74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_2709 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_2709  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 196 aa  403  1.0000000000000001e-112  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2931  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.57 
 
 		 188 aa  62.4  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.578352  normal  0.0375651 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2088  RNA polymerase sigma factor SigX  29.85 
 
 		 196 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.176045  normal  0.0352187 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3530  RNA polymerase sigma factor SigX  30.41 
 
 		 196 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0988658  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41575  RNA polymerase sigma factor SigX  30.41 
 
 		 196 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000797839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3652  RNA polymerase sigma factor SigX  29.85 
 
 		 188 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00182973  normal  0.843526 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1599  RNA polymerase sigma factor SigX  29.85 
 
 		 188 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000868927  decreased coverage  0.00213094 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3255  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.37 
 
 		 183 aa  53.9  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23320  RNA polymerase sigma factor SigX  28.35 
 
 		 188 aa  53.9  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.853625  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0824  RNA polymerase specialized sigma subunit  27.12 
 
 		 192 aa  53.9  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1208  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.74 
 
 		 195 aa  52.8  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2091  RNA polymerase sigma factor SigX  28.21 
 
 		 196 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0133508  normal  0.223352 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1606  RNA polymerase sigma factor SigX  29.35 
 
 		 188 aa  52  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000172032  decreased coverage  0.000000000126876 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2537  RNA polymerase sigma factor  25.85 
 
 		 193 aa  52  0.000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.574264  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.86 
 
 		 206 aa  52  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1776  RNA polymerase sigma factor SigX  28.28 
 
 		 196 aa  51.6  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00376344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.44 
 
 		 195 aa  50.8  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2053  RNA polymerase ECF-type sigma factor  24.34 
 
 		 190 aa  50.4  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3124  RNA polymerase factor sigma-70  32.8 
 
 		 334 aa  50.1  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.093145  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1288  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.95 
 
 		 183 aa  50.1  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.40806 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2096  RNA polymerase sigma factor SigX  28.87 
 
 		 196 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000133692  hitchhiker  0.00397528 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4037  RNA polymerase factor sigma-70  30.65 
 
 		 329 aa  50.1  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2200  RNA polymerase sigma factor SigX  27.65 
 
 		 182 aa  49.3  0.00004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.262386  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2298  RNA polymerase sigma factor-70 sigW, putative  29.53 
 
 		 165 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00000852956  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4309  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.4 
 
 		 320 aa  48.5  0.00006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.149401  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.17 
 
 		 216 aa  48.5  0.00006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2046  RNA polymerase specialized sigma subunit  25.47 
 
 		 190 aa  48.1  0.00007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.53065  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  26.52 
 
 		 174 aa  48.1  0.00007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0865  RNA polymerase sigma factor  30.95 
 
 		 227 aa  48.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2038  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.64 
 
 		 205 aa  48.1  0.00009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.304694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2258  RNA polymerase sigma factor  28.85 
 
 		 211 aa  48.1  0.00009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.149667  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26600  RNA polymerase sigma factor  28.85 
 
 		 194 aa  47.8  0.00009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.293886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3158  RNA polymerase sigma factor  29.86 
 
 		 233 aa  47.8  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148477  normal  0.0636538 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4745  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.29 
 
 		 202 aa  47  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000041235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0759  RNA polymerase sigma factor  27.97 
 
 		 223 aa  47.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.777163 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0473  sigma-24 (FecI-like)  22.73 
 
 		 186 aa  46.2  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3124  RNA polymerase, sigma-E factor  27.2 
 
 		 214 aa  45.8  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00674158  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1030  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.06 
 
 		 183 aa  45.8  0.0004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0974  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.92 
 
 		 190 aa  45.8  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.082273  normal  0.0344411 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1760  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.93 
 
 		 205 aa  45.8  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.431195 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.67 
 
 		 202 aa  45.8  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.88 
 
 		 218 aa  45.4  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.941158  normal  0.954881 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3318  RNA polymerase factor sigma-70  30.65 
 
 		 334 aa  45.4  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4232  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.22 
 
 		 180 aa  45.4  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.000395934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.08 
 
 		 193 aa  45.1  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.878683 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3232  RNA polymerase factor sigma-70  30.65 
 
 		 334 aa  45.1  0.0006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0107051  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0706  RNA polymerase sigma factor  30.08 
 
 		 232 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.438313  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  22.86 
 
 		 200 aa  43.9  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0543  RNA polymerase, ECF-type sigma factor  33.68 
 
 		 194 aa  44.3  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0552939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0839  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.06 
 
 		 283 aa  44.3  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.378315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0599  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.67 
 
 		 190 aa  43.5  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3790  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.2 
 
 		 332 aa  43.9  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.273419  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1935  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  20.26 
 
 		 191 aa  43.1  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2072  RNA polymerase sigma factor  27.62 
 
 		 197 aa  43.5  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.530899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3991  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.28 
 
 		 186 aa  43.9  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.75873  normal  0.554715 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1160  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  24.32 
 
 		 191 aa  43.5  0.002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.647303 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0184  RNA polymerase sigma factor  27.93 
 
 		 203 aa  43.5  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.163788  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.48 
 
 		 206 aa  43.5  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3772  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.6 
 
 		 192 aa  43.5  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0415  RNA polymerase sigma factor  28.57 
 
 		 197 aa  42.7  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26316  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2934  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.43 
 
 		 180 aa  43.1  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.690007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2726  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.76 
 
 		 198 aa  43.1  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  22.52 
 
 		 173 aa  42  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1741  sigma-24 (FecI-like)  29.69 
 
 		 180 aa  42.4  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0218052 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  28.44 
 
 		 193 aa  42  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.27 
 
 		 182 aa  42.4  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  25 
 
 		 211 aa  42.4  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0988  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.17 
 
 		 185 aa  42  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2699  RNA polymerase sigma factor  32.43 
 
 		 190 aa  42.4  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0775043  normal  0.196873 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5465  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.61 
 
 		 169 aa  42  0.006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.150817 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3279  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50 
 
 		 339 aa  41.6  0.007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3576  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  24.73 
 
 		 213 aa  41.6  0.007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.745375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0803  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.17 
 
 		 184 aa  41.6  0.008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0953  RNA polymerase, sigma-E factor; heat shock and oxidative stress  25.45 
 
 		 179 aa  41.2  0.009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0370429  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>