221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_4612 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_4612  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
943 aa  1843    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0211251  normal  0.677149 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0395  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.57 
 
 
801 aa  326  1e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6377  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  57.25 
 
 
892 aa  288  5e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0803  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.47 
 
 
831 aa  262  2e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1702  sigma-70 region 2 domain-containing protein  58.82 
 
 
466 aa  261  5.0000000000000005e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0293007  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4220  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.79 
 
 
2330 aa  248  4.9999999999999997e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.184212 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0480  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.41 
 
 
1321 aa  236  1.0000000000000001e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0206  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50.78 
 
 
1441 aa  233  1e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0182  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  49 
 
 
825 aa  225  3e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6132  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.38 
 
 
531 aa  220  1e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00158878 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06010  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  37.83 
 
 
828 aa  213  1e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.224192 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0062  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.98 
 
 
489 aa  176  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00830  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  41.3 
 
 
470 aa  163  2e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.095681  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5166  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.32 
 
 
505 aa  159  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0248944 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34250  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  39.34 
 
 
850 aa  159  3e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.137913 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0296  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.82 
 
 
512 aa  138  5e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.166156  normal  0.0803508 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4272  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.2 
 
 
666 aa  81.3  0.00000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.786099 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0749  conserved repeat domain-containing protein  34.08 
 
 
1129 aa  78.2  0.0000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2481  conserved repeat domain protein  33.33 
 
 
3921 aa  75.9  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1551  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.17 
 
 
532 aa  71.2  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.357255  normal  0.29633 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5221  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.93 
 
 
529 aa  69.3  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1856  cell wall surface anchor family protein  27.9 
 
 
1108 aa  68.2  0.0000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.95 
 
 
182 aa  67.8  0.0000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  28.57 
 
 
190 aa  66.2  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2474  conserved repeat domain protein  31.5 
 
 
1293 aa  65.5  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.558033  hitchhiker  0.00737149 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  28 
 
 
183 aa  63.9  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0658  putative adhesin precursor SprB  29.55 
 
 
470 aa  63.2  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.335587  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33310  hypothetical protein  25.38 
 
 
318 aa  61.6  0.00000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.82 
 
 
192 aa  61.2  0.00000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1381  RNA polymerase sigma-70 factor  27.37 
 
 
201 aa  60.8  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.57599  normal  0.201536 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2630  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.25 
 
 
186 aa  60.5  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0312805  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08330  hypothetical protein  27.39 
 
 
263 aa  60.8  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0824478 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1596  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
235 aa  60.8  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1836  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.12 
 
 
197 aa  60.1  0.0000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3917  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
250 aa  59.3  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.23 
 
 
218 aa  58.9  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.941158  normal  0.954881 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2753  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.73 
 
 
193 aa  58.5  0.0000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000532902  normal  0.0202678 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.69 
 
 
211 aa  58.9  0.0000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0546  RNA polymerase sigma factor  30.34 
 
 
215 aa  58.5  0.0000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2004  RNA polymerase sigma factor  30.86 
 
 
196 aa  57.8  0.0000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4381  RNA polymerase sigma factor  31.18 
 
 
250 aa  57.8  0.0000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.566975 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1503  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.51 
 
 
218 aa  57.8  0.0000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000578022 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4940  RNA polymerase sigma factor  29.71 
 
 
249 aa  57.8  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25404  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  26.5 
 
 
237 aa  57  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.6 
 
 
220 aa  57.4  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0524675 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2697  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.61 
 
 
211 aa  57.4  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.92 
 
 
174 aa  56.6  0.000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1575  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.57 
 
 
193 aa  57  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0395  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.89 
 
 
195 aa  56.6  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.13 
 
 
223 aa  57  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1464  cell surface protein  26.32 
 
 
5017 aa  56.2  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2928  sigma-24 (FecI-like)  31.05 
 
 
187 aa  56.2  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.909502  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4479  RNA polymerase sigma factor  31.18 
 
 
264 aa  56.2  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5824  RNA polymerase sigma factor  31.18 
 
 
264 aa  55.8  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.417668  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4469  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.12 
 
 
191 aa  56.2  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00981278  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3822  Cna B domain protein  31.38 
 
 
1243 aa  55.5  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3691  hypothetical protein  26.75 
 
 
5010 aa  55.5  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0250  conserved repeat domain protein  26.75 
 
 
5010 aa  55.5  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1474  hypothetical protein  26.32 
 
 
5017 aa  55.1  0.000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1686  conserved repeat domain protein  26.32 
 
 
5017 aa  55.1  0.000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6032  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.95 
 
 
199 aa  54.7  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.40169 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1502  hypothetical protein  26.32 
 
 
5017 aa  55.1  0.000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1618  hypothetical protein  26.32 
 
 
5017 aa  55.1  0.000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0948  RNA polymerase sigma-70 factor  28.11 
 
 
189 aa  55.1  0.000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.799329  normal  0.119543 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1654  conserved repeat domain protein  25.88 
 
 
5010 aa  54.7  0.000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.38 
 
 
216 aa  54.7  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1759  conserved repeat domain protein  26.32 
 
 
5010 aa  54.7  0.000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  28.57 
 
 
223 aa  54.3  0.000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3889  RNA polymerase sigma factor  31.18 
 
 
225 aa  53.9  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0947  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.01 
 
 
240 aa  54.3  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.941879  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3158  RNA polymerase sigma factor  27.43 
 
 
233 aa  54.3  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148477  normal  0.0636538 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1471  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.36 
 
 
190 aa  54.3  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133791  normal  0.688879 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  31.07 
 
 
228 aa  54.3  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3124  RNA polymerase, sigma-E factor  28.64 
 
 
214 aa  53.5  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00674158  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  30.51 
 
 
228 aa  53.5  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1644  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.64 
 
 
222 aa  53.5  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  24.87 
 
 
236 aa  52.8  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2537  RNA polymerase sigma factor  31.21 
 
 
193 aa  52.8  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.574264  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3622  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.62 
 
 
218 aa  52.8  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0119319 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5579  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.05 
 
 
189 aa  52.4  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1234  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.41 
 
 
202 aa  52.4  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.541877  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0229  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.11 
 
 
204 aa  52.4  0.00004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0753334  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4279  RNA polymerase sigma factor  27.49 
 
 
239 aa  51.6  0.00006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  24.02 
 
 
192 aa  51.6  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2100  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.24 
 
 
178 aa  51.6  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.23 
 
 
199 aa  51.2  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  26.63 
 
 
223 aa  51.2  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.32 
 
 
192 aa  51.2  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.18 
 
 
189 aa  51.2  0.00009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2356  RNA polymerase sigma-70 factor  23.2 
 
 
200 aa  50.8  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.240028  normal  0.522752 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6225  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.43 
 
 
232 aa  50.8  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.939561  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3928  RNA polymerase sigma factor  32.87 
 
 
211 aa  50.8  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.9635 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1678  sigma-24 (FecI-like)  30.68 
 
 
218 aa  50.4  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.387697  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3432  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  32.35 
 
 
220 aa  50.4  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.599905  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3504  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.88 
 
 
178 aa  50.4  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.674395  normal  0.884128 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4005  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.85 
 
 
187 aa  50.8  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3057  RNA polymerase sigma factor  28.16 
 
 
182 aa  50.8  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0759  RNA polymerase sigma factor  27.17 
 
 
223 aa  49.7  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.777163 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.68 
 
 
205 aa  49.7  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.56 
 
 
226 aa  50.1  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>