More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1613 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_1613  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
221 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2628  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  78.22 
 
 
207 aa  310  9e-84  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000341874  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.58 
 
 
195 aa  134  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.95 
 
 
206 aa  129  5.0000000000000004e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.68 
 
 
223 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.5 
 
 
201 aa  125  6e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.15 
 
 
201 aa  122  4e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6883  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.13 
 
 
214 aa  120  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.02 
 
 
200 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3246  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.57 
 
 
208 aa  119  4.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0104683 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.88 
 
 
220 aa  118  6e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1027  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.42 
 
 
200 aa  117  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1640  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.69 
 
 
221 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.651448  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  36.05 
 
 
190 aa  112  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.16 
 
 
200 aa  112  3e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1843  sigma-24 (FecI-like)  34.48 
 
 
204 aa  112  4.0000000000000004e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.546319  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0342  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.95 
 
 
217 aa  112  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0335  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.95 
 
 
217 aa  112  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1327  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.59 
 
 
202 aa  112  4.0000000000000004e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00289153  normal  0.01768 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4933  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.82 
 
 
218 aa  112  7.000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.366814 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1189  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.04 
 
 
209 aa  111  8.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.209698  normal  0.0286964 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4185  ECF subfamily RNA polymerase sigma 24 subunit  38.86 
 
 
218 aa  110  1.0000000000000001e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.465475  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.08 
 
 
224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2252  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  32.47 
 
 
193 aa  110  2.0000000000000002e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708239  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1151  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.12 
 
 
232 aa  110  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0582871  normal  0.0116011 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4008  RNA polymerase sigma factor SigE  35.38 
 
 
253 aa  109  3e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.290369  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.85 
 
 
215 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1210  RNA polymerase sigma factor SigE  38.1 
 
 
230 aa  108  4.0000000000000004e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.380405  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.5 
 
 
192 aa  108  5e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1471  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.05 
 
 
190 aa  108  6e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133791  normal  0.688879 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3994  RNA polymerase sigma factor SigE  35.38 
 
 
260 aa  108  6e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.622546  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  33.52 
 
 
183 aa  108  6e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4068  RNA polymerase sigma factor SigE  35.38 
 
 
260 aa  108  6e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0887025  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.43 
 
 
189 aa  108  8.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5146  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.1 
 
 
219 aa  108  8.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  5.449200000000001e-25 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.14 
 
 
200 aa  108  8.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0312752  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5267  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
223 aa  107  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0395  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.21 
 
 
195 aa  107  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2227  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.46 
 
 
203 aa  107  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0553146  normal  0.218581 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.78 
 
 
215 aa  106  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1829  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.1 
 
 
246 aa  106  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1006  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.13 
 
 
194 aa  106  3e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.62 
 
 
199 aa  106  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.36 
 
 
199 aa  105  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1923  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.64 
 
 
218 aa  105  4e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.802306  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0605  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.38 
 
 
202 aa  105  5e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000948588 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0884  RNA polymerase sigma factor SigE  34.27 
 
 
305 aa  105  5e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.321151 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
206 aa  105  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.98 
 
 
206 aa  105  6e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36 
 
 
198 aa  105  6e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.98 
 
 
206 aa  105  6e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.62 
 
 
199 aa  105  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.62 
 
 
199 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.62 
 
 
199 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.62 
 
 
199 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
211 aa  105  7e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.91 
 
 
192 aa  104  8e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.86 
 
 
192 aa  104  8e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0272  Fis family transcriptional regulator  39.78 
 
 
205 aa  104  9e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.341377  normal  0.75535 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.62 
 
 
199 aa  104  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1826  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.13 
 
 
235 aa  104  1e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.184258  normal  0.243335 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.62 
 
 
199 aa  104  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
194 aa  104  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11245  RNA polymerase sigma factor SigE  36.78 
 
 
257 aa  103  2e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00634169  normal  0.0158718 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.62 
 
 
199 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.22 
 
 
190 aa  103  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.07 
 
 
185 aa  103  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06430  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  35.96 
 
 
197 aa  103  2e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.26 
 
 
193 aa  103  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.56 
 
 
198 aa  102  3e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1857  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  36.31 
 
 
201 aa  102  3e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.389355  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.09 
 
 
199 aa  102  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3833  RNA polymerase sigma factor SigE  38.95 
 
 
294 aa  103  3e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.326287  normal  0.0286461 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1217  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.94 
 
 
246 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.37 
 
 
192 aa  103  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1605  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.29 
 
 
191 aa  102  4e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4370  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.11 
 
 
218 aa  102  4e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.338054  normal  0.0299236 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.97 
 
 
182 aa  102  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.85 
 
 
191 aa  102  5e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.09 
 
 
199 aa  102  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.09 
 
 
199 aa  102  5e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.09 
 
 
199 aa  102  5e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.09 
 
 
199 aa  102  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.33 
 
 
193 aa  102  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.09 
 
 
199 aa  102  5e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.09 
 
 
199 aa  102  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.33 
 
 
193 aa  102  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.09 
 
 
199 aa  102  5e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.09 
 
 
199 aa  102  5e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.45 
 
 
211 aa  102  6e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.09 
 
 
392 aa  102  7e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.43 
 
 
222 aa  101  8e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.33 
 
 
193 aa  101  9e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.99 
 
 
199 aa  101  9e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1062  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.26 
 
 
191 aa  100  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000160674  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2627  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.54 
 
 
211 aa  101  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.85 
 
 
193 aa  100  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1519  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.25 
 
 
191 aa  101  1e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0811  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.42 
 
 
177 aa  100  1e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0798  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.11 
 
 
183 aa  100  1e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.19295  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>