57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_2964 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_2964  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 195 aa  402  1e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1935  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.05 
 
 		 191 aa  97.4  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2931  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.62 
 
 		 188 aa  93.6  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.578352  normal  0.0375651 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1208  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.57 
 
 		 195 aa  85.1  6e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0570  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.18 
 
 		 220 aa  80.5  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0953  RNA polymerase, sigma-E factor; heat shock and oxidative stress  28.3 
 
 		 179 aa  73.6  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0370429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1160  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  21.31 
 
 		 191 aa  68.9  0.00000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.647303 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2046  RNA polymerase specialized sigma subunit  26.88 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.53065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3255  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.14 
 
 		 183 aa  67  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3304  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  25.39 
 
 		 189 aa  62  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.45944 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3656  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.75 
 
 		 183 aa  58.9  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2053  RNA polymerase ECF-type sigma factor  23.3 
 
 		 190 aa  57  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1275  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.47 
 
 		 194 aa  55.1  0.0000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.457137  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4745  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.71 
 
 		 202 aa  54.7  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000041235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6487  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.35 
 
 		 210 aa  54.3  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.350625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3071  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.6 
 
 		 184 aa  50.8  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0966901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0824  RNA polymerase specialized sigma subunit  19.77 
 
 		 192 aa  50.1  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3594  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.58 
 
 		 169 aa  49.3  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000219096  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0780  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  23.64 
 
 		 192 aa  47.8  0.0001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.160939 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6216  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.1 
 
 		 188 aa  47  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5681  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.62 
 
 		 199 aa  46.6  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.232887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1506  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit sigma24 -like protein  36.08 
 
 		 196 aa  46.6  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.0000688953  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1474  ECF sigma factor  23.46 
 
 		 188 aa  47.4  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1876  RNA polymerase sigma factor  26.23 
 
 		 211 aa  46.2  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6203  RNA polymerase sigma factor  26.23 
 
 		 211 aa  46.2  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5149  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.78 
 
 		 195 aa  46.2  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0908146  hitchhiker  0.00524737 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.77 
 
 		 191 aa  46.2  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0432  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.68 
 
 		 201 aa  45.8  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.605597 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.6 
 
 		 182 aa  45.4  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.345458 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6484  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.6 
 
 		 182 aa  45.4  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.743744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5176  RNA polymerase sigma factor  27.03 
 
 		 213 aa  44.7  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0486  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.55 
 
 		 195 aa  44.7  0.0009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.200751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1899  RNA polymerase sigma factor  25.68 
 
 		 213 aa  43.9  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.606466  hitchhiker  0.000000620575 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2107  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  20.69 
 
 		 202 aa  44.3  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  26.8 
 
 		 190 aa  43.5  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3035  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.35 
 
 		 177 aa  43.5  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.896481 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0443  RNA polymerase sigma-70 factor  21.71 
 
 		 182 aa  43.1  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.42 
 
 		 194 aa  43.1  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2248  RNA polymerase sigma factor  29.17 
 
 		 189 aa  43.5  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.647774  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1348  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  21.79 
 
 		 179 aa  43.1  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0115454  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1109  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.25 
 
 		 189 aa  43.1  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.98877  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4646  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.88 
 
 		 172 aa  43.1  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4100  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  36.99 
 
 		 192 aa  42.4  0.004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1130  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  23.16 
 
 		 179 aa  42.4  0.004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.938596  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0599  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.03 
 
 		 190 aa  42.4  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0865  RNA polymerase sigma factor  23.08 
 
 		 227 aa  42.4  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1582  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.27 
 
 		 186 aa  42  0.005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0072  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.74 
 
 		 179 aa  42  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.44538  normal  0.0452866 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5143  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.64 
 
 		 180 aa  42  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.387385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0400  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.45 
 
 		 201 aa  41.6  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.449962  normal  0.462601 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1159  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  21.79 
 
 		 179 aa  41.6  0.007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.260495  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2957  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.21 
 
 		 162 aa  41.6  0.007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.013292  normal  0.111412 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0679  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.16 
 
 		 178 aa  41.6  0.008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3783  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  32 
 
 		 198 aa  41.2  0.009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.374124  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1621  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  26.21 
 
 		 165 aa  41.2  0.01  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.867199 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0568  sigma-70, region 4 type 2  18.24 
 
 		 162 aa  41.2  0.01  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0581915  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  45.1 
 
 		 174 aa  41.2  0.01  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>