70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_2753 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_2753  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 193 aa  385  1e-106  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000532902  normal  0.0202678 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4220  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 		 2330 aa  73.9  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.184212 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5166  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.38 
 
 		 505 aa  63.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0248944 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34250  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  35.33 
 
 		 850 aa  62.4  0.000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.137913 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0803  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.55 
 
 		 831 aa  62  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1702  sigma-70 region 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 466 aa  61.6  0.000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0293007  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6132  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.36 
 
 		 531 aa  57.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158878 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4612  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.46 
 
 		 943 aa  57  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0211251  normal  0.677149 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00830  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  36.53 
 
 		 470 aa  56.6  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.095681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0296  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.54 
 
 		 512 aa  55.5  0.0000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.166156  normal  0.0803508 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6377  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.62 
 
 		 892 aa  54.7  0.0000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0206  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35 
 
 		 1441 aa  54.7  0.0000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0480  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.29 
 
 		 1321 aa  52  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2921  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.9 
 
 		 195 aa  50.8  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.485125  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0062  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.46 
 
 		 489 aa  50.4  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.52 
 
 		 300 aa  48.9  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.597249  normal  0.987085 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1123  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.48 
 
 		 196 aa  48.9  0.00004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0663  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.94 
 
 		 295 aa  48.5  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.350671  normal  0.926777 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03122  RNA polymerase sigma factor  30.46 
 
 		 197 aa  47.4  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6487  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.08 
 
 		 210 aa  47  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.350625  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  27.11 
 
 		 176 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  29.65 
 
 		 179 aa  47  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2100  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.87 
 
 		 178 aa  47  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  27.27 
 
 		 187 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  29.7 
 
 		 182 aa  46.2  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8416  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.32 
 
 		 210 aa  46.2  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0723517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3981  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.71 
 
 		 202 aa  46.6  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0111085  normal  0.707125 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1210  RNA polymerase sigma factor SigE  27.14 
 
 		 230 aa  45.8  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.380405  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  27.27 
 
 		 187 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002854  RNA polymerase sigma-70 factor ECF subfamily  29.8 
 
 		 168 aa  45.8  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1183  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.61 
 
 		 202 aa  45.4  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.592334  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  27.11 
 
 		 176 aa  45.1  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1151  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.06 
 
 		 232 aa  44.7  0.0009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0582871  normal  0.0116011 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4232  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.52 
 
 		 180 aa  44.7  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.000395934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06010  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  39.66 
 
 		 828 aa  44.3  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.224192 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  27.11 
 
 		 176 aa  43.9  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3014  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  26.63 
 
 		 211 aa  43.9  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.608235  normal  0.939252 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.48 
 
 		 178 aa  44.3  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  28.48 
 
 		 178 aa  44.3  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7126  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.45 
 
 		 292 aa  43.5  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09136  putative RNA polymerase sigma factor protein  30.86 
 
 		 146 aa  43.5  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0643541  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.44 
 
 		 184 aa  43.9  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3784  RNA polymerase sigma factor  26.51 
 
 		 184 aa  43.5  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.119115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1554  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.89 
 
 		 246 aa  43.1  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.278171  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0563  RNA polymerase sigma factor  29.33 
 
 		 188 aa  43.1  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6886  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.08 
 
 		 227 aa  43.9  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.51 
 
 		 176 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1077  RNA polymerase sigma factor SigL  30.86 
 
 		 166 aa  43.1  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.829814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1370  RNA polymerase sigma factor  28.87 
 
 		 192 aa  43.1  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.54 
 
 		 186 aa  43.1  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.58 
 
 		 174 aa  42.4  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.949511  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1049  RNA polymerase sigma factor SigL  30.86 
 
 		 166 aa  42.4  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1065  RNA polymerase sigma factor SigL  30.86 
 
 		 166 aa  42.4  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.279523 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3459  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.47 
 
 		 196 aa  42.7  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0591092 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0747  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.76 
 
 		 187 aa  42.4  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.106335  normal  0.853623 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.49 
 
 		 176 aa  42.7  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1376  RNA polymerase sigma factor  28.87 
 
 		 187 aa  42.4  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.924678  hitchhiker  0.0000700282 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0623  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.27 
 
 		 250 aa  42.4  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511458  hitchhiker  0.00478886 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1006  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.92 
 
 		 194 aa  42  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1650  RNA polymerase sigma factor  28.87 
 
 		 187 aa  42  0.006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  hitchhiker  0.00656272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3312  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.82 
 
 		 292 aa  42  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.190911  normal  0.253285 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.62 
 
 		 224 aa  41.6  0.007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0361542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6609  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.27 
 
 		 180 aa  41.6  0.007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1644  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.82 
 
 		 222 aa  41.6  0.008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2806  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.5 
 
 		 204 aa  41.6  0.008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.585333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2805  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.04 
 
 		 172 aa  41.2  0.009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000762759  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  27.78 
 
 		 171 aa  41.2  0.009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0395  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40 
 
 		 801 aa  41.2  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5003  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.62 
 
 		 209 aa  41.2  0.01  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3972  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.87 
 
 		 175 aa  41.2  0.01  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.892642  normal  0.300179 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>