71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_3255 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_3255  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 183 aa  378  1e-104  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1208  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.64 
 
 		 195 aa  116  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2931  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.64 
 
 		 188 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.578352  normal  0.0375651 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1935  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.52 
 
 		 191 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0953  RNA polymerase, sigma-E factor; heat shock and oxidative stress  28.3 
 
 		 179 aa  92  5e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0370429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0824  RNA polymerase specialized sigma subunit  23.86 
 
 		 192 aa  87  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2053  RNA polymerase ECF-type sigma factor  27.44 
 
 		 190 aa  77.8  0.00000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1160  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  28.93 
 
 		 191 aa  73.9  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.647303 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2691  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.71 
 
 		 187 aa  72.8  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174233 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2046  RNA polymerase specialized sigma subunit  24.71 
 
 		 190 aa  67.8  0.00000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.53065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2964  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.14 
 
 		 195 aa  67  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1275  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.87 
 
 		 194 aa  57.8  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.457137  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0780  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  20.69 
 
 		 192 aa  55.8  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.160939 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2709  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.37 
 
 		 196 aa  53.9  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0184  RNA polymerase sigma factor  29.73 
 
 		 203 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.163788  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0839  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.4 
 
 		 283 aa  52.8  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.378315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0340  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.38 
 
 		 195 aa  51.6  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.847546  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  31.03 
 
 		 285 aa  50.8  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.03 
 
 		 292 aa  50.1  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.03 
 
 		 288 aa  50.1  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0486  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.17 
 
 		 195 aa  48.5  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.200751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4030  RNA polymerase sigma factor  37.62 
 
 		 182 aa  47.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1891  RNA polymerase sigma factor  29.55 
 
 		 194 aa  47  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0551  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.68 
 
 		 195 aa  46.6  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.23743  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0679  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.27 
 
 		 178 aa  46.6  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2428  RNA polymerase  26 
 
 		 178 aa  46.6  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.994959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.08 
 
 		 230 aa  46.6  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.195635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1386  RNA polymerase sigma factor  36.63 
 
 		 181 aa  46.2  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.09 
 
 		 184 aa  45.4  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4706  RNA polymerase sigma factor  36.19 
 
 		 181 aa  45.4  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0443  RNA polymerase sigma-70 factor  24.36 
 
 		 182 aa  45.8  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0893  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.52 
 
 		 196 aa  45.4  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.3038  normal  0.0137088 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.09 
 
 		 222 aa  45.8  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4178  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.97 
 
 		 193 aa  45.4  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.804313  normal  0.070484 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1366  RNA polymerase sigma factor  42.19 
 
 		 181 aa  44.7  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1109  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  26 
 
 		 189 aa  45.1  0.0007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.98877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26600  RNA polymerase sigma factor  27.62 
 
 		 194 aa  44.7  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.293886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2258  RNA polymerase sigma factor  24.48 
 
 		 211 aa  45.1  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.149667  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1215  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.13 
 
 		 187 aa  44.3  0.0009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3570  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.47 
 
 		 221 aa  43.9  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3572  RNA polymerase sigma factor  34.95 
 
 		 181 aa  43.9  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0570  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.37 
 
 		 220 aa  43.9  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2773  RNA polymerase sigma factor  34.95 
 
 		 180 aa  44.3  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3304  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  23.6 
 
 		 189 aa  43.9  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.45944 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3789  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.23 
 
 		 166 aa  44.3  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3371  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.1 
 
 		 210 aa  43.9  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0253707 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4220  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.71 
 
 		 2330 aa  43.9  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.184212 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1044  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.83 
 
 		 201 aa  43.9  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0139915  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2697  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.93 
 
 		 211 aa  43.9  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2959  putative RNA polymerase sigma factor  28.21 
 
 		 181 aa  44.3  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.520301 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11360  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.17 
 
 		 163 aa  43.5  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.69 
 
 		 215 aa  43.1  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  25.95 
 
 		 185 aa  42.7  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6420  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.32 
 
 		 174 aa  42.7  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.562422 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0200  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.68 
 
 		 188 aa  42.7  0.003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3164  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.88 
 
 		 168 aa  42.4  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2776  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.44 
 
 		 182 aa  42.4  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.835774  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0428  RNA polymerase sigma factor SigX  23.75 
 
 		 181 aa  42  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1078  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.76 
 
 		 212 aa  42  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000713472  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0765  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.2 
 
 		 191 aa  42  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2200  RNA polymerase sigma factor SigX  21.34 
 
 		 182 aa  41.6  0.006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.262386  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  25.81 
 
 		 193 aa  41.6  0.006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5983  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.55 
 
 		 200 aa  41.6  0.007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0142297  normal  0.0728154 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1122  RNA polymerase sigma-70 factor  27.06 
 
 		 194 aa  41.6  0.007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00051341 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0898  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.27 
 
 		 202 aa  41.6  0.007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00206828  hitchhiker  0.00000031369 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3277  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.03 
 
 		 259 aa  41.6  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.449183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1212  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 		 205 aa  41.2  0.008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.110837  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4490  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.66 
 
 		 181 aa  40.8  0.01  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2429  transcriptional regulator, LuxR family  22.09 
 
 		 196 aa  40.8  0.01  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.42 
 
 		 188 aa  40.8  0.01  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1234  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 		 202 aa  40.8  0.01  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.541877  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>