26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_2053 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_2053  RNA polymerase ECF-type sigma factor  100 
 
 		 190 aa  391  1e-108  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1160  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  36.65 
 
 		 191 aa  140  8e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.647303 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0824  RNA polymerase specialized sigma subunit  36.41 
 
 		 192 aa  130  1.0000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2046  RNA polymerase specialized sigma subunit  34.43 
 
 		 190 aa  128  4.0000000000000003e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.53065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0780  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  34.38 
 
 		 192 aa  118  4.9999999999999996e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.160939 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2931  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.57 
 
 		 188 aa  89  4e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.578352  normal  0.0375651 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1935  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.36 
 
 		 191 aa  84  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1208  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.82 
 
 		 195 aa  80.1  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2691  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.4 
 
 		 187 aa  80.5  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174233 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3255  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.44 
 
 		 183 aa  77.8  0.00000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1275  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.47 
 
 		 194 aa  74.7  0.0000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.457137  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0953  RNA polymerase, sigma-E factor; heat shock and oxidative stress  29.71 
 
 		 179 aa  70.5  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0370429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3304  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.49 
 
 		 189 aa  69.7  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.45944 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2964  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.3 
 
 		 195 aa  57  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11360  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  22.78 
 
 		 163 aa  53.5  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6736  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.57 
 
 		 217 aa  52  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2709  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.34 
 
 		 196 aa  50.4  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4388  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.22 
 
 		 166 aa  50.4  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.15 
 
 		 217 aa  48.9  0.00005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.453489  normal  0.10795 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8781  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.12 
 
 		 183 aa  48.5  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7229  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.32 
 
 		 171 aa  45.4  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4013  RNA polymerase sigma-70 factor  28.7 
 
 		 193 aa  44.7  0.0009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2381  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.32 
 
 		 195 aa  43.9  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.599454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  19.64 
 
 		 194 aa  42.4  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.639181  normal  0.0504473 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2314  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  19.5 
 
 		 180 aa  41.6  0.007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.532364  normal  0.0902383 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2312  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  18.88 
 
 		 180 aa  41.2  0.009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.092004 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>