19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0780 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_0780  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  100 
 
 		 192 aa  385  1e-106  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.160939 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2053  RNA polymerase ECF-type sigma factor  34.38 
 
 		 190 aa  118  6e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0824  RNA polymerase specialized sigma subunit  30.37 
 
 		 192 aa  103  1e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1160  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  29.35 
 
 		 191 aa  93.2  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.647303 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2691  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.18 
 
 		 187 aa  87  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174233 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2046  RNA polymerase specialized sigma subunit  27.32 
 
 		 190 aa  84.3  9e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.53065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0953  RNA polymerase, sigma-E factor; heat shock and oxidative stress  28.75 
 
 		 179 aa  70.1  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0370429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1208  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.6 
 
 		 195 aa  68.6  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1275  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.51 
 
 		 194 aa  66.2  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.457137  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3304  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.99 
 
 		 189 aa  65.1  0.0000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.45944 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1935  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.85 
 
 		 191 aa  64.7  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2931  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  21.84 
 
 		 188 aa  60.5  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.578352  normal  0.0375651 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3255  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  20.69 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8781  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  20.75 
 
 		 183 aa  47.4  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2964  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.64 
 
 		 195 aa  47.8  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3134  RNA polymerase sigma factor  22.95 
 
 		 194 aa  45.4  0.0005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.912712  normal  0.163351 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.67 
 
 		 203 aa  43.5  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00426853  hitchhiker  0.000149569 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  23.14 
 
 		 185 aa  42.4  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0584  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.16 
 
 		 190 aa  41.2  0.008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>