58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_2046 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_2046  RNA polymerase specialized sigma subunit  100 
 
 		 190 aa  380  1e-105  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.53065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0824  RNA polymerase specialized sigma subunit  45.69 
 
 		 192 aa  186  2e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1160  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  40.53 
 
 		 191 aa  161  6e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.647303 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2053  RNA polymerase ECF-type sigma factor  34.43 
 
 		 190 aa  128  4.0000000000000003e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0780  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  27.32 
 
 		 192 aa  84.3  9e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.160939 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0953  RNA polymerase, sigma-E factor; heat shock and oxidative stress  32.26 
 
 		 179 aa  77.8  0.00000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0370429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2931  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.87 
 
 		 188 aa  76.6  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.578352  normal  0.0375651 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1208  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.16 
 
 		 195 aa  74.7  0.0000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1935  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.95 
 
 		 191 aa  70.9  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2964  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.88 
 
 		 195 aa  68.6  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3255  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.71 
 
 		 183 aa  67.8  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1275  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.69 
 
 		 194 aa  62.8  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.457137  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2691  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  26.42 
 
 		 187 aa  62  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174233 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0568  sigma-70, region 4 type 2  28.03 
 
 		 162 aa  57.8  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0581915  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3304  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  25.9 
 
 		 189 aa  56.2  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.45944 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.19 
 
 		 176 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1288  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.5 
 
 		 179 aa  50.8  0.00001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09253  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily protein  33.91 
 
 		 195 aa  50.4  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0478381  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2709  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.47 
 
 		 196 aa  48.1  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5143  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.44 
 
 		 180 aa  47.4  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.387385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3554  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.3 
 
 		 191 aa  47  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.642665 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0570  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  20.94 
 
 		 220 aa  46.6  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0328  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.33 
 
 		 165 aa  46.2  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0222  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.22 
 
 		 183 aa  46.2  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.805542  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2436  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.28 
 
 		 194 aa  45.4  0.0005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.19296  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3066  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  20.13 
 
 		 169 aa  45.4  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.162927  normal  0.912089 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1214  sigma-24 (FecI-like)  26.53 
 
 		 311 aa  45.4  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.898737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3503  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.32 
 
 		 203 aa  45.4  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.707859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0147  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.37 
 
 		 173 aa  45.1  0.0006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.39503  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3620  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.07 
 
 		 177 aa  45.1  0.0006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1195  RNA polymerase sigma-24 factor  23.56 
 
 		 208 aa  45.1  0.0007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.336736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  24.84 
 
 		 184 aa  43.9  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3552  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.07 
 
 		 177 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492938 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6032  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.5 
 
 		 199 aa  44.3  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.40169 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.26 
 
 		 190 aa  44.3  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3743  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.07 
 
 		 177 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  27.14 
 
 		 158 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5489  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.22 
 
 		 189 aa  43.5  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.749845 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.01 
 
 		 170 aa  43.1  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6662  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.62 
 
 		 175 aa  42.7  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0200  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  21.09 
 
 		 188 aa  42.7  0.003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594006  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1130  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  20.51 
 
 		 179 aa  42.7  0.003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.938596  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4775  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.14 
 
 		 180 aa  42.7  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.253897  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3859  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.5 
 
 		 192 aa  42.7  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2802  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.88 
 
 		 169 aa  42.4  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0898493  normal  0.0311337 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1710  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.3 
 
 		 166 aa  42.4  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.134658  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1394  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.82 
 
 		 194 aa  42.4  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0219156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3264  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  18.86 
 
 		 189 aa  42.7  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  20.13 
 
 		 222 aa  42.4  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2100  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.66 
 
 		 239 aa  42.4  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.403353  normal  0.121928 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0071  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.94 
 
 		 171 aa  42  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.826605  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  20.13 
 
 		 184 aa  42  0.006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.22 
 
 		 186 aa  41.6  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1348  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  19.87 
 
 		 179 aa  42  0.006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0115454  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1829  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  19.26 
 
 		 246 aa  42  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  21.71 
 
 		 187 aa  41.6  0.008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1217  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  19.26 
 
 		 246 aa  41.2  0.009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00666  putative DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit, sigma24-like protein  19.23 
 
 		 160 aa  41.2  0.01  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.729026  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>