63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2931 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_2931  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  100 
 
 		 188 aa  386  1e-106  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.578352  normal  0.0375651 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1208  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  55.14 
 
 		 195 aa  228  5e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1935  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.08 
 
 		 191 aa  205  3e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0953  RNA polymerase, sigma-E factor; heat shock and oxidative stress  35.22 
 
 		 179 aa  115  5e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0370429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3255  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.64 
 
 		 183 aa  109  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0824  RNA polymerase specialized sigma subunit  35 
 
 		 192 aa  96.3  2e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2964  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.62 
 
 		 195 aa  93.6  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2053  RNA polymerase ECF-type sigma factor  28.57 
 
 		 190 aa  89  4e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2691  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.71 
 
 		 187 aa  87.4  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174233 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1275  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.63 
 
 		 194 aa  86.3  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.457137  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3304  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.49 
 
 		 189 aa  80.9  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.45944 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2046  RNA polymerase specialized sigma subunit  31.87 
 
 		 190 aa  76.6  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.53065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0570  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.24 
 
 		 220 aa  72  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1160  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  26.2 
 
 		 191 aa  68.6  0.00000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.647303 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2709  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.57 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0780  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  21.84 
 
 		 192 aa  60.5  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.160939 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0200  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  21.05 
 
 		 188 aa  51.2  0.000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0763  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.5 
 
 		 177 aa  50.4  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.061264  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1793  transcriptional regulator, LuxR family  25.49 
 
 		 203 aa  50.8  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3175  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.5 
 
 		 177 aa  50.8  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.138062  normal  0.376023 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  21.88 
 
 		 177 aa  50.1  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.105349  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.83 
 
 		 195 aa  48.5  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0071  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.99 
 
 		 171 aa  48.9  0.00005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.826605  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.63 
 
 		 203 aa  48.9  0.00005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3144  RNA polymerase sigma-70 factor  24.54 
 
 		 188 aa  47.8  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0443  RNA polymerase sigma-70 factor  22.35 
 
 		 182 aa  47.4  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3656  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25 
 
 		 183 aa  47.4  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0722  RNA polymerase sigma factor RpoE  20.41 
 
 		 206 aa  47  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.344115  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.59 
 
 		 206 aa  46.2  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0893  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  20.21 
 
 		 196 aa  45.8  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.3038  normal  0.0137088 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3311  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  21.47 
 
 		 182 aa  45.4  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.161259  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8781  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  17.28 
 
 		 183 aa  45.8  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4403  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.63 
 
 		 192 aa  45.4  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0790596  normal  0.211953 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0545  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.55 
 
 		 175 aa  45.4  0.0005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.54892  normal  0.0924037 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23320  RNA polymerase sigma factor SigX  27.78 
 
 		 188 aa  45.4  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.853625  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5443  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.34 
 
 		 188 aa  45.1  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.16268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1122  RNA polymerase sigma-70 factor  29.31 
 
 		 194 aa  45.1  0.0006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00051341 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4103  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.16 
 
 		 183 aa  44.7  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.143127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0473  sigma-24 (FecI-like)  30.43 
 
 		 186 aa  44.7  0.0008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0859  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.65 
 
 		 158 aa  44.7  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.632805 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3530  RNA polymerase sigma factor SigX  26.76 
 
 		 196 aa  43.9  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0988658  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.1 
 
 		 200 aa  44.3  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00392264 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41575  RNA polymerase sigma factor SigX  26.76 
 
 		 196 aa  43.9  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000797839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5214  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  20 
 
 		 165 aa  43.5  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0117926  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3742  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.79 
 
 		 188 aa  43.5  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00162428  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2659  RNA polymerase sigma factor  22.4 
 
 		 189 aa  43.1  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  17.78 
 
 		 173 aa  43.5  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2091  RNA polymerase sigma factor SigX  24.47 
 
 		 196 aa  42.7  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0133508  normal  0.223352 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10283  RNA polymerase ECF-type sigma factor  29.37 
 
 		 181 aa  42.7  0.003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  26.35 
 
 		 190 aa  42.4  0.004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0863  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.93 
 
 		 172 aa  42.4  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.674297  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0703  RNA polymerase sigma factor  23.53 
 
 		 185 aa  42  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0775  RNA polymerase sigma factor  22.94 
 
 		 185 aa  41.6  0.006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000804823  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2088  RNA polymerase sigma factor SigX  26.62 
 
 		 196 aa  42  0.006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.176045  normal  0.0352187 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1582  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.5 
 
 		 186 aa  41.6  0.006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1332  RNA polymerase sigma factor  23.17 
 
 		 204 aa  42  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214235  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1599  RNA polymerase sigma factor SigX  26.62 
 
 		 188 aa  41.6  0.007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000868927  decreased coverage  0.00213094 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4656  RNA polymerase sigma factor  22.94 
 
 		 185 aa  41.6  0.007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000655205  unclonable  5.72344e-26 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3652  RNA polymerase sigma factor SigX  26.62 
 
 		 188 aa  41.6  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00182973  normal  0.843526 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0316  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  22.06 
 
 		 212 aa  41.2  0.008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  21.05 
 
 		 170 aa  41.2  0.009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0714  RNA polymerase sigma factor  25.15 
 
 		 185 aa  41.2  0.009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000248853  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2036  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.35 
 
 		 215 aa  41.2  0.01  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00199441  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>