17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0570 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0570  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 220 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2964  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.18 
 
 		 195 aa  80.5  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2931  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  25.24 
 
 		 188 aa  72  0.000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.578352  normal  0.0375651 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0953  RNA polymerase, sigma-E factor; heat shock and oxidative stress  23.26 
 
 		 179 aa  60.5  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0370429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1935  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.67 
 
 		 191 aa  59.3  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1208  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.04 
 
 		 195 aa  55.8  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0824  RNA polymerase specialized sigma subunit  23.5 
 
 		 192 aa  48.5  0.00008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2046  RNA polymerase specialized sigma subunit  20.94 
 
 		 190 aa  46.6  0.0003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.53065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1160  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  20.48 
 
 		 191 aa  45.8  0.0005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.647303 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3255  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.37 
 
 		 183 aa  43.9  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2100  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.47 
 
 		 178 aa  43.5  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1159  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.12 
 
 		 179 aa  43.5  0.003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.260495  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3371  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.48 
 
 		 210 aa  43.5  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0253707 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4745  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.88 
 
 		 202 aa  42.7  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000041235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1130  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  27.12 
 
 		 179 aa  42.4  0.006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.938596  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1348  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.46 
 
 		 179 aa  42  0.006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0115454  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0767  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  28.43 
 
 		 285 aa  41.6  0.01  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>