58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_1275 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_1275  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 		 194 aa  394  1e-109  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.457137  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3304  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  46.15 
 
 		 189 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.45944 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1208  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.33 
 
 		 195 aa  92.8  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2931  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.63 
 
 		 188 aa  86.3  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.578352  normal  0.0375651 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2053  RNA polymerase ECF-type sigma factor  31.47 
 
 		 190 aa  74.7  0.0000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1935  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.84 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1160  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  31.03 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.647303 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1499  hypothetical protein  32.67 
 
 		 324 aa  67  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0780  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  29.51 
 
 		 192 aa  66.2  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.160939 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2046  RNA polymerase specialized sigma subunit  31.69 
 
 		 190 aa  62.8  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.53065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0824  RNA polymerase specialized sigma subunit  26.57 
 
 		 192 aa  61.2  0.000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3255  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.87 
 
 		 183 aa  57.8  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0953  RNA polymerase, sigma-E factor; heat shock and oxidative stress  25.49 
 
 		 179 aa  57.8  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0370429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2964  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.47 
 
 		 195 aa  55.1  0.0000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5484  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.28 
 
 		 180 aa  53.9  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.233066  normal  0.0394769 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4075  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.4 
 
 		 191 aa  52.4  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.713083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0340  RNA polymerase sigma factor RpoE  22.22 
 
 		 195 aa  52  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.847546  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2691  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  26.14 
 
 		 187 aa  52  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174233 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0326  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  25.64 
 
 		 192 aa  50.1  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0444  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.44 
 
 		 201 aa  49.7  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0734207  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1043  RNA polymerase sigma factor sigW, putative  21.74 
 
 		 202 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.488371  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1063  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.93 
 
 		 193 aa  49.7  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0893  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.55 
 
 		 196 aa  48.9  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.3038  normal  0.0137088 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0954  RNA polymerase sigma-70 factor  25 
 
 		 197 aa  48.1  0.00008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0892  RNA polymerase sigma factor RpoE  22.84 
 
 		 202 aa  48.1  0.00009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.645339 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2895  RNA polymerase sigma-70 factor  25.14 
 
 		 188 aa  47.8  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.136027 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6484  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.68 
 
 		 182 aa  47  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.743744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1648  FecI-like sigma-24  21.52 
 
 		 199 aa  46.6  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.68 
 
 		 182 aa  46.6  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.345458 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4074  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.44 
 
 		 169 aa  46.6  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  unclonable  0.0000000316034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5489  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.03 
 
 		 189 aa  45.8  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.749845 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.88 
 
 		 201 aa  46.6  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3144  RNA polymerase sigma-70 factor  25.83 
 
 		 188 aa  46.2  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0948  RNA polymerase sigma-70 factor  25.62 
 
 		 189 aa  46.2  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.799329  normal  0.119543 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0551  RNA polymerase sigma factor RpoE  21.08 
 
 		 195 aa  46.2  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.23743  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  24.63 
 
 		 170 aa  44.7  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0486  RNA polymerase sigma factor RpoE  20.78 
 
 		 195 aa  44.3  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.200751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  20.77 
 
 		 191 aa  44.3  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5143  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.62 
 
 		 180 aa  44.7  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.387385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  24 
 
 		 181 aa  43.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7045  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.24 
 
 		 168 aa  43.5  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  24.8 
 
 		 191 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0309  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  21.25 
 
 		 197 aa  43.1  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0745731 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1551  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.26 
 
 		 532 aa  42.7  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.357255  normal  0.29633 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  24 
 
 		 181 aa  42.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3789  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.29 
 
 		 166 aa  43.1  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0599  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  19.44 
 
 		 190 aa  43.1  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1243  RNA polymerase sigma-70 factor  23.49 
 
 		 187 aa  42.7  0.003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.935944  normal  0.793417 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1122  RNA polymerase sigma-70 factor  23.33 
 
 		 194 aa  43.1  0.003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00051341 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0685  transcriptional regulator, LuxR family  20.31 
 
 		 191 aa  42.4  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.429521 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0776  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.68 
 
 		 195 aa  42.4  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.744853  normal  0.285853 
 
 
-
 
NC_002936  DET1348  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  21.88 
 
 		 179 aa  42  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0115454  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2855  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.05 
 
 		 194 aa  42  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.415762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  24.39 
 
 		 181 aa  42  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0696  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.34 
 
 		 211 aa  42  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000147428  decreased coverage  0.0000446652 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1169  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  16.84 
 
 		 189 aa  41.6  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.438455  normal  0.362742 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0570  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  17.82 
 
 		 220 aa  41.2  0.01  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0898  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  20.13 
 
 		 183 aa  41.2  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>