29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_06010 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_06010  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  100 
 
 		 828 aa  1611    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.224192 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4220  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.74 
 
 		 2330 aa  229  2e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.184212 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0803  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.48 
 
 		 831 aa  226  2e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1702  sigma-70 region 2 domain-containing protein  43.93 
 
 		 466 aa  213  1e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0293007  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0480  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.04 
 
 		 1321 aa  212  2e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4612  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.26 
 
 		 943 aa  206  1e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0211251  normal  0.677149 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0206  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.49 
 
 		 1441 aa  192  2e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6132  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.71 
 
 		 531 aa  187  6e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158878 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0395  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.75 
 
 		 801 aa  171  5e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0182  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  35.34 
 
 		 825 aa  138  4e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34250  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  34.19 
 
 		 850 aa  137  9.999999999999999e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.137913 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0062  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.06 
 
 		 489 aa  135  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5166  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.42 
 
 		 505 aa  124  5e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0248944 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00830  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  35.84 
 
 		 470 aa  116  2.0000000000000002e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.095681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0296  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.12 
 
 		 512 aa  114  5e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.166156  normal  0.0803508 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08330  hypothetical protein  28.12 
 
 		 263 aa  53.1  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0824478 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0782  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.85 
 
 		 219 aa  51.2  0.00008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.31 
 
 		 220 aa  50.8  0.00009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0524675 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5221  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.69 
 
 		 529 aa  49.7  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  27.23 
 
 		 226 aa  49.3  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4272  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.98 
 
 		 666 aa  47.8  0.0008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.786099 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.98 
 
 		 225 aa  47  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.27 
 
 		 193 aa  47  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.878683 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.98 
 
 		 226 aa  46.6  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1551  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.43 
 
 		 532 aa  46.6  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.357255  normal  0.29633 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  26.73 
 
 		 237 aa  46.6  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33310  hypothetical protein  23.55 
 
 		 318 aa  45.4  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3277  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.85 
 
 		 259 aa  44.3  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.449183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2753  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.66 
 
 		 193 aa  44.3  0.01  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000532902  normal  0.0202678 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>