76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1160 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_1160  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  100 
 
 		 191 aa  387  1e-107  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.647303 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0824  RNA polymerase specialized sigma subunit  43.98 
 
 		 192 aa  172  2.9999999999999996e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2046  RNA polymerase specialized sigma subunit  40.53 
 
 		 190 aa  161  6e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.53065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2053  RNA polymerase ECF-type sigma factor  36.65 
 
 		 190 aa  140  8e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0780  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  29.35 
 
 		 192 aa  93.2  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.160939 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1208  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.88 
 
 		 195 aa  82  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3255  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.93 
 
 		 183 aa  73.9  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2691  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.57 
 
 		 187 aa  71.6  0.000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174233 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1275  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.03 
 
 		 194 aa  70.1  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.457137  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2964  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.31 
 
 		 195 aa  68.9  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2931  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  26.2 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.578352  normal  0.0375651 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1935  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.76 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0953  RNA polymerase, sigma-E factor; heat shock and oxidative stress  25.33 
 
 		 179 aa  63.9  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0370429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3304  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  25.44 
 
 		 189 aa  56.6  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.45944 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5143  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.11 
 
 		 180 aa  57  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.387385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1359  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.71 
 
 		 169 aa  52.8  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000613584  normal  0.129885 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.06 
 
 		 224 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0361542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0722  RNA polymerase sigma factor RpoE  21.39 
 
 		 206 aa  50.1  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.344115  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1092  RNA polymerase sigma factor RpoE  23.23 
 
 		 181 aa  49.7  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2755  RNA polymerase sigma factor RpoE  23.53 
 
 		 168 aa  49.3  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1130  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  23.43 
 
 		 179 aa  48.5  0.00005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.938596  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2436  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.26 
 
 		 194 aa  48.9  0.00005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.19296  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0697  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  25.33 
 
 		 227 aa  48.5  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40387  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0340  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.16 
 
 		 195 aa  47.8  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.847546  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2279  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.31 
 
 		 171 aa  47.4  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.965307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0200  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.17 
 
 		 188 aa  47.4  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.17 
 
 		 171 aa  47.4  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1169  RNA polymerase sigma factor  25 
 
 		 161 aa  46.6  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00105347  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  22.6 
 
 		 168 aa  46.2  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.270397  normal  0.0409988 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0570  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  20.48 
 
 		 220 aa  45.8  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1159  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.47 
 
 		 179 aa  45.8  0.0004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.260495  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2959  putative RNA polymerase sigma factor  26.24 
 
 		 181 aa  45.1  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.520301 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0893  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.59 
 
 		 196 aa  45.1  0.0007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.3038  normal  0.0137088 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2957  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.14 
 
 		 162 aa  44.7  0.0007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.013292  normal  0.111412 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.22 
 
 		 209 aa  45.1  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.657914 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0954  RNA polymerase sigma-70 factor  25.17 
 
 		 197 aa  44.7  0.0008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6487  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25 
 
 		 210 aa  44.7  0.0009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.350625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4172  RNA polymerase sigma factor  24.31 
 
 		 161 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.42 
 
 		 216 aa  43.9  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1366  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.84 
 
 		 191 aa  43.9  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.994867  normal  0.636053 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1020  RNA polymerase sigma factor  25.3 
 
 		 161 aa  43.9  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.585247  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1215  RNA polymerase sigma factor  23.27 
 
 		 161 aa  43.9  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1654  sigma-24 (FecI)  27.61 
 
 		 165 aa  44.3  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000018155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0366  RNA polymerase sigma factor RpoE  20.65 
 
 		 189 aa  43.9  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0486  RNA polymerase sigma factor RpoE  22.91 
 
 		 195 aa  44.3  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.200751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  25 
 
 		 187 aa  44.3  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3784  RNA polymerase sigma factor  29.91 
 
 		 184 aa  43.9  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.119115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.54 
 
 		 189 aa  43.1  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2709  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.32 
 
 		 196 aa  43.5  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1270  RNA polymerase sigma factor  24.31 
 
 		 161 aa  43.5  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.125733  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1800  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.15 
 
 		 168 aa  43.5  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0165906  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0230  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.65 
 
 		 183 aa  43.5  0.002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.491527  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3570  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.42 
 
 		 221 aa  42.7  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1013  RNA polymerase sigma factor  25 
 
 		 161 aa  42.7  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0372577  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1277  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.76 
 
 		 260 aa  42.7  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151215  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1829  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.91 
 
 		 246 aa  42.7  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1348  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  25.84 
 
 		 179 aa  42.7  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0115454  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3812  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.38 
 
 		 172 aa  42.7  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0938836  normal  0.91348 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  24.49 
 
 		 170 aa  42.4  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1030  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.84 
 
 		 183 aa  42.4  0.004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1012  RNA polymerase sigma factor  24.7 
 
 		 161 aa  42.4  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0309299  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2201  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.56 
 
 		 193 aa  42.4  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.234024  hitchhiker  0.0000000056157 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1554  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.38 
 
 		 246 aa  42.4  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.278171  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  25.2 
 
 		 191 aa  42.4  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5390  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.99 
 
 		 186 aa  42  0.006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.832628 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1109  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.85 
 
 		 189 aa  42  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.98877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  19.84 
 
 		 219 aa  42  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.83 
 
 		 187 aa  42  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0071  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.35 
 
 		 171 aa  41.6  0.007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.826605  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  26.32 
 
 		 166 aa  41.2  0.008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1986  RNA polymerase sigma-70 factor  29.03 
 
 		 222 aa  41.2  0.008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1193  RNA polymerase sigma factor  24.7 
 
 		 161 aa  41.2  0.009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0892  RNA polymerase sigma factor RpoE  21.29 
 
 		 202 aa  41.2  0.01  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.645339 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.72 
 
 		 172 aa  41.2  0.01  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.747529 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5489  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.38 
 
 		 189 aa  41.2  0.01  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.749845 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2345  RNA polymerase sigma factor  25 
 
 		 184 aa  41.2  0.01  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0608175  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>