121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_00830 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_00830  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  100 
 
 
470 aa  915    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.095681  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0062  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  54.17 
 
 
489 aa  243  5e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4220  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.47 
 
 
2330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.184212 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0803  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.86 
 
 
831 aa  174  2.9999999999999996e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6377  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.67 
 
 
892 aa  174  3.9999999999999995e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0480  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.61 
 
 
1321 aa  171  2e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4612  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.41 
 
 
943 aa  171  4e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0211251  normal  0.677149 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1702  sigma-70 region 2 domain-containing protein  40.79 
 
 
466 aa  155  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0293007  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0206  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.92 
 
 
1441 aa  155  2e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0296  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.7 
 
 
512 aa  150  5e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.166156  normal  0.0803508 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0182  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  40.95 
 
 
825 aa  147  3e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6132  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.34 
 
 
531 aa  146  7.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00158878 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34250  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  35.71 
 
 
850 aa  142  9.999999999999999e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.137913 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0395  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.77 
 
 
801 aa  135  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06010  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  35.05 
 
 
828 aa  134  3e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.224192 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5166  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.21 
 
 
505 aa  123  9e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0248944 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2753  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.53 
 
 
193 aa  71.6  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000532902  normal  0.0202678 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08330  hypothetical protein  26.67 
 
 
263 aa  63.9  0.000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0824478 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  25.1 
 
 
285 aa  61.2  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.8 
 
 
288 aa  60.5  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.41 
 
 
292 aa  58.9  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3895  sigma-24 (FecI-like)  25.15 
 
 
163 aa  55.5  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2697  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.07 
 
 
211 aa  54.3  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0235  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  36.36 
 
 
184 aa  52.8  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5221  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.36 
 
 
529 aa  52.4  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33310  hypothetical protein  24.9 
 
 
318 aa  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2776  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.22 
 
 
173 aa  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.722977  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0160  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.75 
 
 
171 aa  50.8  0.00005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.329476  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1234  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.75 
 
 
202 aa  50.8  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.541877  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5141  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.86 
 
 
196 aa  50.8  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.440506 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4013  RNA polymerase sigma-70 factor  27.14 
 
 
193 aa  50.1  0.00008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4933  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.63 
 
 
218 aa  50.1  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.366814 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0546  RNA polymerase sigma factor  28.57 
 
 
215 aa  49.3  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1071  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  33.01 
 
 
188 aa  49.7  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.553697 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3124  RNA polymerase, sigma-E factor  35.96 
 
 
214 aa  48.9  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00674158  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0947  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.24 
 
 
240 aa  49.3  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.941879  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0489  sigma-70 region 2 domain-containing protein  27.88 
 
 
266 aa  49.3  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0782  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.36 
 
 
219 aa  48.9  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4314  transcriptional regulator, LuxR family  32.93 
 
 
179 aa  49.3  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2100  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.62 
 
 
178 aa  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.91 
 
 
199 aa  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.43 
 
 
187 aa  48.5  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2618  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.21 
 
 
201 aa  48.1  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1381  RNA polymerase sigma-70 factor  26.28 
 
 
201 aa  47.4  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.57599  normal  0.201536 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4185  ECF subfamily RNA polymerase sigma 24 subunit  30.34 
 
 
218 aa  47.4  0.0006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.465475  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3047  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.78 
 
 
188 aa  47  0.0007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.495668  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2928  sigma-24 (FecI-like)  32 
 
 
187 aa  47  0.0008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.909502  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1551  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.87 
 
 
532 aa  47  0.0008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.357255  normal  0.29633 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1575  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.53 
 
 
193 aa  46.6  0.0009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6609  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.56 
 
 
180 aa  45.8  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2107  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.58 
 
 
202 aa  46.6  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1187  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  38.24 
 
 
173 aa  45.1  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.140841  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  31.45 
 
 
172 aa  45.8  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0014  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  38.24 
 
 
173 aa  45.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  38.1 
 
 
223 aa  45.8  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1710  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.57 
 
 
166 aa  45.8  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.134658  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4388  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.84 
 
 
166 aa  45.4  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3765  sigma-70 region 4 domain-containing protein  38.04 
 
 
190 aa  45.8  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0212214  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0146  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  38.24 
 
 
173 aa  45.1  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169169  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0425  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  38.24 
 
 
173 aa  45.1  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.303094  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1413  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  38.24 
 
 
173 aa  45.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.113039  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1154  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  38.24 
 
 
173 aa  45.1  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.26 
 
 
201 aa  45.8  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.080251  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11245  RNA polymerase sigma factor SigE  29.89 
 
 
257 aa  45.8  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00634169  normal  0.0158718 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.88 
 
 
193 aa  45.8  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5146  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.22 
 
 
219 aa  45.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  5.449200000000001e-25 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3468  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.25 
 
 
420 aa  45.4  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1640  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.84 
 
 
221 aa  45.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.651448  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06430  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  41.79 
 
 
197 aa  45.8  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.94 
 
 
198 aa  45.1  0.003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0456  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  31.65 
 
 
192 aa  44.7  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.418666  normal  0.546035 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.82 
 
 
392 aa  44.7  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1650  RNA polymerase sigma factor  28.77 
 
 
187 aa  45.1  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  hitchhiker  0.00656272  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2436  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 
180 aa  45.1  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2177  RNA polymerase sigma factor  31.58 
 
 
240 aa  44.7  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.525045  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  33.33 
 
 
187 aa  44.7  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2486  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.14 
 
 
202 aa  44.7  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0379  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.72 
 
 
215 aa  44.7  0.004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  38.24 
 
 
173 aa  44.7  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215371  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2336  RNA polymerase sigma factor  30.91 
 
 
206 aa  44.3  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0839  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.66 
 
 
283 aa  44.3  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.378315  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.77 
 
 
192 aa  44.7  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1376  RNA polymerase sigma factor  28.77 
 
 
187 aa  44.3  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.924678  hitchhiker  0.0000700282 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1790  RNA polymerase sigma factor  31.39 
 
 
205 aa  44.3  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.908716  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0489  RNA polymerase sigma factor  27.49 
 
 
230 aa  44.3  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4650  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.93 
 
 
191 aa  44.3  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4178  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.22 
 
 
193 aa  44.3  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.804313  normal  0.070484 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3840  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  26.35 
 
 
177 aa  43.9  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.82 
 
 
199 aa  43.9  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1923  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.33 
 
 
218 aa  43.9  0.006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.802306  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2137  sigma-24 (FecI-like)  30.46 
 
 
177 aa  43.9  0.006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.61112  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.82 
 
 
199 aa  43.9  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
201 aa  43.9  0.006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.814142  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.82 
 
 
199 aa  43.9  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.82 
 
 
199 aa  43.9  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4940  RNA polymerase sigma factor  30 
 
 
249 aa  43.9  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25404  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40 
 
 
177 aa  43.9  0.006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.530594  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50 
 
 
213 aa  43.9  0.006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00144154  hitchhiker  0.00375901 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.63 
 
 
199 aa  43.5  0.007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.82 
 
 
199 aa  43.9  0.007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>