More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0390 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0390  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
180 aa  357  7e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.854256 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1421  RNA polymerase sigma factor  72.41 
 
 
180 aa  249  2e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000131779 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1790  RNA polymerase sigma factor  45.65 
 
 
205 aa  148  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.908716  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3434  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.11 
 
 
250 aa  136  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0976  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.59 
 
 
202 aa  134  9e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0909  RNA polymerase sigma factor  43.45 
 
 
275 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0786  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.86 
 
 
199 aa  132  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.348422  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6203  RNA polymerase sigma factor  48.8 
 
 
211 aa  131  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1876  RNA polymerase sigma factor  48.8 
 
 
211 aa  131  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5176  RNA polymerase sigma factor  46.06 
 
 
213 aa  131  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4688  RNA polymerase sigma factor  43.31 
 
 
173 aa  131  6e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.204585  normal  0.116393 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1899  RNA polymerase sigma factor  48.8 
 
 
213 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.606466  hitchhiker  0.000000620575 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1784  RNA polymerase sigma factor  44.64 
 
 
244 aa  131  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.181738  normal  0.484528 
 
 
-
 
NC_003296  RS02210  RNA polymerase sigma factor  47.02 
 
 
208 aa  129  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.379603  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2458  RNA polymerase sigma factor  44.05 
 
 
245 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0973834  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.64 
 
 
247 aa  125  4.0000000000000003e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0597  RNA polymerase sigma factor  41.62 
 
 
209 aa  124  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2177  RNA polymerase sigma factor  44.52 
 
 
240 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.525045  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4251  RNA polymerase sigma factor  42.22 
 
 
207 aa  122  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.668202  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1406  RNA polymerase sigma factor  43.23 
 
 
235 aa  119  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18108  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2419  RNA polymerase sigma factor  43.23 
 
 
235 aa  119  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2254  RNA polymerase sigma factor  43.23 
 
 
235 aa  119  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.042776  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2293  RNA polymerase sigma factor  43.23 
 
 
235 aa  119  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.232222  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1170  RNA polymerase sigma factor  43.23 
 
 
235 aa  119  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0354357  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1897  RNA polymerase sigma factor  43.23 
 
 
235 aa  119  3e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.225153  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3410  RNA polymerase sigma factor  43.23 
 
 
235 aa  119  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.307612  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1398  RNA polymerase sigma factor  47.13 
 
 
213 aa  118  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.566136  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4788  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.95 
 
 
184 aa  117  7.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.405562  normal  0.250869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2977  RNA polymerase sigma factor  41.29 
 
 
182 aa  115  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.318246  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4005  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.51 
 
 
187 aa  114  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2674  RNA polymerase sigma factor  39.63 
 
 
216 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0537679  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1785  RNA polymerase sigma factor  44.87 
 
 
213 aa  111  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1813  RNA polymerase sigma factor  44.87 
 
 
213 aa  111  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53419  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.67 
 
 
201 aa  99.8  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2090  sigma-70 region 2 domain-containing protein  38.95 
 
 
187 aa  100  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.31 
 
 
199 aa  96.7  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.64 
 
 
195 aa  96.3  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1489  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.9 
 
 
212 aa  96.7  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.130695 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.41 
 
 
199 aa  95.9  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1918  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.02 
 
 
191 aa  95.5  4e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  40.13 
 
 
199 aa  95.1  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2628  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  37.08 
 
 
204 aa  95.1  5e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.52 
 
 
199 aa  95.1  5e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.86 
 
 
220 aa  94.7  6e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.299796  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.73 
 
 
199 aa  94.7  7e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.73 
 
 
199 aa  94.7  7e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.15 
 
 
192 aa  94.4  8e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.96 
 
 
201 aa  94  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.78 
 
 
190 aa  93.6  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1408  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.83 
 
 
209 aa  92.8  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1486  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.15 
 
 
214 aa  93.2  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.295747  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2378  sigma-24 (FecI-like)  33.15 
 
 
214 aa  93.2  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294545  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.2 
 
 
214 aa  93.2  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.36 
 
 
192 aa  92.8  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.51 
 
 
199 aa  92.4  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.92 
 
 
199 aa  92.4  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.92 
 
 
199 aa  92.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.92 
 
 
199 aa  92.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.92 
 
 
199 aa  92.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1107  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.36 
 
 
226 aa  92  4e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.581311  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.92 
 
 
199 aa  92  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.92 
 
 
199 aa  92  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3077  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.29 
 
 
191 aa  92  4e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0022477  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2791  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.73 
 
 
191 aa  92  4e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00850329  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1198  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.29 
 
 
191 aa  92  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000152256  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.92 
 
 
199 aa  92  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.21 
 
 
204 aa  91.7  5e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3676  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.29 
 
 
191 aa  91.7  6e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302795  normal  0.408035 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.73 
 
 
191 aa  91.3  7e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  38.73 
 
 
191 aa  90.9  8e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.73 
 
 
191 aa  90.9  8e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.73 
 
 
191 aa  90.9  8e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.73 
 
 
191 aa  90.9  8e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3604  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.57 
 
 
191 aa  90.9  8e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0116592  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  38.73 
 
 
191 aa  90.9  8e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.73 
 
 
191 aa  90.9  8e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.73 
 
 
191 aa  90.9  8e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.73 
 
 
191 aa  90.9  8e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1129  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.57 
 
 
191 aa  90.9  8e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0822674  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1182  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.57 
 
 
191 aa  90.9  8e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0314169  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.32 
 
 
199 aa  90.5  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3829  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.53 
 
 
199 aa  90.5  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.245837  normal  0.241171 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.32 
 
 
199 aa  90.1  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.03 
 
 
191 aa  90.1  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.32 
 
 
199 aa  90.1  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.32 
 
 
199 aa  90.1  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.03 
 
 
191 aa  90.1  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.03 
 
 
191 aa  90.1  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.32 
 
 
199 aa  90.5  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.32 
 
 
199 aa  90.1  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.03 
 
 
191 aa  90.5  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.03 
 
 
191 aa  90.1  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.03 
 
 
191 aa  90.1  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.32 
 
 
199 aa  90.1  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.32 
 
 
199 aa  90.1  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.32 
 
 
199 aa  90.1  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.95 
 
 
268 aa  89.4  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.561462  decreased coverage  0.00330993 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1778  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.9 
 
 
248 aa  89.7  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.667573 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.32 
 
 
392 aa  89  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4689  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.5 
 
 
252 aa  89  3e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0439737  normal  0.0420679 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>