21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_08330 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_08330  hypothetical protein  100 
 
 		 263 aa  520  1e-146  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0824478 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33310  hypothetical protein  35.77 
 
 		 318 aa  118  7.999999999999999e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0296  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.96 
 
 		 512 aa  94  2e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.166156  normal  0.0803508 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06010  hypothetical protein  32.16 
 
 		 221 aa  85.1  0.000000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.633262  normal  0.250424 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1702  sigma-70 region 2 domain-containing protein  29.18 
 
 		 466 aa  80.9  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0293007  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34250  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  32.57 
 
 		 850 aa  80.1  0.00000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.137913 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6377  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.24 
 
 		 892 aa  76.6  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4220  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.38 
 
 		 2330 aa  75.9  0.0000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.184212 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0480  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.87 
 
 		 1321 aa  75.5  0.0000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0803  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.51 
 
 		 831 aa  72.8  0.000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0206  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 		 1441 aa  72  0.000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0182  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  28.7 
 
 		 825 aa  63.9  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6132  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.82 
 
 		 531 aa  61.2  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158878 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5166  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.6 
 
 		 505 aa  60.8  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0248944 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4612  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.39 
 
 		 943 aa  58.9  0.00000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0211251  normal  0.677149 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00830  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  26.29 
 
 		 470 aa  56.2  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.095681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06010  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.35 
 
 		 828 aa  55.5  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.224192 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0395  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.93 
 
 		 801 aa  52.8  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0062  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.9 
 
 		 489 aa  49.7  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0246  hypothetical protein  40 
 
 		 259 aa  43.5  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1801  hypothetical protein  44 
 
 		 258 aa  42  0.009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0680569  normal  0.507868 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>