97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_1584 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013947  Snas_1584  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
199 aa  401  1e-111  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3591  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.59 
 
 
945 aa  193  1e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0444  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.11 
 
 
201 aa  133  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0734207  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2967  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.98 
 
 
245 aa  124  8.000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0309554  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4672  sigma-70 region 2 domain-containing protein  38.55 
 
 
203 aa  121  6e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.59 
 
 
182 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000122057  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0614  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.22 
 
 
256 aa  108  4.0000000000000004e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5299  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.27 
 
 
194 aa  105  6e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5320  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.44 
 
 
194 aa  101  7e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.27 
 
 
219 aa  94  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2406  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.59 
 
 
194 aa  93.2  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.822053  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2194  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.5 
 
 
393 aa  88.6  6e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2377  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  33.33 
 
 
180 aa  85.1  6e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0764696 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3265  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.27 
 
 
187 aa  84  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.145946  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7061  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.68 
 
 
190 aa  84  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518263  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1223  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.86 
 
 
196 aa  82.8  0.000000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3039  sigma-70 region 2 domain-containing protein  28.65 
 
 
198 aa  80.5  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.956019  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1410  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.18 
 
 
192 aa  78.2  0.00000000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2672  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.18 
 
 
213 aa  74.7  0.0000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1617  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  26.04 
 
 
177 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000014953  hitchhiker  0.0000017176 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3700  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  26.04 
 
 
177 aa  58.5  0.00000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000123612  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3383  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  25.44 
 
 
177 aa  57  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000113535  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3649  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  25.44 
 
 
169 aa  57.4  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000169449  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3349  RNA polymerase ECF-type sigma factor  24.56 
 
 
177 aa  56.2  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.28705e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3275  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.26 
 
 
177 aa  56.2  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000591225  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3297  RNA polymerase ECF-type sigma factor  24.56 
 
 
177 aa  54.7  0.0000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000515211  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3600  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  24.85 
 
 
177 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.66826e-17 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3607  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  23.98 
 
 
169 aa  52.4  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000214407  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3615  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  23.98 
 
 
177 aa  52.4  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000568501  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1836  sigma-24 (FecI)  27.92 
 
 
191 aa  51.2  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.284557 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0454  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.32 
 
 
214 aa  50.8  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1993  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.2 
 
 
212 aa  50.8  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263841  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.01 
 
 
177 aa  50.4  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.530594  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1857  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.1 
 
 
201 aa  49.7  0.00003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.389355  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6883  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.38 
 
 
214 aa  49.7  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1534  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.86 
 
 
549 aa  49.3  0.00004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0811  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.95 
 
 
177 aa  48.9  0.00005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3388  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  20.74 
 
 
198 aa  48.9  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.972376  normal  0.50578 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3259  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.15 
 
 
191 aa  48.5  0.00006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0667372  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2604  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  20.34 
 
 
178 aa  47  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0328  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.78 
 
 
165 aa  45.8  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2415  sigma-24 (FecI-like)  26.58 
 
 
205 aa  45.8  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.164078  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1694  RNA polymerase sigma factor  27.33 
 
 
181 aa  45.4  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.06 
 
 
198 aa  45.4  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00199735  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3681  RNA polymerase sigma factor  27.66 
 
 
207 aa  45.4  0.0005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.911534  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5466  RNA polymerase sigma factor  19.54 
 
 
175 aa  45.4  0.0006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.589773 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0362  RNA polymerase sigma factor  24.29 
 
 
188 aa  44.3  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  20.37 
 
 
182 aa  43.9  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0414375  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3056  RNA polymerase sigma factor  26.56 
 
 
203 aa  44.3  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.331913  normal  0.0420414 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4494  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.68 
 
 
236 aa  43.9  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.384346  hitchhiker  0.00278013 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5454  RNA polymerase sigma factor  17.61 
 
 
175 aa  43.9  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0428  RNA polymerase sigma factor SigX  23.29 
 
 
181 aa  43.5  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1543  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.95 
 
 
205 aa  43.5  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.207152  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6140  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.21 
 
 
203 aa  43.5  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.402524  normal  0.023503 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4361  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.68 
 
 
210 aa  43.5  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08291  RNA polymerase ECF-type sigma factor  22.15 
 
 
164 aa  43.9  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.929291  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1448  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.95 
 
 
205 aa  43.5  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.248781  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4602  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  20.71 
 
 
176 aa  43.5  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5044  RNA polymerase sigma factor  18.97 
 
 
176 aa  43.5  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5060  RNA polymerase sigma factor  18.97 
 
 
177 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1923  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.53 
 
 
218 aa  43.1  0.002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.802306  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2634  sigma-70, region 4 type 2  25.52 
 
 
237 aa  43.9  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0782  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.39 
 
 
219 aa  43.1  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0709  RNA polymerase sigma factor  24.56 
 
 
203 aa  43.9  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.74 
 
 
224 aa  43.9  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0361542  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0016  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.56 
 
 
172 aa  43.5  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000257028  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1268  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.15 
 
 
203 aa  43.5  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00112474  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  22.1 
 
 
226 aa  42.7  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4632  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.12 
 
 
181 aa  43.1  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0008  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.56 
 
 
172 aa  43.1  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2606  RNA polymerase sigma factor  27.49 
 
 
187 aa  43.1  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.167872  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5278  RNA polymerase sigma factor  25.44 
 
 
203 aa  43.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5541  RNA polymerase sigma factor  18.97 
 
 
177 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3972  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.85 
 
 
175 aa  42.7  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.892642  normal  0.300179 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3746  RNA polymerase sigma factor  27.42 
 
 
184 aa  42.7  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.352624 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7564  RNA polymerase sigma factor  28.32 
 
 
181 aa  42.4  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0677  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.65 
 
 
171 aa  42.4  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4716  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  20.35 
 
 
176 aa  42.4  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.49 
 
 
226 aa  42.4  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1125  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24 
 
 
183 aa  42.4  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000233125  normal  0.587181 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0318  RNA polymerase sigma factor  30.77 
 
 
209 aa  42.4  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829638  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1702  RNA polymerase sigma factor RpoE  22.89 
 
 
211 aa  42  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000456019 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1006  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25 
 
 
194 aa  42  0.006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5610  RNA polymerase sigma factor  18.39 
 
 
175 aa  42  0.006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5212  RNA polymerase sigma factor  18.39 
 
 
175 aa  42  0.006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.84 
 
 
172 aa  42  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0163873 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1177  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.52 
 
 
183 aa  41.6  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.100003  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  32.91 
 
 
244 aa  41.6  0.008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5072  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.19 
 
 
211 aa  41.6  0.008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.144386  normal  0.0360395 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.92 
 
 
177 aa  41.2  0.009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3371  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.06 
 
 
210 aa  41.2  0.009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0253707 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11245  RNA polymerase sigma factor SigE  22.62 
 
 
257 aa  41.6  0.009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00634169  normal  0.0158718 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5492  RNA polymerase sigma factor  17.05 
 
 
175 aa  41.6  0.009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4668  RNA polymerase sigma factor  26.81 
 
 
203 aa  41.2  0.01  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.488765  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2224  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
158 aa  41.2  0.01  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.181299  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2270  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
158 aa  41.2  0.01  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1787  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.3 
 
 
186 aa  41.2  0.01  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>