73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4672 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_4672  sigma-70 region 2 domain-containing protein  100 
 
 		 203 aa  397  9.999999999999999e-111  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2967  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50 
 
 		 245 aa  158  5e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0309554  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0614  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.78 
 
 		 256 aa  138  4.999999999999999e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0444  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.76 
 
 		 201 aa  126  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0734207  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1584  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.55 
 
 		 199 aa  123  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3591  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.11 
 
 		 945 aa  123  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2377  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  41.61 
 
 		 180 aa  101  8e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0764696 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7061  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.22 
 
 		 190 aa  98.6  6e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5299  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.18 
 
 		 194 aa  97.8  9e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.61 
 
 		 219 aa  97.8  9e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.26 
 
 		 182 aa  97.4  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000122057  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1223  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.56 
 
 		 196 aa  97.1  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1410  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.49 
 
 		 192 aa  90.5  1e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5320  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.74 
 
 		 194 aa  90.9  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3039  sigma-70 region 2 domain-containing protein  35.32 
 
 		 198 aa  90.5  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.956019  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2406  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.58 
 
 		 194 aa  90.5  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.822053  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2194  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.29 
 
 		 393 aa  89  5e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3265  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.94 
 
 		 187 aa  88.6  5e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.145946  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2672  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.93 
 
 		 213 aa  85.9  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3432  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  33.15 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.599905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7045  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.87 
 
 		 168 aa  53.5  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3859  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  21.3 
 
 		 192 aa  52.8  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7326  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32 
 
 		 303 aa  51.6  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.310531  normal  0.976658 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6760  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.32 
 
 		 183 aa  51.2  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1534  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.7 
 
 		 549 aa  50.1  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.77 
 
 		 188 aa  49.3  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4715  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.12 
 
 		 221 aa  48.9  0.00005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.722326  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0172  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.38 
 
 		 196 aa  48.9  0.00005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.262176  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.45 
 
 		 182 aa  48.5  0.00006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0912  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.17 
 
 		 187 aa  48.5  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000152522  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1172  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.65 
 
 		 189 aa  48.5  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1932  RNA polymerase sigma-70 factor  22.06 
 
 		 195 aa  47.4  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.442091  normal  0.0192744 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4361  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.27 
 
 		 210 aa  47  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  16.67 
 
 		 182 aa  47.4  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0414375  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4494  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.27 
 
 		 236 aa  47.4  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.384346  hitchhiker  0.00278013 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5658  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.07 
 
 		 190 aa  45.4  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4795  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  22.16 
 
 		 171 aa  45.1  0.0006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.568094  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3121  transcriptional regulator, LuxR family  29.86 
 
 		 180 aa  45.1  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.766027 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4778  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  22.16 
 
 		 171 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4558  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  22.73 
 
 		 181 aa  44.3  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4409  RNA polymerase sigma-70 factor  21.59 
 
 		 171 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4913  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  22.73 
 
 		 181 aa  44.3  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.608282  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0089  RNA polymerase sigma subunit protein  27.34 
 
 		 252 aa  43.5  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.09 
 
 		 223 aa  43.5  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.188745  normal  0.196172 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4013  RNA polymerase sigma-70 factor  25.36 
 
 		 193 aa  43.5  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34 
 
 		 234 aa  43.5  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4772  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  21.02 
 
 		 171 aa  43.5  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.336986  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1891  RNA polymerase sigma factor  24.24 
 
 		 194 aa  43.5  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1234  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.12 
 
 		 202 aa  43.5  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.541877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4490  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.73 
 
 		 181 aa  43.9  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4798  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  21.02 
 
 		 181 aa  42.7  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02210  RNA polymerase sigma factor  27.72 
 
 		 208 aa  42.7  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.379603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1678  sigma-24 (FecI-like)  28.86 
 
 		 218 aa  43.1  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.387697  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0597  RNA polymerase sigma factor  32.4 
 
 		 209 aa  43.1  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2267  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.47 
 
 		 196 aa  43.1  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0916495  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.12 
 
 		 177 aa  42.7  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4403  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.11 
 
 		 192 aa  43.1  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0790596  normal  0.211953 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0304  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.88 
 
 		 208 aa  42.7  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4302  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.65 
 
 		 183 aa  42.7  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2078  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.09 
 
 		 249 aa  42.7  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0849144 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2829  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.06 
 
 		 206 aa  42.7  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6568  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.03 
 
 		 205 aa  42.7  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.307355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.92 
 
 		 187 aa  42  0.006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0419  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.47 
 
 		 199 aa  42  0.006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0954  RNA polymerase sigma-70 factor  19.65 
 
 		 197 aa  42  0.006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3293  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.44 
 
 		 246 aa  42  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0181  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  19.66 
 
 		 196 aa  41.6  0.008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.909527 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3961  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.21 
 
 		 181 aa  41.6  0.009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.66 
 
 		 191 aa  41.2  0.009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5355  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.06 
 
 		 248 aa  41.2  0.01  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.54 
 
 		 209 aa  41.2  0.01  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.657914 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4870  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  28.06 
 
 		 248 aa  41.2  0.01  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.233795  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1030  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  19.05 
 
 		 183 aa  41.2  0.01  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>