64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_1208 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_1208  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 195 aa  403  1.0000000000000001e-112  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2931  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  55.14 
 
 		 188 aa  228  6e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.578352  normal  0.0375651 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1935  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.74 
 
 		 191 aa  196  1.0000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3255  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.64 
 
 		 183 aa  116  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0953  RNA polymerase, sigma-E factor; heat shock and oxidative stress  36.7 
 
 		 179 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0370429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1275  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.33 
 
 		 194 aa  92.8  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.457137  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2691  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  34.76 
 
 		 187 aa  92.4  4e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174233 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0824  RNA polymerase specialized sigma subunit  29.83 
 
 		 192 aa  85.9  3e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2964  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.57 
 
 		 195 aa  85.1  6e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1160  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  26.88 
 
 		 191 aa  82  0.000000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.647303 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2053  RNA polymerase ECF-type sigma factor  29.82 
 
 		 190 aa  80.1  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3304  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  26.06 
 
 		 189 aa  79.3  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.45944 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2046  RNA polymerase specialized sigma subunit  27.16 
 
 		 190 aa  74.7  0.0000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.53065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0780  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  23.6 
 
 		 192 aa  68.6  0.00000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.160939 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0948  RNA polymerase sigma-70 factor  26.92 
 
 		 189 aa  58.9  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.799329  normal  0.119543 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2177  RNA polymerase sigma factor  31.65 
 
 		 208 aa  55.8  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0116551  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5443  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.06 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.16268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0570  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.04 
 
 		 220 aa  55.8  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2709  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.74 
 
 		 196 aa  52.8  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0893  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.18 
 
 		 196 aa  52  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.3038  normal  0.0137088 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.49 
 
 		 191 aa  52  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3144  RNA polymerase sigma-70 factor  28.57 
 
 		 188 aa  51.2  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1625  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.83 
 
 		 191 aa  48.5  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.113106 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4527  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.39 
 
 		 237 aa  48.1  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.77842 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1122  RNA polymerase sigma-70 factor  33.33 
 
 		 194 aa  47.8  0.00009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00051341 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4103  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.9 
 
 		 183 aa  47  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.143127  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2429  transcriptional regulator, LuxR family  23.91 
 
 		 196 aa  46.6  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0898  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.4 
 
 		 202 aa  46.2  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00206828  hitchhiker  0.00000031369 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1109  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.16 
 
 		 189 aa  46.2  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.98877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0326  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  26.78 
 
 		 192 aa  45.8  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2611  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.34 
 
 		 184 aa  45.8  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5579  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.56 
 
 		 189 aa  45.1  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1575  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.77 
 
 		 193 aa  45.1  0.0007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2855  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.9 
 
 		 194 aa  44.7  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.415762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1798  RNA polymerase sigma-70 factor  23.6 
 
 		 188 aa  44.7  0.0009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185694 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0719  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.81 
 
 		 206 aa  44.7  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2725  RNA polymerase sigma-70 factor  30.68 
 
 		 192 aa  44.3  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.964229  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1793  transcriptional regulator, LuxR family  26.19 
 
 		 203 aa  43.9  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.57 
 
 		 206 aa  44.3  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0716  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.09 
 
 		 193 aa  43.9  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.892025  normal  0.487343 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.25 
 
 		 218 aa  43.9  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.941158  normal  0.954881 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2945  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  20.99 
 
 		 176 aa  43.5  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0616617  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1662  RNA polymerase sigma-70 factor  27.03 
 
 		 191 aa  43.9  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.19397 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0288  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.67 
 
 		 179 aa  43.5  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2252  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  39.66 
 
 		 193 aa  43.1  0.003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708239  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.67 
 
 		 195 aa  42.7  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3991  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.23 
 
 		 186 aa  43.1  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.75873  normal  0.554715 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0046  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.39 
 
 		 196 aa  43.1  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0954  RNA polymerase sigma-70 factor  26.32 
 
 		 197 aa  43.1  0.003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3991  RNA polymerase sigma-70 factor  27.67 
 
 		 176 aa  42.7  0.003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3471  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.86 
 
 		 182 aa  42.4  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.711987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0428  RNA polymerase sigma factor SigX  25.71 
 
 		 181 aa  42.7  0.004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0050  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.68 
 
 		 206 aa  42.4  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.552448  normal  0.767054 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4272  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.34 
 
 		 666 aa  42.4  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.786099 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1234  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.17 
 
 		 202 aa  42  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.541877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.04 
 
 		 219 aa  42.4  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  25.17 
 
 		 158 aa  42  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3804  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25 
 
 		 189 aa  42.4  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1172  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.83 
 
 		 189 aa  42  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1890  transcriptional regulator, LuxR family  35.9 
 
 		 199 aa  42  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03284  RNA polymerase sigma factor  24.49 
 
 		 194 aa  41.6  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4178  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.17 
 
 		 193 aa  41.6  0.007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.804313  normal  0.070484 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4013  RNA polymerase sigma-70 factor  24.86 
 
 		 193 aa  41.6  0.008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3382  RNA polymerase sigma-70 factor  23.91 
 
 		 192 aa  41.2  0.009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>