46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1935 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1935  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 191 aa  397  9.999999999999999e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2931  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  51.08 
 
 		 188 aa  205  3e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.578352  normal  0.0375651 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1208  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.74 
 
 		 195 aa  196  1.0000000000000001e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0953  RNA polymerase, sigma-E factor; heat shock and oxidative stress  34.57 
 
 		 179 aa  111  5e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0370429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3255  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.52 
 
 		 183 aa  103  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2964  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.05 
 
 		 195 aa  97.4  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2691  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.94 
 
 		 187 aa  94  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174233 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2053  RNA polymerase ECF-type sigma factor  30.36 
 
 		 190 aa  84  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0824  RNA polymerase specialized sigma subunit  28.57 
 
 		 192 aa  79.3  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3304  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.02 
 
 		 189 aa  74.7  0.0000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.45944 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2046  RNA polymerase specialized sigma subunit  26.95 
 
 		 190 aa  70.9  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.53065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1275  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.84 
 
 		 194 aa  70.5  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.457137  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0780  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  24.85 
 
 		 192 aa  64.7  0.0000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.160939 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1160  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  21.76 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.647303 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0570  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.67 
 
 		 220 aa  59.3  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1122  RNA polymerase sigma-70 factor  28.24 
 
 		 194 aa  55.5  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00051341 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3144  RNA polymerase sigma-70 factor  26.09 
 
 		 188 aa  52.8  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0893  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  19.77 
 
 		 196 aa  52  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.3038  normal  0.0137088 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1109  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.16 
 
 		 189 aa  51.6  0.000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.98877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2992  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.48 
 
 		 174 aa  50.1  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3656  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.71 
 
 		 183 aa  49.3  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1474  ECF sigma factor  24.84 
 
 		 188 aa  48.5  0.00006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2487  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  21.38 
 
 		 182 aa  48.5  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0674358 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0443  RNA polymerase sigma-70 factor  23.43 
 
 		 182 aa  47  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0839  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.15 
 
 		 283 aa  46.2  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.378315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0948  RNA polymerase sigma-70 factor  22.09 
 
 		 189 aa  46.2  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.799329  normal  0.119543 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1098  sigma-24 (FecI-like)  24.84 
 
 		 204 aa  45.4  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1506  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit sigma24 -like protein  22.35 
 
 		 196 aa  45.1  0.0006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.0000688953  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02780  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.18 
 
 		 163 aa  44.7  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.612632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0982  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.3 
 
 		 185 aa  44.3  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.614695  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5443  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.79 
 
 		 188 aa  43.9  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.16268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.93 
 
 		 214 aa  44.3  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.207531  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0326  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  24.72 
 
 		 192 aa  43.9  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1891  RNA polymerase sigma factor  25.85 
 
 		 194 aa  43.9  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0697  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  26.35 
 
 		 227 aa  44.3  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40387  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4541  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  20.63 
 
 		 181 aa  43.9  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0412674 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2575  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25 
 
 		 215 aa  43.5  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.239395 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2709  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  20.26 
 
 		 196 aa  43.1  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4527  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.47 
 
 		 237 aa  42.7  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.77842 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0294  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.97 
 
 		 165 aa  42.4  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.531855 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0071  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.85 
 
 		 171 aa  42  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.826605  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1629  sigma-24 (FecI)  25.16 
 
 		 186 aa  41.6  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.322844  normal  0.140868 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2004  RNA polymerase sigma factor  24.12 
 
 		 196 aa  41.6  0.007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1621  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  23.78 
 
 		 165 aa  41.2  0.009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.867199 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2022  RNA polymerase sigma factor  22.93 
 
 		 189 aa  41.2  0.01  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80309  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.41 
 
 		 225 aa  41.2  0.01  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>