86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0444 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_0444  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 201 aa  396  1e-109  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0734207  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2194  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  62.44 
 
 		 393 aa  194  1e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1584  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.11 
 
 		 199 aa  133  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0614  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.62 
 
 		 256 aa  129  2.0000000000000002e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4672  sigma-70 region 2 domain-containing protein  41.76 
 
 		 203 aa  126  2.0000000000000002e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5299  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.24 
 
 		 194 aa  122  4e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3591  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.86 
 
 		 945 aa  118  4.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2967  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.76 
 
 		 245 aa  117  9.999999999999999e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0309554  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3265  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.81 
 
 		 187 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.145946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3039  sigma-70 region 2 domain-containing protein  39.44 
 
 		 198 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.956019  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2377  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  40 
 
 		 180 aa  108  8.000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0764696 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.31 
 
 		 182 aa  99.4  3e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000122057  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.52 
 
 		 219 aa  95.1  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5320  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.64 
 
 		 194 aa  93.6  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7061  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.29 
 
 		 190 aa  92  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1410  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.31 
 
 		 192 aa  90.1  2e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2406  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.36 
 
 		 194 aa  87.8  9e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.822053  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1223  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.75 
 
 		 196 aa  81.3  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2672  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.93 
 
 		 213 aa  67  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0132  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.39 
 
 		 187 aa  61.6  0.000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00499196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.49 
 
 		 177 aa  57.4  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.530594  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7979  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.83 
 
 		 173 aa  52  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.262256  normal  0.180906 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1534  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.98 
 
 		 549 aa  51.6  0.000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  29.19 
 
 		 192 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0257  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.54 
 
 		 186 aa  51.2  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0811664 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  29.19 
 
 		 192 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2200  RNA polymerase sigma factor SigX  26.83 
 
 		 182 aa  50.4  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.262386  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  29.19 
 
 		 192 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1275  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.44 
 
 		 194 aa  49.7  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.457137  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0428  RNA polymerase sigma factor SigX  27.16 
 
 		 181 aa  49.7  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2415  sigma-24 (FecI-like)  35.05 
 
 		 205 aa  49.3  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.164078  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1522  RNA polymerase sigma factor  25.28 
 
 		 187 aa  49.3  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3726  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.84 
 
 		 186 aa  48.5  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1543  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.19 
 
 		 205 aa  48.5  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.207152  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2945  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  21.11 
 
 		 176 aa  48.1  0.00008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0616617  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3006  RNA polymerase sigma factor  30.17 
 
 		 182 aa  48.1  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.246764  normal  0.0211422 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1448  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.07 
 
 		 205 aa  47.8  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.248781  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2686  RNA polymerase sigma factor  27.91 
 
 		 202 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.871223  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3293  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.54 
 
 		 246 aa  47  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.11 
 
 		 195 aa  47.4  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5183  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.07 
 
 		 216 aa  46.2  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.866037  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.81 
 
 		 260 aa  45.1  0.0007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.34 
 
 		 190 aa  43.9  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6736  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.93 
 
 		 217 aa  44.3  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02709  RNA polymerase sigma factor  27.08 
 
 		 185 aa  44.7  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.34 
 
 		 190 aa  44.7  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4049  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.06 
 
 		 186 aa  44.3  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5153  transcriptional regulator, LuxR family  27.46 
 
 		 202 aa  43.5  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1177  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.13 
 
 		 183 aa  43.5  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.100003  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3349  RNA polymerase ECF-type sigma factor  21.23 
 
 		 177 aa  43.9  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.28705e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1702  RNA polymerase sigma factor SigY  20.59 
 
 		 183 aa  43.9  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1617  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  21.23 
 
 		 177 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000014953  hitchhiker  0.0000017176 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3297  RNA polymerase ECF-type sigma factor  21.79 
 
 		 177 aa  43.5  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000515211  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2693  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.14 
 
 		 209 aa  43.1  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3034  RNA polymerase sigma factor  28.78 
 
 		 191 aa  43.1  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00396437  normal  0.0353116 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2494  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.12 
 
 		 195 aa  43.9  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.631151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.97 
 
 		 230 aa  43.1  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.195635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3600  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  21.23 
 
 		 177 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.66826e-17 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03490  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  21.14 
 
 		 179 aa  43.1  0.003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2684  RNA polymerase sigma factor  25.42 
 
 		 187 aa  42.7  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0327308  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3371  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.15 
 
 		 210 aa  42.7  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0253707 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0782  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.84 
 
 		 219 aa  43.1  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.37 
 
 		 200 aa  43.1  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0312752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3057  RNA polymerase sigma factor  24.6 
 
 		 182 aa  42.7  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.34 
 
 		 223 aa  42.4  0.004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4912  RNA polymerase sigma factor SigD  27.66 
 
 		 194 aa  42.4  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.231025  normal  0.668001 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  22.22 
 
 		 193 aa  42.4  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.22 
 
 		 189 aa  42.7  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3056  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.08 
 
 		 694 aa  42.7  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.630514  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.78 
 
 		 194 aa  42.7  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.141228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38280  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, sigma-E family  27.21 
 
 		 207 aa  42.4  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2121  hypothetical protein  31.94 
 
 		 162 aa  42.4  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.769455  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1400  RNA polymerase sigma factor  25.71 
 
 		 187 aa  42  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.255306  hitchhiker  0.00000139495 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1234  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.11 
 
 		 202 aa  42  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.541877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1422  sigma-24 (FecI)  38.46 
 
 		 203 aa  42  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.555265 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4397  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.5 
 
 		 156 aa  42  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1453  RNA polymerase sigma factor  25.71 
 
 		 187 aa  42  0.006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000486459 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2175  RNA polymerase sigma factor  25.61 
 
 		 187 aa  42  0.006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.235427  normal  0.0685717 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2628  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.39 
 
 		 185 aa  42  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.512867 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5684  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.13 
 
 		 642 aa  41.6  0.008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.354384  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0722  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.98 
 
 		 206 aa  41.6  0.008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.344115  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3742  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  21.71 
 
 		 188 aa  41.2  0.009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00162428  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3649  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  21.23 
 
 		 169 aa  41.2  0.009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000169449  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1062  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.74 
 
 		 194 aa  41.2  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.602875  normal  0.18502 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0863  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  20 
 
 		 190 aa  41.2  0.01  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  4.44823e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1591  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.29 
 
 		 203 aa  41.2  0.01  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>