20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_6487 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_6487  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 210 aa  444  1.0000000000000001e-124  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.350625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2964  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.35 
 
 		 195 aa  54.3  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2753  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.08 
 
 		 193 aa  47  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000532902  normal  0.0202678 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4309  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.58 
 
 		 166 aa  47.4  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2317  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24 
 
 		 188 aa  47  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2279  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.29 
 
 		 171 aa  45.8  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.965307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2305  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.09 
 
 		 229 aa  45.1  0.0007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.00225526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  26.49 
 
 		 179 aa  44.3  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1160  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  25 
 
 		 191 aa  44.7  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.647303 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6472  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.21 
 
 		 176 aa  44.3  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.279935  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2506  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25 
 
 		 178 aa  43.5  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.895668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4446  LuxR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 165 aa  43.5  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0133892 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1362  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  21.62 
 
 		 253 aa  43.1  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00683683 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5370  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.73 
 
 		 181 aa  43.1  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.97 
 
 		 168 aa  43.1  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.193487 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2681  sigma factor, RpoE  23.97 
 
 		 168 aa  43.1  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1800  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.57 
 
 		 168 aa  42.7  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0165906  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  23.03 
 
 		 232 aa  42.7  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1990  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.75 
 
 		 178 aa  42  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.730289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.16 
 
 		 188 aa  41.6  0.009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0173124 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>