More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02210 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS02210  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
208 aa  412  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.379603  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1784  RNA polymerase sigma factor  55.22 
 
 
244 aa  207  6e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.181738  normal  0.484528 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2458  RNA polymerase sigma factor  53.96 
 
 
245 aa  201  8e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0973834  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6203  RNA polymerase sigma factor  54.95 
 
 
211 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1876  RNA polymerase sigma factor  54.95 
 
 
211 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1899  RNA polymerase sigma factor  54.46 
 
 
213 aa  189  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.606466  hitchhiker  0.000000620575 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0597  RNA polymerase sigma factor  60 
 
 
209 aa  189  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1790  RNA polymerase sigma factor  55.08 
 
 
205 aa  184  6e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.908716  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5176  RNA polymerase sigma factor  52.48 
 
 
213 aa  182  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0909  RNA polymerase sigma factor  54.55 
 
 
275 aa  176  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1398  RNA polymerase sigma factor  55.33 
 
 
213 aa  175  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.566136  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2177  RNA polymerase sigma factor  57.52 
 
 
240 aa  174  8e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.525045  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1813  RNA polymerase sigma factor  53.23 
 
 
213 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53419  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1785  RNA polymerase sigma factor  53.23 
 
 
213 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3410  RNA polymerase sigma factor  57.62 
 
 
235 aa  171  9e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.307612  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1406  RNA polymerase sigma factor  57.62 
 
 
235 aa  171  9e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18108  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1170  RNA polymerase sigma factor  57.62 
 
 
235 aa  171  9e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0354357  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1897  RNA polymerase sigma factor  57.62 
 
 
235 aa  171  9e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.225153  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2419  RNA polymerase sigma factor  57.62 
 
 
235 aa  170  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2254  RNA polymerase sigma factor  57.62 
 
 
235 aa  170  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.042776  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2293  RNA polymerase sigma factor  57.62 
 
 
235 aa  170  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.232222  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4251  RNA polymerase sigma factor  57.74 
 
 
207 aa  165  4e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.668202  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1421  RNA polymerase sigma factor  49.42 
 
 
180 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000131779 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4005  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.41 
 
 
187 aa  145  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4788  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  53.85 
 
 
184 aa  141  6e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.405562  normal  0.250869 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0976  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  51.5 
 
 
202 aa  137  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0786  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.84 
 
 
199 aa  137  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.348422  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3434  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.31 
 
 
250 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0390  RNA polymerase sigma factor  47.02 
 
 
180 aa  137  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.854256 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.97 
 
 
247 aa  129  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4688  RNA polymerase sigma factor  45 
 
 
173 aa  125  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.204585  normal  0.116393 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2674  RNA polymerase sigma factor  40.64 
 
 
216 aa  121  7e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0537679  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2977  RNA polymerase sigma factor  41.83 
 
 
182 aa  108  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.318246  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5546  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.74 
 
 
246 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.753854 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1918  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.25 
 
 
191 aa  106  3e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3829  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.53 
 
 
199 aa  105  6e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.245837  normal  0.241171 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3525  RNA polymerase sigma-70 factor  36.99 
 
 
295 aa  100  1e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2628  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  39.2 
 
 
204 aa  97.8  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0179  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.24 
 
 
199 aa  97.1  2e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1519  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.22 
 
 
191 aa  96.7  2e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30730  RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  36.42 
 
 
216 aa  97.1  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.159272  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.71 
 
 
214 aa  97.1  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2378  sigma-24 (FecI-like)  34.71 
 
 
214 aa  96.3  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294545  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1486  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.71 
 
 
214 aa  96.3  3e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.295747  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2297  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.25 
 
 
215 aa  95.5  4e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.316622 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5189  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.78 
 
 
263 aa  94.4  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0679696  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1408  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.8 
 
 
209 aa  94  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2090  sigma-70 region 2 domain-containing protein  40.12 
 
 
187 aa  94  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5415  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.98 
 
 
211 aa  93.6  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  34.86 
 
 
240 aa  93.6  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18570  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  33.67 
 
 
217 aa  93.6  2e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0108313  normal  0.853054 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0765  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.56 
 
 
209 aa  94  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1489  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.46 
 
 
212 aa  93.6  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.130695 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.71 
 
 
195 aa  93.2  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0868  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.74 
 
 
209 aa  92.8  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.709004  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.94 
 
 
223 aa  92.4  4e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2152  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.61 
 
 
209 aa  92  6e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0759  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.68 
 
 
209 aa  91.7  7e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0601  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.71 
 
 
201 aa  91.7  7e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1702  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.23 
 
 
211 aa  91.3  9e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000456019 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07700  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  33.67 
 
 
238 aa  90.5  2e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.044969  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8324  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.53 
 
 
201 aa  89.7  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1107  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.45 
 
 
226 aa  89  4e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.581311  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1067  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.18 
 
 
215 aa  89  5e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0267044  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1379  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.08 
 
 
237 aa  89  5e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1413  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.08 
 
 
237 aa  89  5e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.491366  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1397  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.08 
 
 
237 aa  89  5e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0562007  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.77 
 
 
204 aa  88.2  8e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0625  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.32 
 
 
209 aa  88.2  9e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11245  RNA polymerase sigma factor SigE  34.02 
 
 
257 aa  87.8  1e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00634169  normal  0.0158718 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3994  RNA polymerase sigma factor SigE  34.76 
 
 
260 aa  87.8  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.622546  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6292  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.26 
 
 
219 aa  87.4  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4008  RNA polymerase sigma factor SigE  34.09 
 
 
253 aa  87.4  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.290369  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4068  RNA polymerase sigma factor SigE  34.76 
 
 
260 aa  87.8  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0887025  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1413  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  39.08 
 
 
173 aa  86.7  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.113039  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1013  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40.94 
 
 
168 aa  86.7  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.375663  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1187  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  39.08 
 
 
173 aa  86.7  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.140841  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13250  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.57 
 
 
255 aa  86.7  2e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.787212 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0014  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  39.08 
 
 
173 aa  86.7  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0278  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40.94 
 
 
168 aa  86.7  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.25903  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1154  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  39.08 
 
 
173 aa  86.7  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3708  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.06 
 
 
223 aa  87  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.286878  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0290  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40.94 
 
 
168 aa  86.7  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.209196  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0425  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  39.08 
 
 
173 aa  86.7  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.303094  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0146  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  39.08 
 
 
173 aa  86.7  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169169  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2125  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.36 
 
 
205 aa  86.3  3e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.726167  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1718  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40.94 
 
 
156 aa  86.3  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.13427  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1889  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.59 
 
 
233 aa  86.3  3e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1803  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40.94 
 
 
156 aa  86.3  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1306  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40.94 
 
 
156 aa  86.3  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.194298  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  39.08 
 
 
173 aa  86.3  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215371  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1706  sigma-70 region 2 domain-containing protein  31.91 
 
 
217 aa  86.3  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.315479  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2492  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.52 
 
 
270 aa  85.9  4e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.595064  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0912  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 
187 aa  85.9  4e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000152522  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1857  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  34.12 
 
 
201 aa  85.5  5e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.389355  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.3 
 
 
268 aa  85.5  5e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.561462  decreased coverage  0.00330993 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1327  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.87 
 
 
202 aa  85.5  5e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00289153  normal  0.01768 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1778  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
248 aa  85.5  5e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.667573 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3714  sigma-70 region 2 domain-containing protein  33.72 
 
 
204 aa  85.1  6e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3675  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.35 
 
 
226 aa  85.5  6e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000239341 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>