More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BURPS1106A_2293 on replicon NC_009076
Organism: Burkholderia pseudomallei 1106a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007434  BURPS1710b_2419  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
235 aa  461  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2254  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
235 aa  461  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.042776  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2293  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
235 aa  461  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.232222  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3410  RNA polymerase sigma factor  99.15 
 
 
235 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.307612  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1406  RNA polymerase sigma factor  99.15 
 
 
235 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18108  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1170  RNA polymerase sigma factor  99.15 
 
 
235 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0354357  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1897  RNA polymerase sigma factor  99.15 
 
 
235 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.225153  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1899  RNA polymerase sigma factor  72.88 
 
 
213 aa  318  3.9999999999999996e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.606466  hitchhiker  0.000000620575 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6203  RNA polymerase sigma factor  72.46 
 
 
211 aa  317  1e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1876  RNA polymerase sigma factor  72.46 
 
 
211 aa  317  1e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2177  RNA polymerase sigma factor  78.51 
 
 
240 aa  314  7e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.525045  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5176  RNA polymerase sigma factor  71.19 
 
 
213 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1813  RNA polymerase sigma factor  70.34 
 
 
213 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53419  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1785  RNA polymerase sigma factor  70.34 
 
 
213 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1398  RNA polymerase sigma factor  71.19 
 
 
213 aa  279  3e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.566136  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1784  RNA polymerase sigma factor  59.39 
 
 
244 aa  241  5e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.181738  normal  0.484528 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2458  RNA polymerase sigma factor  57.83 
 
 
245 aa  234  6e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0973834  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0909  RNA polymerase sigma factor  62.18 
 
 
275 aa  219  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0597  RNA polymerase sigma factor  56.52 
 
 
209 aa  197  7.999999999999999e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1790  RNA polymerase sigma factor  53.48 
 
 
205 aa  181  7e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.908716  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02210  RNA polymerase sigma factor  57.8 
 
 
208 aa  177  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.379603  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4251  RNA polymerase sigma factor  49.76 
 
 
207 aa  177  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.668202  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0390  RNA polymerase sigma factor  47.56 
 
 
180 aa  142  4e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.854256 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4005  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.41 
 
 
187 aa  142  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.03 
 
 
247 aa  138  7.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3434  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.17 
 
 
250 aa  135  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1421  RNA polymerase sigma factor  46.75 
 
 
180 aa  135  8e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000131779 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2674  RNA polymerase sigma factor  42.35 
 
 
216 aa  135  8e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0537679  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0976  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.78 
 
 
202 aa  132  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2977  RNA polymerase sigma factor  45 
 
 
182 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.318246  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0786  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.11 
 
 
199 aa  128  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.348422  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4688  RNA polymerase sigma factor  46.79 
 
 
173 aa  125  8.000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.204585  normal  0.116393 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4788  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.73 
 
 
184 aa  119  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.405562  normal  0.250869 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2152  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.9 
 
 
209 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1702  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.9 
 
 
211 aa  108  6e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000456019 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1489  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.78 
 
 
212 aa  106  2e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.130695 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.27 
 
 
214 aa  106  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0868  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.12 
 
 
209 aa  105  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.709004  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1486  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.27 
 
 
214 aa  105  9e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.295747  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2378  sigma-24 (FecI-like)  34.27 
 
 
214 aa  104  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294545  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0625  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.45 
 
 
209 aa  103  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2090  sigma-70 region 2 domain-containing protein  39.11 
 
 
187 aa  103  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.95 
 
 
220 aa  102  4e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.299796  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3829  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
199 aa  102  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.245837  normal  0.241171 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0765  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.53 
 
 
209 aa  102  4e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5546  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.5 
 
 
246 aa  102  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.753854 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2628  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  37.31 
 
 
204 aa  100  3e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1889  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.76 
 
 
233 aa  99.8  4e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2362  sigma-24 (FecI-like)  38.74 
 
 
200 aa  99.4  4e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000744354 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
204 aa  98.2  9e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0759  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.02 
 
 
209 aa  97.8  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0222  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.84 
 
 
262 aa  97.8  1e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00279888  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1408  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.84 
 
 
209 aa  97.1  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1209  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.87 
 
 
270 aa  97.1  2e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2175  RNA polymerase sigma factor  35.26 
 
 
187 aa  96.7  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.235427  normal  0.0685717 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3525  RNA polymerase sigma-70 factor  34.5 
 
 
295 aa  96.3  4e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3708  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.23 
 
 
223 aa  95.5  6e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.286878  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.95 
 
 
216 aa  95.5  6e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0601  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 
201 aa  95.1  8e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  33.66 
 
 
240 aa  94.4  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18570  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  33.51 
 
 
217 aa  94  2e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0108313  normal  0.853054 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.54 
 
 
223 aa  93.2  3e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1107  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35 
 
 
226 aa  92.8  4e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.581311  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0538  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.2 
 
 
212 aa  92.8  4e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.104209  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.99 
 
 
200 aa  92.4  5e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0312752  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1918  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.68 
 
 
191 aa  91.3  1e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2297  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.53 
 
 
215 aa  91.7  1e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.316622 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.4 
 
 
195 aa  90.9  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4190  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.49 
 
 
249 aa  90.5  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.377119  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1387  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  42.95 
 
 
173 aa  90.1  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00286946  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3675  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.7 
 
 
226 aa  90.1  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000239341 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5143  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.13 
 
 
180 aa  90.1  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.387385  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19450  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  36.55 
 
 
239 aa  89.4  4e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.880507  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1778  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.86 
 
 
248 aa  89.7  4e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.667573 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3165  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
171 aa  89  6e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00342065  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3714  sigma-70 region 2 domain-containing protein  33.68 
 
 
204 aa  89  6e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6292  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.99 
 
 
219 aa  89  6e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0179  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
199 aa  89  7e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5189  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.99 
 
 
263 aa  88.2  9e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0679696  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1013  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  38.06 
 
 
168 aa  87.8  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.375663  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0278  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  38.06 
 
 
168 aa  87.8  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.25903  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0290  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  38.06 
 
 
168 aa  87.8  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.209196  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.16 
 
 
268 aa  87.8  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.561462  decreased coverage  0.00330993 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1706  sigma-70 region 2 domain-containing protein  33.89 
 
 
217 aa  87.8  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.315479  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1803  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  38.18 
 
 
156 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1154  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  41.42 
 
 
173 aa  87  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1187  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  41.42 
 
 
173 aa  87  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.140841  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0425  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  41.42 
 
 
173 aa  87  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.303094  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0014  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  41.42 
 
 
173 aa  87  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03122  RNA polymerase sigma factor  33.88 
 
 
197 aa  87.4  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30730  RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  33.33 
 
 
216 aa  87.4  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.159272  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1413  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  41.42 
 
 
173 aa  87  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.113039  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2145  sigma-24 (FecI-like)  42.94 
 
 
221 aa  87  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0186921  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1306  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  38.18 
 
 
156 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.194298  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2492  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.82 
 
 
270 aa  87  2e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.595064  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8324  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.95 
 
 
201 aa  87.4  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1718  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  38.18 
 
 
156 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.13427  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0146  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  41.42 
 
 
173 aa  87  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169169  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2384  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.64 
 
 
280 aa  86.7  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.74 
 
 
200 aa  86.7  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>