97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xcel_0614 on replicon NC_013530
Organism: Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013530  Xcel_0614  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
256 aa  498  1e-140  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0444  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.32 
 
 
201 aa  135  8e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0734207  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4672  sigma-70 region 2 domain-containing protein  43.3 
 
 
203 aa  134  9.999999999999999e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2967  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.65 
 
 
245 aa  134  9.999999999999999e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0309554  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1584  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.76 
 
 
199 aa  112  8.000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.22 
 
 
182 aa  105  9e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000122057  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3591  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.17 
 
 
945 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1223  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.38 
 
 
196 aa  96.7  3e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7061  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.1 
 
 
190 aa  95.9  6e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518263  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2194  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.04 
 
 
393 aa  93.6  3e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3039  sigma-70 region 2 domain-containing protein  35.67 
 
 
198 aa  92  7e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.956019  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1410  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.2 
 
 
192 aa  91.7  1e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2406  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.22 
 
 
194 aa  91.3  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.822053  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3265  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.13 
 
 
187 aa  90.9  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.145946  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5299  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.36 
 
 
194 aa  87  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2377  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  34.12 
 
 
180 aa  82.8  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0764696 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5320  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.52 
 
 
194 aa  72.8  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.52 
 
 
219 aa  72.4  0.000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2672  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.58 
 
 
213 aa  70.1  0.00000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2934  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.51 
 
 
180 aa  60.5  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.690007  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2171  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.35 
 
 
271 aa  52.8  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.190223 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3432  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  31.55 
 
 
220 aa  52.4  0.000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.599905  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1923  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.17 
 
 
218 aa  51.6  0.00001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.802306  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3448  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.44 
 
 
184 aa  51.6  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.35999 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1172  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.96 
 
 
189 aa  51.2  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0551  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.71 
 
 
195 aa  50.4  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.23743  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.67 
 
 
189 aa  49.7  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2628  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.02 
 
 
207 aa  49.7  0.00005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000341874  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0181  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  20.34 
 
 
196 aa  49.7  0.00005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.909527 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2575  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.49 
 
 
215 aa  49.3  0.00007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.239395 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28 
 
 
234 aa  49.3  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2243  RNA polymerase sigma-70 factor  17.24 
 
 
179 aa  48.9  0.00008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0167321  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0132  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.6 
 
 
187 aa  48.9  0.00008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00499196  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.14 
 
 
189 aa  48.9  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0340  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.15 
 
 
195 aa  48.9  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.847546  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6883  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.73 
 
 
214 aa  48.9  0.00008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6921  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.91 
 
 
185 aa  48.1  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.731688 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1993  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.72 
 
 
212 aa  48.1  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263841  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0486  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.71 
 
 
195 aa  47.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.200751  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5579  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.27 
 
 
189 aa  47.8  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2327  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  16.57 
 
 
177 aa  47  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0036405  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2517  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  16.67 
 
 
177 aa  47  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0428935 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2287  RNA polymerase sigma-70 factor  17.88 
 
 
179 aa  47  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000136578  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.82 
 
 
198 aa  46.6  0.0004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00199735  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2699  RNA polymerase sigma factor  29.41 
 
 
190 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0775043  normal  0.196873 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2200  RNA polymerase sigma factor SigX  24.38 
 
 
182 aa  45.8  0.0007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.262386  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1836  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.96 
 
 
197 aa  45.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2267  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.34 
 
 
196 aa  44.7  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0916495  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1342  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.31 
 
 
198 aa  45.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.524179  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0909  RNA polymerase sigma factor  30.56 
 
 
275 aa  45.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1985  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.83 
 
 
179 aa  45.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0668823 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.42 
 
 
191 aa  44.7  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2534  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  17.22 
 
 
177 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00744607  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0872  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  23.81 
 
 
186 aa  44.3  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.028729  hitchhiker  0.00270858 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2016  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.8 
 
 
225 aa  44.3  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0677  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.9 
 
 
171 aa  44.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0974  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.68 
 
 
190 aa  44.3  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.082273  normal  0.0344411 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0146  transcriptional regulator, LuxR family  32.7 
 
 
197 aa  44.3  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1613  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.69 
 
 
221 aa  43.9  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2957  putative RNA polymerase sigma factor  31.72 
 
 
199 aa  44.3  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5176  RNA polymerase sigma factor  34.03 
 
 
213 aa  44.3  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.32 
 
 
182 aa  44.3  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2499  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  17.01 
 
 
177 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2590  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  16 
 
 
177 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00474772  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.06 
 
 
182 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.345458 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.56 
 
 
260 aa  44.3  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6484  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.07 
 
 
182 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.743744  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1685  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.71 
 
 
205 aa  43.9  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4030  RNA polymerase sigma factor  28.57 
 
 
182 aa  43.9  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1868  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.46 
 
 
222 aa  43.5  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.928596 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2429  transcriptional regulator, LuxR family  28.18 
 
 
196 aa  43.9  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.84 
 
 
223 aa  43.9  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.188745  normal  0.196172 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2784  sigma-24 (FecI)  31.14 
 
 
176 aa  43.5  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.313744 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1784  RNA polymerase sigma factor  30.77 
 
 
244 aa  43.9  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.181738  normal  0.484528 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2502  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  16.09 
 
 
177 aa  43.5  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.852383  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1648  FecI-like sigma-24  28.82 
 
 
199 aa  43.5  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182446  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3667  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.65 
 
 
194 aa  43.1  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7979  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.12 
 
 
173 aa  43.1  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.262256  normal  0.180906 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0366  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.9 
 
 
189 aa  43.1  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1386  RNA polymerase sigma factor  28.57 
 
 
181 aa  43.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2323  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  16.09 
 
 
179 aa  43.5  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13051  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0095  sigma-24 (FecI-like)  26.45 
 
 
186 aa  42.7  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0705  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.12 
 
 
176 aa  43.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.44 
 
 
194 aa  43.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.141228  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6203  RNA polymerase sigma factor  34.03 
 
 
211 aa  42.7  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1876  RNA polymerase sigma factor  34.03 
 
 
211 aa  42.7  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3400  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.29 
 
 
176 aa  43.1  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0526069  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2824  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  17.69 
 
 
177 aa  43.1  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000658944 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2458  RNA polymerase sigma factor  30.46 
 
 
245 aa  42.4  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0973834  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0579  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.82 
 
 
178 aa  42.4  0.007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2361  RNA polymerase sigma-E factor sigma-24 homolog transcription regulator protein  27.69 
 
 
213 aa  42.4  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.168688 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0304  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.66 
 
 
208 aa  42.4  0.008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1640  RNA polymerase sigma factor RpoE  23.26 
 
 
221 aa  42  0.009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.651448  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7159  RNA polymerase sigma factor  27.27 
 
 
179 aa  42  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.693773 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.94 
 
 
200 aa  42  0.01  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1366  RNA polymerase sigma factor  27.81 
 
 
181 aa  42  0.01  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0089  RNA polymerase sigma subunit protein  23.89 
 
 
252 aa  42  0.01  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>