74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_34250 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_34250  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  100 
 
 		 850 aa  1622    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.137913 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0296  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.98 
 
 		 512 aa  196  2e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.166156  normal  0.0803508 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0803  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.87 
 
 		 831 aa  175  2.9999999999999996e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4220  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.5 
 
 		 2330 aa  170  9e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.184212 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0480  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.96 
 
 		 1321 aa  164  8.000000000000001e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1702  sigma-70 region 2 domain-containing protein  40.42 
 
 		 466 aa  160  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0293007  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4612  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.64 
 
 		 943 aa  159  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0211251  normal  0.677149 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0206  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.11 
 
 		 1441 aa  152  2e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6132  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.15 
 
 		 531 aa  152  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158878 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6377  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.11 
 
 		 892 aa  152  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06010  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  34.29 
 
 		 828 aa  140  8.999999999999999e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.224192 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0062  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.1 
 
 		 489 aa  139  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00830  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  37.23 
 
 		 470 aa  124  9.999999999999999e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.095681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5166  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.25 
 
 		 505 aa  121  6e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0248944 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0182  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  34 
 
 		 825 aa  117  7.999999999999999e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0395  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.96 
 
 		 801 aa  106  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33310  hypothetical protein  27.43 
 
 		 318 aa  81.6  0.00000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08330  hypothetical protein  32.57 
 
 		 263 aa  78.6  0.0000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0824478 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3158  RNA polymerase sigma factor  28.9 
 
 		 233 aa  67.8  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148477  normal  0.0636538 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0759  RNA polymerase sigma factor  31.03 
 
 		 223 aa  67  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.777163 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5067  cell surface protein  33.58 
 
 		 3409 aa  64.7  0.000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0865  RNA polymerase sigma factor  30.11 
 
 		 227 aa  63.5  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2753  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.33 
 
 		 193 aa  62.4  0.00000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000532902  normal  0.0202678 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5038  conserved repeat domain protein  33.33 
 
 		 3521 aa  58.2  0.0000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1320  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 		 228 aa  57.4  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4659  cell surface protein  32.82 
 
 		 3472 aa  57  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4640  cell surface anchor  32.82 
 
 		 3471 aa  57  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4279  RNA polymerase sigma factor  29.74 
 
 		 239 aa  56.6  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0706  RNA polymerase sigma factor  25.66 
 
 		 232 aa  56.2  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.438313  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9023  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.54 
 
 		 172 aa  55.1  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.988246 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1596  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.63 
 
 		 235 aa  51.6  0.00005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4272  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.26 
 
 		 666 aa  52  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.786099 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1663  hypothetical protein  37.09 
 
 		 2449 aa  51.6  0.00006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.56 
 
 		 194 aa  51.6  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.141228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  28 
 
 		 223 aa  50.8  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4527  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.88 
 
 		 237 aa  50.1  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.77842 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1551  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.52 
 
 		 532 aa  50.1  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.357255  normal  0.29633 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2537  RNA polymerase sigma factor  27.84 
 
 		 193 aa  49.3  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.574264  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5824  RNA polymerase sigma factor  26.52 
 
 		 264 aa  49.3  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.417668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.04 
 
 		 200 aa  49.3  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0312752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0288  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.89 
 
 		 179 aa  48.9  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4940  RNA polymerase sigma factor  28.66 
 
 		 249 aa  48.9  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25404  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11245  RNA polymerase sigma factor SigE  24.86 
 
 		 257 aa  48.9  0.0004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00634169  normal  0.0158718 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0546  RNA polymerase sigma factor  26.28 
 
 		 215 aa  48.5  0.0005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2365  sigma-24 (FecI-like)  26.11 
 
 		 188 aa  48.1  0.0007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000514785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4479  RNA polymerase sigma factor  25.76 
 
 		 264 aa  48.1  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2928  sigma-24 (FecI-like)  28.42 
 
 		 187 aa  48.1  0.0007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.909502  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1857  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  26.01 
 
 		 201 aa  48.1  0.0007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.389355  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4090  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.56 
 
 		 204 aa  48.1  0.0008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.210089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3917  RNA polymerase sigma factor  25.58 
 
 		 250 aa  47.8  0.0009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0477  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.94 
 
 		 376 aa  47.8  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0048  transcriptional regulator, LuxR family  31.93 
 
 		 184 aa  47.4  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.426983  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3994  RNA polymerase sigma factor SigE  24.43 
 
 		 260 aa  47.4  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.622546  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3889  RNA polymerase sigma factor  25.76 
 
 		 225 aa  47  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0489  RNA polymerase sigma factor  29.35 
 
 		 230 aa  47.4  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4108  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.84 
 
 		 195 aa  47  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.443375  normal  0.0304472 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4068  RNA polymerase sigma factor SigE  24.43 
 
 		 260 aa  47.4  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0887025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2200  RNA polymerase sigma factor SigE  24.43 
 
 		 282 aa  47  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.681344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0947  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25 
 
 		 240 aa  46.6  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.941879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4381  RNA polymerase sigma factor  24.03 
 
 		 250 aa  46.6  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.566975 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1629  sigma-24 (FecI)  26.98 
 
 		 186 aa  46.2  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.322844  normal  0.140868 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1062  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.41 
 
 		 194 aa  46.6  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.602875  normal  0.18502 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4008  RNA polymerase sigma factor SigE  24.59 
 
 		 253 aa  46.2  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.290369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.59 
 
 		 176 aa  45.4  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5021  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.78 
 
 		 186 aa  45.1  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434276  normal  0.047742 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0976  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.78 
 
 		 202 aa  45.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.42 
 
 		 205 aa  45.1  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.42 
 
 		 205 aa  45.1  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06430  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  26.11 
 
 		 197 aa  45.1  0.006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2423  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.47 
 
 		 194 aa  45.1  0.006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4496  RNA polymerase sigma factor SigE  24.59 
 
 		 269 aa  44.7  0.007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.11684  normal  0.283711 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2122  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.19 
 
 		 180 aa  44.7  0.007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.830545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.2 
 
 		 189 aa  44.3  0.009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0346  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.22 
 
 		 181 aa  44.3  0.01  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>