa  43.5  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  35.56 
 
 
120 aa  43.5  0.004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3101  TraR/DksA family transcriptional regulator  44 
 
 
152 aa  43.1  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  35.56 
 
 
120 aa  43.1  0.004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1844  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.44 
 
 
134 aa  43.5  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0449164  normal  0.0842967 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3452  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.74 
 
 
134 aa  43.1  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.414408 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.58 
 
 
120 aa  43.1  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  46.94 
 
 
243 aa  42.7  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2533  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.84 
 
 
139 aa  43.1  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0895997  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  35.56 
 
 
120 aa  43.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.14 
 
 
139 aa  43.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  26.61 
 
 
275 aa  42.7  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  46.94 
 
 
243 aa  42.7  0.006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  46.94 
 
 
243 aa  42.7  0.006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  29.91 
 
 
228 aa  42.7  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  46.94 
 
 
243 aa  42.7  0.006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1064  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.18 
 
 
450 aa  42.7  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3519  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.44 
 
 
154 aa  42.7  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0696704 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.9 
 
 
121 aa  42.4  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3428  TraR/DksA family transcriptional regulator  23.14 
 
 
278 aa  42.4  0.007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.478863 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1192  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.68 
 
 
158 aa  42.4  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.890145  normal  0.628477 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1427  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.15 
 
 
109 aa  42.4  0.007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0733302  normal  0.617985 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 
158 aa  42.4  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  35 
 
 
212 aa  42.4  0.007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.62 
 
 
162 aa  42.4  0.007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.14 
 
 
139 aa  42.4  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.62 
 
 
223 aa  42.4  0.007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>